EBSeq/man/GeneEBresultGouldBart2.Rd

   1 \name{GeneEBresultGouldBart2}
   2 \alias{GeneEBresultGouldBart2}
   3 \docType{data}
   4 \title{
   5 The EBSeq result of the empirical gene data ( Gould Lab data, bart2 )
   6 }
   7 \description{
   8 %%  ~~ A concise (1-5 lines) description of the dataset. ~~
   9 }
  10 \usage{data(GeneEBresultGouldBart2)}
  11 \format{
  12   The format is:
  13 List of 17
  14  $ Alpha   : num [1:5, 1] 0.728 0.724 0.719 0.717 0.717
  15   ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
  16   .. ..$ : chr [1:5] "AlphaIn" "AlphaIn" "AlphaIn" "AlphaIn" ...
  17   .. ..$ : NULL
  18  $ Beta    : num [1:5, 1] 1.44 1.49 1.49 1.49 1.48
  19   ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
  20   .. ..$ : chr [1:5] "BetaIn" "BetaIn" "BetaIn" "BetaIn" ...
  21   .. ..$ : NULL
  22  $ P       : num [1:5, 1] 0.1584 0.0767 0.0534 0.046 0.0432
  23   ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
  24   .. ..$ : chr [1:5] "PIn" "PIn" "PIn" "PIn" ...
  25   .. ..$ : NULL
  26  $ PFromZ  : num [1:5, 1] 0.1585 0.0765 0.0535 0.0459 0.0432
  27   ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
  28   .. ..$ : chr [1:5] "PFromZ" "PFromZ" "PFromZ" "PFromZ" ...
  29   .. ..$ : NULL
  30  $ Z       : Named num [1:15312] 0.0036 0.00246 0.00122 0.61556 0.00394 ...
  31   ..- attr(*, "names")= chr [1:15312] "ENSRNOG00000015181" "ENSRNOG00000015180" "ENSRNOG00000027158" "ENSRNOG00000027157" ...
  32  $ PoissonZ: Named num [1:4955] 6.59e-04 5.71e-04 3.80e-04 2.75e-04 2.07e-05 ...
  33   ..- attr(*, "names")= chr [1:4955] "ENSRNOG00000027159" "ENSRNOG00000039120" "ENSRNOG00000039118" "ENSRNOG00000003198" ...
  34  $ RList   :List of 1
  35   ..$ : Named num [1:20267] 19.12 62.3 -3.09 348.78 200.03 ...
  36   .. ..- attr(*, "names")= chr [1:20267] "ENSRNOG00000015181" "ENSRNOG00000015180" "ENSRNOG00000027159" "ENSRNOG00000027158" ...
  37  $ MeanList:List of 1
  38   ..$ : Named num [1:20267] 289.663 302.486 0.398 97.791 106.036 ...
  39   .. ..- attr(*, "names")= chr [1:20267] "ENSRNOG00000015181" "ENSRNOG00000015180" "ENSRNOG00000027159" "ENSRNOG00000027158" ...
  40  $ VarList :List of 1
  41   ..$ : Named num [1:20267] 5792.7 1954 0.6 146.8 513.4 ...
  42   .. ..- attr(*, "names")= chr [1:20267] "ENSRNOG00000015181" "ENSRNOG00000015180" "ENSRNOG00000027159" "ENSRNOG00000027158" ...
  43  $ QList1  :List of 1
  44   ..$ : Named num [1:20267] 0.188 0.152 NaN 0.487 1.118 ...
  45   .. ..- attr(*, "names")= chr [1:20267] "ENSRNOG00000015181" "ENSRNOG00000015180" "ENSRNOG00000027159" "ENSRNOG00000027158" ...
  46  $ QList2  :List of 1
  47   ..$ : Named num [1:20267] 0.0389 0.1951 1.1478 1.7647 0.4149 ...
  48   .. ..- attr(*, "names")= chr [1:20267] "ENSRNOG00000015181" "ENSRNOG00000015180" "ENSRNOG00000027159" "ENSRNOG00000027158" ...
  49  $ C1Mean  :List of 1
  50   ..$ : Named num [1:20267] 271.9 300.7 0 93.8 123.1 ...
  51   .. ..- attr(*, "names")= chr [1:20267] "ENSRNOG00000015181" "ENSRNOG00000015180" "ENSRNOG00000027159" "ENSRNOG00000027158" ...
  52  $ C2Mean  :List of 1
  53   ..$ : Named num [1:20267] 307.414 304.298 0.796 101.798 88.953 ...
  54   .. ..- attr(*, "names")= chr [1:20267] "ENSRNOG00000015181" "ENSRNOG00000015180" "ENSRNOG00000027159" "ENSRNOG00000027158" ...
  55  $ C1EstVar:List of 1
  56   ..$ : Named num [1:20267] 1449 1983 0 193 110 ...
  57   .. ..- attr(*, "names")= chr [1:20267] "ENSRNOG00000015181" "ENSRNOG00000015180" "ENSRNOG00000027159" "ENSRNOG00000027158" ...
  58  $ C2EstVar:List of 1
  59   ..$ : Named num [1:20267] 7905.417 1559.46 0.694 57.687 214.39 ...
  60   .. ..- attr(*, "names")= chr [1:20267] "ENSRNOG00000015181" "ENSRNOG00000015180" "ENSRNOG00000027159" "ENSRNOG00000027158" ...
  61  $ PoolVar :List of 1
  62   ..$ : Named num [1:20267] 4677.246 1771.219 0.347 125.211 162.247 ...
  63   .. ..- attr(*, "names")= chr [1:20267] "ENSRNOG00000015181" "ENSRNOG00000015180" "ENSRNOG00000027159" "ENSRNOG00000027158" ...
  64  $ DataList:List of 1
  65   ..$ Ng1: num [1:20267, 1:8] 287 251 0 87 121 181 5 195 70 5 ...
  66   .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
  67   .. .. ..$ : chr [1:20267] "I1" "I2" "I3" "I4" ...
  68   .. .. ..$ : chr [1:8] "W5-D1" "W5-D2" "W5-D3" "W5-D4" ...
  69 }
  70 \details{
  71 %%  ~~ If necessary, more details than the __description__ above ~~
  72 }
  73 \source{
  74 %%  ~~ reference to a publication or URL from which the data were obtained ~~
  75 }
  76 \seealso{
  77 IsoEBresultGouldBart2, NBBetaEB.bias.uniqueP_PoolVarSpeedUp_MDFPoi_NoNormVar
  78 }
  79 \examples{
  80 data(GeneEBresultGouldBart2)
  81 ## maybe str(GeneEBresultGouldBart2) ; plot(GeneEBresultGouldBart2) ...
  82 }
  83 \keyword{datasets}