EBSeq/man/GetNg.Rd

   1 \name{GetNg}
   2 \alias{GetNg}
   3 %- Also NEED an '\alias' for EACH other topic documented here.
   4 \title{
   5 Generate the Ng vector
   6 }
   7 \description{
   8 Generate the Ng vector for the isoforms
   9 }
  10 \usage{
  11 GetNg(IsoformName, GeneName)
  12 }
  13 %- maybe also 'usage' for other objects documented here.
  14 \arguments{
  15   \item{IsoformName}{
  16 A vector contains the isoform names
  17 }
  18   \item{GeneName}{
  19 The gene names of the isoforms in IsoformNames. (Should be in the same order)
  20   }
  21
  22 }
  23 \details{
  24 %%  ~~ If necessary, more details than the description above ~~
  25 }
  26 \value{
  27   \item{GeneNg}{
  28   The number of isoforms each gene contains
  29   }
  30   \item{GeneNgTrun}{
  31   The truncated Ng of each gene. (The genes contain more than 3 isoforms are with Ng 3.)
  32   }
  33    \item{IsoformNg}{
  34   The Ng of each isoform
  35   }
  36     \item{IsoformNgTrun}{
  37    The truncated Ng of each isoform.
  38   }
  39
  40
  41 }
  42 \references{
  43 }
  44 \author{
  45 Ning Leng
  46 }
  47
  48 %% ~Make other sections like Warning with \section{Warning }{....} ~
  49
  50 \seealso{
  51 }
  52 \examples{
  53 IsoGenerate=IsoSimu(DVDconstant=NULL, DVDqt1=.97, DVDqt2=.98, Conditions=as.factor(rep(c(1,2),each=5)), NumofSample=10, NumofIso=c(1000,2000,3000), DEIsoProp=.1, Phiconstant=NULL, Phi.qt1=.25, Phi.qt2=.75, OnlyData=T )
  54
  55 IsoMat=do.call(rbind,IsoGenerate$data)
  56 IsoNames=rownames(IsoMat)
  57
  58 Ngvector=GetNg(IsoNames, IsosGeneNames)
  59
  60 IsoEBres=EBTest(Data=IsoMat, NgVector=IsoNgTrun, Conditions=as.factor(rep(c(1,2),each=5)),sizeFactors=rep(1,10), maxround=5)
  61
  62
  63 }
  64 % Add one or more standard keywords, see file 'KEYWORDS' in the
  65 % R documentation directory.
  66 \keyword{ Ng }