EBSeq/man/GetData.Rd

   1 \name{GetData}
   2 \alias{GetData}
   3 %- Also NEED an '\alias' for EACH other topic documented here.
   4 \title{
   5 Read in RSEM output of Gould data
   6 }
   7 \description{
   8 %%  ~~ A concise (1-5 lines) description of what the function does. ~~
   9 }
  10 \usage{
  11 GetData(path, Name1, Name2, type)
  12 }
  13 %- maybe also 'usage' for other objects documented here.
  14 \arguments{
  15   \item{path}{
  16 The path of RSEM outputs
  17 }
  18   \item{Name1}{
  19 The output names of the files from Condition 1
  20 }
  21   \item{Name2}{
  22 The output names of the files from Condition 2
  23 }
  24   \item{type}{
  25 If type="G", read in the gene level output
  26 If type="I", read in the isoform level output
  27 }
  28 }
  29 \details{
  30 %%  ~~ If necessary, more details than the description above ~~
  31 }
  32 \value{
  33 The output is the "nu values" from RSEM.
  34 To generate a expression matrix, the user need to run the PoolMatrix function.
  35 }
  36 \references{
  37 %% ~put references to the literature/web site here ~
  38 }
  39 \author{
  40 Ning Leng
  41 }
  42 \note{
  43 %%  ~~further notes~~
  44 }
  45
  46 %% ~Make other sections like Warning with \section{Warning }{....} ~
  47
  48 \seealso{
  49 %% ~~objects to See Also as \code{\link{help}}, ~~~
  50 }
  51 \examples{
  52 ##---- Should be DIRECTLY executable !! ----
  53 ##-- ==>  Define data, use random,
  54 ##--    or do  help(data=index)  for the standard data sets.
  55
  56 ## The function is currently defined as
  57 function(path,Name1,Name2,type)
  58 {
  59 Data=vector("list",8)
  60 Filenames=NULL
  61 Tablenames=NULL
  62 for (name in 1:4)
  63         {
  64                 if (type=="I")
  65                         Filenames=c(Filenames,paste(path,Name1,name,"_isoform_nus.tab",sep=""))
  66                 if (type=="G")
  67                         Filenames=c(Filenames,paste(path,Name1,name,"_gene_nus.tab",sep=""))
  68                 Tablenames=c(Tablenames,paste(Name1,name,sep=""))
  69         }
  70 for (name in 1:4)
  71         {
  72                 if (type=="I")
  73                         Filenames=c(Filenames,paste(path,Name2,name,"_isoform_nus.tab",sep=""))
  74                 if (type=="G")
  75                         Filenames=c(Filenames,paste(path,Name2,name,"_gene_nus.tab",sep=""))
  76                 Tablenames=c(Tablenames,paste(Name2,name,sep=""))
  77         }
  78
  79
  80 names(Data)=Tablenames
  81 for (file in 1:8)
  82         {
  83                 temp=read.table(Filenames[file],header=T)
  84                 temp2=as.matrix(temp[-1])
  85                 rownames(temp2)=as.vector(as.matrix(temp[1]))
  86                 Data[[file]]=temp2
  87         }
  88         Data
  89   }
  90 }
  91 % Add one or more standard keywords, see file 'KEYWORDS' in the
  92 % R documentation directory.
  93 \keyword{ ~kwd1 }
  94 \keyword{ ~kwd2 }% __ONLY ONE__ keyword per line