dla-resume.org

   1 #+OPTIONS: ^:nil
   2 #+OPTIONS: toc:nil
   3 #+TITLE: Resume
   4 #+AUTHOR: Don Armstrong
   5 #+LATEX_CMD: xelatex
   6 #+LATEX_CLASS: dlaresume
   7 #+LATEX_CLASS_OPTIONS: [10pt,breaklinks]
   8
   9 #+BEGIN_EXPORT latex
  10   %% Name
  11   \noindent{\Huge {\textsc{\textbf{\myauthor}}}}
  12   \hfill
  13    \begin{minipage}[t]{0.0in}
  14      % dummy (needed here)
  15   \end{minipage}
  16   \medskip
  17   % Address and contact block
  18   \hfill
  19   \begin{minipage}[t]{1.7in}
  20     \flushright {\footnotesize
  21       \myphone \\
  22       \href{mailto:\myemail}{\myemail} \\
  23       \href{\myweb}{\myweb}}
  24   \end{minipage}
  25
  26   \medskip
  27
  28 #+END_EXPORT
  29
  30 #+BEGIN_EXPORT latex
  31 \begin{minipage}[t]{0.33\textwidth}
  32 #+END_EXPORT
  33
  34 * Education
  35 ** UC Riverside
  36 + *PhD* in Cell, Molecular and Developmental Biology. July 2008.
  37 + *BS* in Biology. July 2001.
  38 * Skills
  39 ** Statistics
  40    + Multiple testing and confounders
  41    + Genetic epidemiology of human populations
  42    + Modeling (GLM, ordered models, etc.)
  43 ** -omics
  44    + DNA Methylation analysis in humans and non-model organisms
  45    + RNA quantification and differential analysis using RNAseq and
  46      arrays in humans and non-model organisms
  47    + DNA variant calling and analysis in tens of thousands of samples
  48 ** Software Development
  49    + Languages: perl, R, C, C++, assembly, sh
  50    + Collaborative Development: git, issue tracking, testing harnesses
  51    + Databases: Postgresql (PL/SQL), SQLite, Mysql
  52 ** Parallel and Cloud Computing
  53    + Inter-process communication: MPI, OpenMP, Hadoop
  54    + Filestorage: Gluster, CEFS, GPFS, Lustre
  55    + Cloud based-infrastructure: Azure, AWS, Docker, cloud-init
  56    + Debian GNU/Linux system administration
  57
  58 #+BEGIN_EXPORT latex
  59 \end{minipage}
  60 \hfill
  61 \begin{minipage}[t]{0.66\textwidth}
  62
  63 #+END_EXPORT
  64 * Experience
  65 ** Research Scientist at UIUC
  66 + 2015--Present. University of Illinois at Urbana-Champaign. Epigenetic
  67   modifications associated with PTSD, the genomic basis of the
  68   development of parturition in mammals, and detecting adverse
  69   pregnancy outcomes.
  70 ** Postdoctoral Researcher at USC
  71 + 2013--2015. Identifying genes and causal alleles associated with
  72   Systemic Lupus Erythematosus using genome-wide association,
  73   next-generation sequencing, computational and biochemical
  74   approaches.
  75 ** Postdoctoral Researcher at UCR
  76 + 2010--2012. Identifying genes which are associated with Systemic
  77   Lupus Erythematosus using prior information and targeted trio-based
  78   studies.
  79 ** Debian Developer with the Debian Project
  80 + 2004--Present. \emph{Debian Project}, Developer; Technical Committee
  81   Member (2010--Present), Technical Committee Chair (2015--2016).
  82 * Authored Software
  83 + *[[http://bugs.debian.org][Debbugs]]*: Bug tracking software for the Debian GNU/Linux
  84    distribution. [[https://bugs.debian.org]]
  85 + *[[http://git.donarmstrong.com/r/CairoHacks.git][CairoHacks]]*: Bookmarks and Raster images for large PDF plots in R.
  86 + *[[http://rzlab.ucr.edu/function2gene/][Function2Gene]]*: Gene selection tool based on literature mining which
  87    enables Bayesian approaches to significance testing.
  88 + *[[http://rzlab.ucr.edu/scripts/wheel/wheel.cgi?sequence=ABCDEFGHIJLKMNOP&submit=Submit][Helical Wheel Projections]]*: Web-based tool to draw helical wheel
  89    protein projections. [[http://rzlab.ucr.edu/scripts/wheel]]
  90 * Publications
  91 + 20 peer-reviewed refereed publications cited over 1700 times
  92 + Publication record in GWAS, expression analysis
  93
  94 #+BEGIN_EXPORT latex
  95 \end{minipage}
  96 #+END_EXPORT
  97
  98 * Funding and Awards
  99 ** Grants
 100 + 2017 R Consortium: *[[https://www.r-consortium.org/blog/2017/04/03/q1-2017-isc-grants][Adding Linux Binary Builders to R-Hub]]* Role:
 101   Co-PI
 102 + 2015 Blue Waters Allocation Grant: *Making ancestral trees using Bayesian
 103   inference to identify disease-causing genetic variants* Role:
 104   Primary Investigator
 105 + BD2K Mentored Career Development Award: *Predicting individualized*
 106   *chemotherapeutic treatment outcomes using large multi-omics and*
 107   *clinical datasets* (K01 RFA-ES-16-002) (under review) Role: PI
 108 + *Mechanism of PR Resistance in Endometriosis* (R01 RFA-HD-16-036)
 109   (under review) Role: Co-PI
 110 + *Tracking placenta and uterine funciton using urinary extracellular vesicles* (R21
 111   RFA-HD-16-037) (under review) Role: Key Personnel
 112 + *Molecular Transducers of Physical Activity Bioinformatics Center*
 113   (U24 RFA-RM-15-012) (under review) Role: Key Personnel
 114 + *NIAMS* R01-AR045650-04 *Genetics of Childhood Onset SLE* to Chaim O. Jacob.
 115   Role: Key Personnel
 116 ** Conference Awards
 117 + 2007 FOCIS Trainee Award
 118 + 2009 FOCIS Trainee Award
 119 ** Scholarships and Fellowships
 120 + 2001--2003: University of California, Riverside Doctoral Fellowship
 121 + 1997--2001: Regents of the University of California Scholarship.
 122 * Service
 123 ** Consortiums
 124 + *H3A Bionet*: Generating workflows and cloud resources for
 125   bioinformatics analysis as part of the H3 Africa consortium
 126 + *Psychiatric Genomics Consortium*: Identification of epigenetic
 127   variants which are correlated with PTSD.
 128 + *SLEGEN*: System lupus erythematosus genetics consortium.
 129 ** Mentoring
 130 + *Laren Riesche*: Differential methylation of marmoset placentas
 131   using RRBS. Statistical training and bioinformatics training
 132   resulting in PhD in Nursing. 2016-2017.
 133 + *Christine Y. Chan*: Ancestral trees for disease predictions. 2016
 134 + *[[https://developers.google.com/open-source/gsoc/2006/][Phillip Kern]]*: GUI for Debian's bug tracking system.
 135 + *[[https://gnome.org/opw/][Virginia King]]*: Improving documentation of Debian's Bug Tracking system.
 136 ** Reviewing
 137 + /Ad hoc/ reviewer for PLoS One.
 138
 139
 140