EBSeq/man/CheckNg.Rd

   1 \name{CheckNg}
   2 \alias{CheckNg}
   3 %- Also NEED an '\alias' for EACH other topic documented here.
   4 \title{
   5 CheckNgStructure
   6 }
   7 \description{
   8 Provide the best polynomial fit of log variance and log mean in each Ng group.
   9 }
  10 \usage{
  11 CheckNg(NewMean, NewVar,nterm, xlim, ylim)
  12 }
  13 %- maybe also 'usage' for other objects documented here.
  14 \arguments{
  15   \item{NewMean}{
  16 A list contains
  17 }
  18 }
  19 \details{
  20 %%  ~~ If necessary, more details than the description above ~~
  21 }
  22 \value{
  23 4 plots will be returned. The first 3 are the data and the best fit line from
  24 Ng=1, Ng=2 and Ng=3 group.
  25 The 4th plot is the scatetr plot of all the data.
  26 }
  27 \references{
  28 }
  29 \author{
  30 Ning Leng
  31 }
  32
  33 %% ~Make other sections like Warning with \section{Warning }{....} ~
  34
  35 \seealso{
  36
  37 }
  38 \examples{
  39 ##---- Should be DIRECTLY executable !! ----
  40 ##-- ==>  Define data, use random,
  41 ##--    or do  help(data=index)  for the standard data sets.
  42
  43 ### Simulate Isoform Level Data
  44 IsoGenerate=IsoSimu(DVDconstant=NULL, DVDqt1=.97, DVDqt2=.98, Conditions=as.factor(rep(c(1,2),each=5)), NumofSample=10, NumofIso=NULL, DEIsoProp=.1, Phiconstant=NULL, Phi.qt1=.4, Phi.qt2=.6, OnlyData="Y" )
  45 IsoList=IsoGenerate$data
  46
  47 # Get Vectors and Run EBSeq
  48 ngv=c(1,2,3,2,3,2,3,2,3)
  49 b3v=c(1,0,0,1,1,0,0,1,1)
  50 b5v=c(1,0,0,0,0,1,1,1,1)
  51 NgV=unlist(sapply(1:9,function(i)rep(ngv[i],dim(IsoList[[i]])[1])))
  52 Bias3V=unlist(sapply(1:9,function(i)rep(b3v[i],dim(IsoList[[i]])[1])))
  53 Bias5V=unlist(sapply(1:9,function(i)rep(b5v[i],dim(IsoList[[i]])[1])))
  54
  55 IsoData=do.call(rbind,IsoList)
  56 IsoEBres=NBBetaEB.bias.uniqueP_PoolVarSpeedUp_MDFPoi_NoNormVar(Data=IsoData, NgVector=NgV, Vect5End=Bias5V, Vect3End=Bias3V, Conditions=as.factor(rep(c(1,2),each=5)),sizeFactors=rep(1,10), maxround=5)
  57
  58
  59 # Plot
  60 CheckNg(IsoEBres$C1Mean, IsoEBres$C1EstVar,5, c(-1,5),c(-1,7))
  61
  62
  63 }
  64 % Add one or more standard keywords, see file 'KEYWORDS' in the
  65 % R documentation directory.
  66 \keyword{ Ng }