don_armstrong_resume.org

   1 #+OPTIONS: ^:nil
   2 #+OPTIONS: toc:nil
   3 #+TITLE: Resume
   4 #+AUTHOR: Don L. Armstrong
   5 #+LATEX_CMD: xelatex
   6 #+LATEX_CLASS: dlaresume
   7 # #+LATEX_CLASS_OPTIONS: [10pt,breaklinks]
   8
   9 * Experience
  10 ** Research Scientist at UIUC \hfill 2015--2017
  11 + Primarily responsible for the planning, design, organization,
  12   execution, and analysis of multiple complex epidemiological studies
  13   involving epigenomics, transcriptomics, and genomics of diseases of
  14   pregnancy and post-traumatic stress disorder.
  15 + Published results in scientific publications and presented results
  16   orally at major scientific conferences.
  17 + Wrote and completed grants, including budgeting, scientific
  18   direction, project management, and reporting.
  19 + Mentored graduate students and collaborated with internal and
  20   external scientists.
  21 + Performed literature review, training, and applied new techniques to
  22   maintain abreast of current scientific literature, principles of
  23   scientific research, and modern statistical methodology.
  24 + Wrote software and designed relational databases using R, perl, C,
  25   SQL, make, and very large computational systems.
  26 ** Postdoctoral Researcher at USC \hfill 2013--2015
  27 + Primarily responsible for the design, execution, and analysis of an
  28   epidemiological study to identify genomic variants associated with
  29   systemic lupus erythematosus using targeted deep sequencing.
  30 + Designed, budgeted, configured, maintained, and supported a secure
  31   linux analysis cluster (MPI/torque) with a shared filesystem (NFS
  32   over gluster) for statistical analyses.
  33 + Wrote multiple pieces of software to reproducibly analyze and
  34   archive large datasets resulting from genomic sequencing.
  35 + Coordinated with clinicians, molecular biologists, and biologists to
  36   produce analyses and major reports.
  37 ** Postdoctoral Researcher at UCR \hfill 2010--2012
  38 + Primarily responsible for the execution and analysis of an
  39   epidemiological study to identify genomic variants associated with
  40   systemic lupus erythematosus using prior information and array based
  41   approaches in a trio and cross sectional study of individuals from
  42   the Los Angeles and greater United States.
  43 + Wrote and maintained multiple software components to reproducibly
  44   perform the analyses.
  45 ** Debian Developer \hfill 2004--Present
  46 + Maintained, managed configurations, and resolved issues in multiple
  47   packages written in R, perl, python, scheme, C++, and C.
  48 + Resolved technical conflicts, developed technical standards, and
  49   provided leadership as the elected chair of the Technical Committee.
  50 + Developer of [[https://bugs.debian.org][Debbugs]], a perl and SQL-based issue-tracker with ≥ 100
  51   million entries with web, REST, and SOAP interfaces.
  52 ** Independent Systems Administrator \hfill 2004--Present
  53 + Researched, recommended, budgeted, designed, deployed, configured,
  54   operated, and monitored highly-available high-performance enterprise
  55   hardware and software for web applications, authentication, backup,
  56   email, and databases.
  57 + Provided vendor-level support for complex systems integration issues
  58   on Debian GNU/Linux systems.
  59 + Full life-cycle support of medium and small business networking
  60   infrastructure, including VPN, network security, wireless networks,
  61   routing, DNS, DHCP, and authentication.
  62 * Education
  63 ** Doctor of Philosophy (PhD) in Cell, Molecular and Developmental Biology \hfill UC Riverside
  64 ** Batchelor of Science (BS) in Biology \hfill UC Riverside
  65
  66 * Skills
  67 ** Genomics and Epigenomics
  68 + *NGS* and array-based Genomics and Epigenomics of complex human
  69   diseases using *RNA-seq*, targeted DNA sequencing, *RRBS*, Illumina
  70   bead arrays, and Affymetrix microarrays from sample collection to
  71   publication.
  72 + Reproducible, scalable bioinformatics analysis using make,
  73   *nextflow*, and *cwl* based workflows on cloud- and cluster-based
  74   systems on terabyte-scale datasets
  75 + Alignment, annotation, and variant calling using existing and custom
  76   software, including *GATK*, *bwa*, *STAR*, and *kallisto*.
  77 + Correcting for and experimental design to overcome multiple
  78   testing, confounders, and batch effects using Bayesian and
  79   frequentist methods approaches
  80 # + Using evolutionary genomics to identify causal human variants
  81 ** Statistics
  82 + Statistical modeling (regression, inference, prediction, and
  83   learning in very large (> 1TB) datasets)
  84 + Addressing confounders and batch effects
  85 # + Reproducible research
  86 ** Big Data
  87 + Parallel and Cloud Computing (slurm, torque, AWS, OpenStack, Azure)
  88 + Inter-process communication: MPI, OpenMP
  89 + Filestorage: Gluster, CEFS, GPFS, Lustre
  90 + Linux system administration
  91 ** Mentoring and Leadership
  92 + Mentored graduate students and Outreachy and Google Summer of Code
  93   interns
  94 + Former chair of Debian's Technical Committee
  95 + Head developer behind https://bugs.debian.org
  96 ** Software Development
  97 + Languages: perl, R, C, C++, python, groovy, sh, make
  98 + Collaborative Development: git, travis, continuous integration,
  99   automated testing
 100 + Web, Mobile: Shiny, jQuery, JavaScript
 101 + Databases: Postgresql (PL/SQL), SQLite, Mysql, NoSQL
 102 + Office Software: Gnumeric, Libreoffice, \LaTeX, Word, Excel,
 103   Powerpoint
 104 ** Communication
 105 + Strong written communication skills as evidenced by publication
 106   record
 107 + Strong verbal and presentation skills as evidenced by presentation
 108   and teaching record
 109 # ** Consortia Involvement
 110 # + *H3A Bionet*: Generating workflows and cloud resources for H3 Africa
 111 # + *Psychiatric Genomics Consortium*: Identification of epigenetic
 112 #   variants which are correlated with PTSD.
 113 # + *SLEGEN*: System lupus erythematosus genetics consortium.
 114 * Authored Software
 115 + *[[http://bugs.debian.org][Debbugs]]*: Bug tracking software for the Debian GNU/Linux
 116    distribution. [[https://bugs.debian.org]]
 117 + *[[http://git.donarmstrong.com/r/CairoHacks.git][CairoHacks]]*: Bookmarks and Raster images for large PDF plots in R.
 118 + *[[http://rzlab.ucr.edu/function2gene/][Function2Gene]]*: Gene selection tool based on literature mining which
 119    enables Bayesian approaches to significance testing.
 120 + *[[http://rzlab.ucr.edu/scripts/wheel/wheel.cgi?sequence=ABCDEFGHIJLKMNOP&submit=Submit][Helical Wheel Projections]]*: Web-based tool to draw helical wheel
 121    protein projections. [[http://rzlab.ucr.edu/scripts/wheel]]
 122 * Publications and Presentations
 123 + 24 peer-reviewed publications cited over 1800 times:
 124   https://dla2.us/pubs
 125 + Publication record in GWAS, expression analysis of microarrays, SLE,
 126   GBM, epigenetics, comparative evolution of mammals, and lipid
 127   membranes
 128 + H index of 11
 129 + Multiple presentations on EWAS of PTSD, genetics of SLE, and Open
 130   Source: https://dla2.us/pres
 131
 132 * Funding and Awards
 133 ** Grants
 134 + 2017 R Consortium: *[[https://www.r-consortium.org/blog/2017/04/03/q1-2017-isc-grants][Adding Linux Binary Builders to R-Hub]]* Role:
 135   Co-PI
 136 + 2015 Blue Waters Allocation Grant: *Making ancestral trees using Bayesian
 137   inference to identify disease-causing genetic variants* Role:
 138   Primary Investigator
 139 + *Tracking placenta and uterine funciton using urinary extracellular vesicles* (R21
 140   RFA-HD-16-037) Role: Key Personnel
 141 + *NIAMS* R01-AR045650-04 *Genetics of Childhood Onset SLE* to Chaim O. Jacob.
 142   Role: Key Personnel
 143 ** Scholarships and Fellowships
 144 + 2001--2003: University of California, Riverside Doctoral Fellowship
 145 + 1997--2001: Regents of the University of California Scholarship.
 146
 147
 148