don_armstrong_resume.org

   1 #+OPTIONS: ^:nil
   2 #+OPTIONS: toc:nil
   3 #+OPTIONS: auto-id:f
   4 #+TITLE: Resume
   5 #+AUTHOR: Don L. Armstrong
   6 #+LATEX_CMD: xelatex
   7 #+LATEX_CLASS: dlaresume
   8 # #+LATEX_CLASS_OPTIONS: [10pt,breaklinks]
   9
  10 * Experience
  11 ** Team Lead Data Engineering at Ginkgo Bioworks \hfill 2022--Present
  12 + Lead and manged team of data engineers, system administrators,
  13   statisticians, bioinformaticians, and scientists at the PhD level
  14   working within the AgBio unit of Ginkgo Bioworks.
  15 + Mentored and coached team members in data science, bioinformatics,
  16   data engineering, and statistics.
  17 + Key leadership role in successful merger of AgBio unit with Ginkgo,
  18   including all relevant R&D business applications and data-adjacent
  19   systems.
  20 ** Team Lead Data Engineering at Bayer Crop Science \hfill 2018--2022
  21 + Hired, managed, and developed team of 5+ Data Engineers, Systems
  22   Administrators, and Business Analysts working within the Biologics
  23   R&D unit of Bayer Crop Science enabling data capture, data
  24   integration, and operationalization of data analysis pipelines
  25 + Developed and supervised implementation of data capture,
  26   integration, and analysis strategies to increase the value of
  27   genomics, metabolomics, transcriptomics, spectroscopic, phenotypic
  28   (/in vitro/ and /in planta/), and fermentation/formulation process
  29   data for discovery and development
  30 + Lead the development of multiple systems while coaching, mentoring,
  31   and developing developers and engineers
  32 + Served as a key collaborator on multiple cross-function and
  33   cross-divisional projects, including leading the architecture of a
  34   life science collaboration using serverless architecture to provide
  35   machine-learning estimates of critical parameters from
  36   spectrographic measurements
  37 + Established and developed network of internal and external contacts
  38   for technical implementation of Bayer program goals.
  39 ** Debian Developer \hfill 2004--Present
  40 + Maintained, managed configurations, and resolved issues in multiple
  41   packages written in R, perl, python, scheme, C++, and C.
  42 + Resolved technical conflicts, developed technical standards, and
  43   provided leadership as the elected chair of the Technical Committee.
  44 + Developer of [[https://bugs.debian.org][Debbugs]], a perl and SQL-based issue-tracker with ≥ 100
  45   million entries with web, REST, and SOAP interfaces.
  46 + Provided vendor-level support for complex systems integration issues
  47   on Debian GNU/Linux systems.
  48 ** Research Scientist at UIUC \hfill 2015--2017
  49 + Planning, design, organization, execution, and analysis of multiple
  50   complex epidemiological studies involving epigenomics,
  51   transcriptomics, and genomics of diseases of pregnancy and
  52   post-traumatic stress disorder.
  53 + Published results in scientific publications and presented results
  54   orally at major scientific conferences.
  55 + Wrote and completed grants, including budgeting, scientific
  56   direction, project management, and reporting.
  57 + Mentored graduate students and collaborated with internal and
  58   external scientists.
  59 + Performed literature review, training, and applied new techniques to
  60   maintain abreast of current scientific literature, principles of
  61   scientific research, and modern statistical methodology.
  62 + Wrote software and designed relational databases using R, perl, C,
  63   SQL, make, and very large computational systems ([[https://bluewaters.ncsa.illinois.edu/][Blue Waters]])
  64 ** Postdoctoral Researcher at USC \hfill 2013--2015
  65 + Design, execution, and analysis of an epidemiological study to
  66   identify genomic variants associated with systemic lupus
  67   erythematosus using targeted deep sequencing.
  68 + Wrote multiple pieces of software to reproducibly analyze and
  69   archive large datasets resulting from genomic sequencing.
  70 + Coordinated with clinicians, molecular biologists, and biologists to
  71   produce analyses and major reports.
  72 ** Postdoctoral Researcher at UCR \hfill 2010--2012
  73 + Executed and analyzed an epidemiological study to identify genomic
  74   variants associated with systemic lupus erythematosus using prior
  75   information and array based approaches in a trio and cross sectional
  76   study of individuals from the Los Angeles and greater United States.
  77 + Wrote and maintained multiple software components to reproducibly
  78   perform the analyses.
  79 * Education
  80 ** Doctor of Philosophy (PhD) in Cell, Molecular and Developmental Biology \hfill UC Riverside
  81 ** Batchelor of Science (BS) in Biology \hfill UC Riverside
  82
  83 * Skills
  84 ** Leadership and Mentoring
  85 + Lead teams of PhD and MD scientists in multiple scientific and
  86   industrial programs
  87 + Mentored graduate students and Outreachy and Google Summer of Code
  88   interns
  89 + Former chair of Debian's Technical Committee
  90 + Head developer behind https://bugs.debian.org
  91 ** Bioinformatics, Genomics, and Epigenomics
  92 + NGS and array-based Genomics and Epigenomics of complex human
  93   diseases using RNA-seq, targeted DNA sequencing, RRBS, Illumina
  94   bead arrays, and Affymetrix microarrays from sample collection to
  95   publication
  96 + Reproducible, scalable bioinformatics analysis using make,
  97   nextflow, and cwl based workflows on cloud- and cluster-based
  98   systems on terabyte-scale datasets
  99 + Alignment, annotation, and variant calling using existing and custom
 100   software, including GATK, bwa, STAR, and kallisto
 101 + Using evolutionary genomics to identify causal human variants
 102 ** Statistics
 103 + Statistical modeling (regression, inference, prediction, and machine
 104   learning in very large (> 1TB) datasets) using R and python.
 105 + Correcting & experimental design to overcome multiple testing,
 106   confounders, and batch effects (both Bayesian and frequentist)
 107 + Reproducible research
 108 ** Software Development
 109 + Languages: python, R, perl, C, C++, python, groovy, sh (bash, POSIX,
 110   and zsh), make
 111 + Collaborative Development: git, Jira, gitlab CI/CD, github actions,
 112   Aha!, continuous integration & deployment, automated testing
 113 + Web, Mobile: Shiny, jQuery, JavaScript
 114 + Databases: Postgresql (PL/SQL), SQLite, Mysql, NoSQL
 115 ** Big Data
 116 + Parallel and Cloud Computing (slurm, torque, AWS, OpenStack, Azure)
 117 + Inter-process communication: MPI, OpenMP
 118 + Filestorage: Gluster, CEFS, GPFS, Lustre
 119 + Linux system administration
 120 ** Applications and Daemons
 121 + Web: apache, ngix, varnish (load balancing/caching), REST, SOAP,
 122   Tomcat
 123 + Build Tools: GNU make, cmake
 124 + Virtualization: libvirt, KVM, qemu, VMware, docker
 125 + VCS: git, mercurial, subversion
 126 + Mail: postfix, exim, sendmail, spamassassin
 127 + Configuration Infrastructure: puppet, hiera, etckeeper, git
 128 + Documentation: \LaTeX, confluence, emacs, MarkDown, MediaWiki, ikiwiki, trac
 129 + Monitoring: munin, nagios, icinga, prometheus
 130 + Issue Tracking: Debbugs, Request Tracker, Trac, JIRA
 131 + Office Software: Gnumeric, Libreoffice, \LaTeX, Word, Excel,
 132   Powerpoint
 133 ** Networking
 134 + Hardware, Linux routing and firewall experience, ferm, DHCP,
 135   openvpn, bonding, NAT, DNHS, SNMP, IPv4, and IPv6.
 136 ** Operating systems
 137 + GNU/Linux (Debian, Ubuntu, Red Hat)
 138 + Windows
 139 + MacOS
 140 ** Communication
 141 + Strong written communication skills as evidenced by publication
 142   record
 143 + Strong verbal and presentation skills as evidenced by presentation,
 144   leadership, and teaching record
 145 * Authored Open Source Software
 146 + *[[http://bugs.debian.org][Debbugs]]*: Bug tracking software for the Debian GNU/Linux
 147    distribution. [[https://bugs.debian.org]]
 148 + *[[http://git.donarmstrong.com/r/CairoHacks.git][CairoHacks]]*: Bookmarks and Raster images for large PDF plots in R.
 149 + *[[http://rzlab.ucr.edu/function2gene/][Function2Gene]]*: Gene selection tool based on literature mining which
 150    enables Bayesian approaches to significance testing.
 151 + *[[http://rzlab.ucr.edu/scripts/wheel/wheel.cgi?sequence=ABCDEFGHIJLKMNOP&submit=Submit][Helical Wheel Projections]]*: Web-based tool to draw helical wheel
 152    protein projections.
 153 * Publications and Presentations
 154 + 24 peer-reviewed publications cited over 3000 times:
 155   https://dla2.us/pubs
 156 + Publication record in GWAS, transcriptomics, SLE, GBM, epigenetics,
 157   comparative evolution of mammals, and lipid membranes
 158 + H index >= 20
 159 + Multiple presentations on EWAS of PTSD, genetics of SLE, and Open
 160   Source: https://dla2.us/pres
 161
 162 * Funding and Awards
 163 ** Grants
 164 + 2017 R Consortium: *[[https://www.r-consortium.org/blog/2017/04/03/q1-2017-isc-grants][Adding Linux Binary Builders to R-Hub]]* Role:
 165   Co-PI
 166 + 2015 Blue Waters Allocation Grant: *Making ancestral trees using Bayesian
 167   inference to identify disease-causing genetic variants* Role:
 168   Primary Investigator
 169 + *Tracking placenta and uterine funciton using urinary extracellular vesicles* (R21
 170   RFA-HD-16-037) Role: Key Personnel
 171 + *NIAMS* R01-AR045650-04 *Genetics of Childhood Onset SLE* to Chaim O. Jacob.
 172   Role: Key Personnel
 173 ** Scholarships and Fellowships
 174 + 2001--2003: University of California, Riverside Doctoral Fellowship
 175 + 1997--2001: Regents of the University of California Scholarship.
 176
 177
 178