EBSeq/man/LogN.Rd

   1 \name{LogN}
   2 \alias{LogN}
   3 %- Also NEED an '\alias' for EACH other topic documented here.
   4 \title{
   5 The function to run EM (one round) using optim.
   6 }
   7 \description{
   8 %%  ~~ A concise (1-5 lines) description of what the function does. ~~
   9 }
  10 \usage{
  11 LogN(Input, InputSP, EmpiricalR, EmpiricalRSP, NumOfEachGroup, AlphaIn, BetaIn, PIn, NoneZeroLength)
  12 }
  13 %- maybe also 'usage' for other objects documented here.
  14 \arguments{
  15   \item{Input}{
  16 %%     ~~Describe \code{Input} here~~
  17 }
  18   \item{InputSP}{
  19 %%     ~~Describe \code{InputSP} here~~
  20 }
  21   \item{EmpiricalR}{
  22 %%     ~~Describe \code{EmpiricalR} here~~
  23 }
  24   \item{EmpiricalRSP}{
  25 %%     ~~Describe \code{EmpiricalRSP} here~~
  26 }
  27   \item{NumOfEachGroup}{
  28 %%     ~~Describe \code{NumOfEachGroup} here~~
  29 }
  30   \item{AlphaIn}{
  31 %%     ~~Describe \code{AlphaIn} here~~
  32 }
  33   \item{BetaIn}{
  34 %%     ~~Describe \code{BetaIn} here~~
  35 }
  36   \item{PIn}{
  37 %%     ~~Describe \code{PIn} here~~
  38 }
  39   \item{NoneZeroLength}{
  40 %%     ~~Describe \code{NoneZeroLength} here~~
  41 }
  42 }
  43 \details{
  44 %%  ~~ If necessary, more details than the description above ~~
  45 }
  46 \value{
  47 %%  ~Describe the value returned
  48 %%  If it is a LIST, use
  49 %%  \item{comp1 }{Description of 'comp1'}
  50 %%  \item{comp2 }{Description of 'comp2'}
  51 %% ...
  52 }
  53 \references{
  54 %% ~put references to the literature/web site here ~
  55 }
  56 \author{
  57 %%  ~~who you are~~
  58 }
  59 \note{
  60 %%  ~~further notes~~
  61 }
  62
  63 %% ~Make other sections like Warning with \section{Warning }{....} ~
  64
  65 \seealso{
  66 %% ~~objects to See Also as \code{\link{help}}, ~~~
  67 }
  68 \examples{
  69 }
  70 % Add one or more standard keywords, see file 'KEYWORDS' in the
  71 % R documentation directory.
  72 \keyword{ ~kwd1 }
  73 \keyword{ ~kwd2 }% __ONLY ONE__ keyword per line