dla-resume.org

   1 #+OPTIONS: ^:nil
   2 #+OPTIONS: toc:nil
   3 #+TITLE: Resume
   4 #+AUTHOR: Don Armstrong
   5 #+LATEX_CMD: xelatex
   6 #+LATEX_CLASS: dlaresume
   7 #+LATEX_CLASS_OPTIONS: [10pt,breaklinks]
   8
   9 #+BEGIN_EXPORT latex
  10 \begin{minipage}[t]{0.4\textwidth}
  11   \begin{minipage}[c][0.6in]{2.3in}
  12   {\color{headings}\fontsize{24pt}{24pt}\selectfont {\textsc{\textbf{\myauthor}}}}
  13   {\footnotesize
  14   \href{mailto:\myemail}{\myemail} \hfill
  15   +1~714-813-8531 \\
  16   {\centering  \href{\myweb}{\myweb} }
  17   }
  18   \vfill
  19   \end{minipage}
  20   \hfill
  21    \begin{minipage}[t]{0.0in}
  22      % dummy (needed here)
  23   \end{minipage}
  24 %  \medskip
  25   % Address and contact block
  26   \hfill
  27   \begin{minipage}[c][0.6in]{0.6in}
  28   \href{https://dla2.us/res}{\qrcode[tight,level=L,nolink,height=0.6in]{https://dla2.us/res}}
  29   \end{minipage}
  30   \vspace{1em}
  31 #+END_EXPORT
  32
  33
  34 * Education
  35 ** UC Riverside
  36 + *PhD* in Cell, Molecular and Developmental Biology
  37 + *BS* in Biology
  38 * Skills
  39 ** Genomics and Epigenomics
  40 + Genomics and Epigenomics of complex human diseases including
  41   PTSD, Systemic Lupus Erythematosus, and Alzheimer's Disease using
  42   cross-sectional and longitudinal experimental designs
  43 + Correcting for and experimental design to overcome multiple
  44   testing, confounders, and batch effects using Bayesian and
  45   frequentist methods approaches
  46 + Reproducible, scalable analysis using workflows on cloud- and
  47   cluster-based systems on terabyte-scale datasets
  48 + Using evolutionary genomics to identify causal human variants
  49 ** Statistics
  50 + Statistical modeling
  51 + Addressing confounders and batch effects
  52 + Reproducible research
  53 ** Big Data
  54 + Parallel and Cloud Computing
  55 + Inter-process communication: MPI, OpenMP, Hadoop
  56 + Filestorage: Gluster, CEFS, GPFS, Lustre
  57 + Cloud based-infrastructure: Azure, AWS, Docker, cloud-init
  58 + Debian GNU/Linux system administration
  59 ** Mentoring and Leadership
  60 + Mentored graduate students and Outreachy and Google Summer of Code
  61   interns
  62 + Chairperson of the Debian Technical Committee
  63 + Head developer behind https://bugs.debian.org
  64 ** Software Development
  65 + Languages: perl, R, C, C++, python, groovy, assembly, sh, make
  66 + Collaborative Development: git, travis, continuous integration,
  67   automated testing
  68 + Databases: Postgresql (PL/SQL), SQLite, Mysql
  69 ** Communication
  70 + Strong written communication skills as evidenced by publication
  71   record
  72 + Strong verbal and presentation skills as evidenced by presentation
  73   and teaching record
  74 # ** Consortia Involvement
  75 # + *H3A Bionet*: Generating workflows and cloud resources for H3 Africa
  76 # + *Psychiatric Genomics Consortium*: Identification of epigenetic
  77 #   variants which are correlated with PTSD.
  78 # + *SLEGEN*: System lupus erythematosus genetics consortium.
  79
  80 #+BEGIN_EXPORT latex
  81 \end{minipage}
  82   \hfill
  83    \begin{minipage}[t]{0.0in}
  84      % dummy (needed here)
  85   \end{minipage}
  86   \medskip
  87 \hfill
  88 \begin{minipage}[t]{0.55\textwidth}
  89
  90 #+END_EXPORT
  91 * Experience
  92 ** Research Scientist at UIUC
  93 + 2015--Present. University of Illinois at Urbana-Champaign. Epigenetic
  94   modifications associated with PTSD, the genomic basis of the
  95   development of parturition in mammals, and detecting adverse
  96   pregnancy outcomes using urinary exosomes.
  97 ** Postdoctoral Researcher at USC
  98 + 2013--2015. Identifying genes and causal alleles associated with
  99   Systemic Lupus Erythematosus using genome-wide association,
 100   next-generation sequencing, computational and biochemical
 101   approaches.
 102 ** Postdoctoral Researcher at UCR
 103 + 2010--2012. Identifying genes which are associated with Systemic
 104   Lupus Erythematosus using prior information and targeted trio-based
 105   studies.
 106 ** Debian Developer
 107 + 2004--Present. \emph{Debian Project}, Developer; Technical Committee
 108   Member (2010--Present), Technical Committee Chair (2015--2016).
 109 * Authored Software
 110 + *[[http://bugs.debian.org][Debbugs]]*: Bug tracking software for the Debian GNU/Linux
 111    distribution. [[https://bugs.debian.org]]
 112 + *[[http://git.donarmstrong.com/r/CairoHacks.git][CairoHacks]]*: Bookmarks and Raster images for large PDF plots in R.
 113 + *[[http://rzlab.ucr.edu/function2gene/][Function2Gene]]*: Gene selection tool based on literature mining which
 114    enables Bayesian approaches to significance testing.
 115 + *[[http://rzlab.ucr.edu/scripts/wheel/wheel.cgi?sequence=ABCDEFGHIJLKMNOP&submit=Submit][Helical Wheel Projections]]*: Web-based tool to draw helical wheel
 116    protein projections. [[http://rzlab.ucr.edu/scripts/wheel]]
 117 * Publications and Presentations
 118 + 20 peer-reviewed refereed publications cited over 1700 times:
 119   https://dla2.us/pubs
 120 + Publication record in GWAS, expression analysis of microarrays,
 121   epigenetics, comparative evolution of mammals, and lipid membranes
 122 + H index of 11
 123 + Multiple presentations on EWAS of PTSD, genetics of SLE, and Open
 124   Source: https://dla2.us/pres
 125
 126 * Funding and Awards
 127 ** Grants
 128 + 2017 R Consortium: *[[https://www.r-consortium.org/blog/2017/04/03/q1-2017-isc-grants][Adding Linux Binary Builders to R-Hub]]* Role:
 129   Co-PI
 130 + 2015 Blue Waters Allocation Grant: *Making ancestral trees using Bayesian
 131   inference to identify disease-causing genetic variants* Role:
 132   Primary Investigator
 133 + *Tracking placenta and uterine funciton using urinary extracellular vesicles* (R21
 134   RFA-HD-16-037) Role: Key Personnel
 135 + *NIAMS* R01-AR045650-04 *Genetics of Childhood Onset SLE* to Chaim O. Jacob.
 136   Role: Key Personnel
 137 ** Scholarships and Fellowships
 138 + 2001--2003: University of California, Riverside Doctoral Fellowship
 139 + 1997--2001: Regents of the University of California Scholarship.
 140
 141 #+BEGIN_EXPORT latex
 142 \end{minipage}
 143 #+END_EXPORT
 144
 145
 146