blib/script/get_reference

   1 #!/usr/bin/perl
   2
   3 eval 'exec /usr/bin/perl  -S $0 ${1+"$@"}'
   4     if 0; # not running under some shell
   5 # This program is part of da_reference, and is released under the
   6 # terms of the GPL version 2, or any later version, at your
   7 # option. See the file README and COPYING for more information.
   8 # Copyright 2004 by Don Armstrong <don@donarmstrong.com>.
   9 # $Id: get_reference 45 2013-09-10 18:05:31Z don $
  10
  11
  12 use warnings;
  13 use strict;
  14
  15
  16 use Getopt::Long;
  17 use Reference;
  18 use Pod::Usage;
  19
  20 =head1 NAME
  21
  22 get_reference - Retrieve a reference from somewhere and output the
  23 formatted reference to STDOUT.
  24
  25 =head1 SYNOPSIS
  26
  27 get_reference [options] referenceid [referenceid ...]
  28
  29  Options:
  30   --pmid,-p referenceid is a pub med id. (Default)
  31   --bibtex,-b ouput in bibtex format (Default)
  32   --debug, -d debugging level (Default 0)
  33   --help,-h display this help
  34   --man,-m display manual
  35
  36 =head1 OPTIONS
  37
  38 =over
  39
  40 =item B<--pmid, -p>
  41
  42 The referenceid listed is a Pub Med ID. (Default)
  43
  44 =item B<--bibtex, -b>
  45
  46 Output the listed referenceid in BibTeX format. (Default)
  47
  48 =item B<--help, -h>
  49
  50 Display brief useage information.
  51
  52 =item B<--man, -m>
  53
  54 Display this manual.
  55
  56 =back
  57
  58 =head1 EXAMPLES
  59
  60      get_reference -p -b -d 1 123456;
  61
  62      get_reference 123456;
  63
  64 =cut
  65
  66
  67
  68 use vars qw($DEBUG);
  69
  70 my %options = (pmid   => 1,
  71                bibtex => 1,
  72                debug  => 0,
  73                help   => 0,
  74                man    => 0,
  75                suggest_name => 0,
  76                journal_titles => 0,
  77               );
  78
  79 GetOptions(\%options,'pmid|p','bibtex|b','suggest_name|suggest-name','debug|d','help|h','man|m',
  80            'journal_titles|journal-titles|journal_title|journal-titles',
  81           );
  82
  83 pod2usage() if $options{help};
  84 pod2usage({verbose=>2}) if $options{man};
  85
  86 $DEBUG = $options{debug};
  87
  88 if ($options{pmid} and $options{bibtex}) {
  89      use Reference::Type::Article;
  90      use Reference::Retrieve::PubMed;
  91      use Reference::Output::Bibtex;
  92      use Reference::Output::Filename;
  93      use Encode qw(encode_utf8);
  94      $Reference::Retrieve::PubMed::DEBUG = $options{debug};
  95      foreach my $pmid (@ARGV) {
  96           next unless ($pmid) = $pmid =~ /(\d+)/;
  97           print STDERR "dealing with $pmid\n" if $DEBUG;
  98           my $reference = scalar Reference::Retrieve::PubMed::get_reference_by_pmid(pmid => $pmid);
  99           print STDERR "Unable to retrieve reference for $pmid\n" and next if not defined $reference;
 100           if ($options{suggest_name}) {
 101                # try to suggest a name for the reference
 102                print '%Filename: '.lc(encode_utf8(Reference::Output::Bibtex::convert_to_utf8(filename($reference))))."\n";
 103           }
 104       if ($options{journal_titles}) {
 105           print '%Medline: @string {'.$reference->journal(output=>'bibtex').'="'.
 106               $reference->journal(output=>'medline').qq("}\n);
 107           print '%isoabbr: @string {'.$reference->journal(output=>'bibtex').'="'.
 108               $reference->journal(output=>'iso').qq("}\n);
 109           print '%full: @string {'.$reference->journal(output=>'bibtex').'="'.
 110               $reference->journal().qq("}\n);
 111       }
 112           print scalar bibtex($reference);
 113      }
 114 }