dla-resume.org

   1 #+OPTIONS: ^:nil
   2 #+OPTIONS: toc:nil
   3 #+TITLE: Resume
   4 #+AUTHOR: Don Armstrong
   5 #+LATEX_CMD: xelatex
   6 #+LATEX_CLASS: dlaresume
   7 #+LATEX_CLASS_OPTIONS: [10pt,breaklinks]
   8
   9 #+BEGIN_EXPORT latex
  10 \begin{minipage}[t]{0.4\textwidth}
  11   \begin{minipage}[c][0.6in]{2.3in}
  12   {\color{headings}\fontsize{24pt}{24pt}\selectfont {\textsc{\textbf{\myauthor}}}}
  13   {\footnotesize
  14   \href{mailto:\myemail}{\myemail} \hfill
  15   +1~714-813-8531 \\
  16   {\centering  \href{\myweb}{\myweb}
  17   \href{https://github.com/dondelelcaro}{https://github.com/dondelelcaro}
  18   }
  19   }
  20   \vfill
  21   \end{minipage}
  22   \hfill
  23    \begin{minipage}[t]{0.0in}
  24      % dummy (needed here)
  25   \end{minipage}
  26 %  \medskip
  27   % Address and contact block
  28   \hfill
  29   \begin{minipage}[c][0.6in]{0.6in}
  30   \href{https://dla2.us/res}{\qrcode[tight,level=L,nolink,height=0.6in]{https://dla2.us/res}}
  31   \end{minipage}
  32   \vspace{1em}
  33 #+END_EXPORT
  34
  35
  36 * Education
  37 ** UC Riverside
  38 + *PhD* in Cell, Molecular and Developmental Biology
  39 + *BS* in Biology
  40 * Skills
  41 ** Genomics and Epigenomics
  42 + *NGS* and array-based Genomics and Epigenomics of complex human
  43   diseases using *RNA-seq*, targeted DNA sequencing, *RRBS*, Illumina
  44   bead arrays, and Affymetrix microarrays from sample collection to
  45   publication.
  46 + Reproducible, scalable bioinformatics analysis using make,
  47   *nextflow*, and *cwl* based workflows on cloud- and cluster-based
  48   systems on terabyte-scale datasets
  49 + Alignment, annotation, and variant calling using existing and
  50   custom-written software, including *GATK*, *bwa*, *STAR*, and
  51   *kallisto*.
  52 + Correcting for and experimental design to overcome multiple
  53   testing, confounders, and batch effects using Bayesian and
  54   frequentist methods approaches
  55 # + Using evolutionary genomics to identify causal human variants
  56 ** Statistics
  57 + Statistical modeling (regression, inference, prediction, and
  58   learning in very large (> 1TB) datasets)
  59 + Addressing confounders and batch effects
  60 # + Reproducible research
  61 ** Big Data
  62 + Parallel and Cloud Computing (slurm, torque, AWS, OpenStack, Azure)
  63 + Inter-process communication: MPI, OpenMP
  64 + Filestorage: Gluster, CEFS, GPFS, Lustre
  65 + Linux system administration
  66 ** Mentoring and Leadership
  67 + Mentored graduate students and Outreachy and Google Summer of Code
  68   interns
  69 + Former chair of Debian's Technical Committee
  70 + Head developer behind https://bugs.debian.org
  71 ** Software Development
  72 + Languages: perl, R, C, C++, python, groovy, sh, make
  73 + Collaborative Development: git, travis, continuous integration,
  74   automated testing
  75 + Web, Mobile: Shiny, jQuery, JavaScript
  76 + Databases: Postgresql (PL/SQL), SQLite, Mysql, NoSQL
  77 + Office Software: Gnumeric, Libreoffice, \LaTeX, Word, Excel,
  78   Powerpoint
  79 ** Communication
  80 + Strong written communication skills as evidenced by publication
  81   record
  82 + Strong verbal and presentation skills as evidenced by presentation
  83   and teaching record
  84 # ** Consortia Involvement
  85 # + *H3A Bionet*: Generating workflows and cloud resources for H3 Africa
  86 # + *Psychiatric Genomics Consortium*: Identification of epigenetic
  87 #   variants which are correlated with PTSD.
  88 # + *SLEGEN*: System lupus erythematosus genetics consortium.
  89
  90 #+BEGIN_EXPORT latex
  91 \end{minipage}
  92   \hfill
  93    \begin{minipage}[t]{0.0in}
  94      % dummy (needed here)
  95   \end{minipage}
  96   \medskip
  97 \hfill
  98 \begin{minipage}[t]{0.55\textwidth}
  99
 100 #+END_EXPORT
 101 * Experience
 102 ** Research Scientist at UIUC
 103 + 2015--Present. University of Illinois at Urbana-Champaign. Epigenetic
 104   modifications associated with PTSD, the genomic basis of the
 105   development of parturition in mammals, and detecting adverse
 106   pregnancy outcomes using urinary exosomes.
 107 ** Postdoctoral Researcher at USC
 108 + 2013--2015. Identifying genes and causal alleles associated with
 109   Systemic Lupus Erythematosus using genome-wide association,
 110   next-generation sequencing, computational and biochemical
 111   approaches.
 112 ** Postdoctoral Researcher at UCR
 113 + 2010--2012. Identifying genes which are associated with Systemic
 114   Lupus Erythematosus using prior information and targeted trio-based
 115   studies.
 116 ** Debian Developer
 117 + 2004--Present. \emph{Debian Project}, Developer; Technical Committee
 118   Member (2010--2016), Technical Committee Chair (2015--2016).
 119 * Authored Software
 120 + *[[http://bugs.debian.org][Debbugs]]*: Bug tracking software for the Debian GNU/Linux
 121    distribution. [[https://bugs.debian.org]]
 122 + *[[http://git.donarmstrong.com/r/CairoHacks.git][CairoHacks]]*: Bookmarks and Raster images for large PDF plots in R.
 123 + *[[http://rzlab.ucr.edu/function2gene/][Function2Gene]]*: Gene selection tool based on literature mining which
 124    enables Bayesian approaches to significance testing.
 125 + *[[http://rzlab.ucr.edu/scripts/wheel/wheel.cgi?sequence=ABCDEFGHIJLKMNOP&submit=Submit][Helical Wheel Projections]]*: Web-based tool to draw helical wheel
 126    protein projections. [[http://rzlab.ucr.edu/scripts/wheel]]
 127 * Publications and Presentations
 128 + 20 peer-reviewed refereed publications cited over 1700 times:
 129   https://dla2.us/pubs
 130 + Publication record in GWAS, expression analysis of microarrays,
 131   epigenetics, comparative evolution of mammals, and lipid membranes
 132 + H index of 11
 133 + Multiple presentations on EWAS of PTSD, genetics of SLE, and Open
 134   Source: https://dla2.us/pres
 135
 136 * Funding and Awards
 137 ** Grants
 138 + 2017 R Consortium: *[[https://www.r-consortium.org/blog/2017/04/03/q1-2017-isc-grants][Adding Linux Binary Builders to R-Hub]]* Role:
 139   Co-PI
 140 + 2015 Blue Waters Allocation Grant: *Making ancestral trees using Bayesian
 141   inference to identify disease-causing genetic variants* Role:
 142   Primary Investigator
 143 + *Tracking placenta and uterine funciton using urinary extracellular vesicles* (R21
 144   RFA-HD-16-037) Role: Key Personnel
 145 + *NIAMS* R01-AR045650-04 *Genetics of Childhood Onset SLE* to Chaim O. Jacob.
 146   Role: Key Personnel
 147 ** Scholarships and Fellowships
 148 + 2001--2003: University of California, Riverside Doctoral Fellowship
 149 + 1997--2001: Regents of the University of California Scholarship.
 150
 151 #+BEGIN_EXPORT latex
 152 \end{minipage}
 153 #+END_EXPORT
 154
 155
 156