examples/mtCDNAape/README.txt

   1 Notes by Ziheng, 12 August 2003, modified in October 2008\r
   2 \r
   3 (A) This is about codon models for McDonald & Kreithman-style test using\r
   4 the ape mt data used in Hasegawa et al. (1998).\r
   5 \r
   6 mtCDNAape.nuc\r
   7 mtCDNAape.trees\r
   8 \r
   9 The following are model specifications and log likelihood values, as\r
  10 well as MLEs.  "W" and "B" refer to within- and between-species\r
  11 branches.  "R" and "C" refer to radical and conserved amino acid\r
  12 changes.\r
  13 \r
  14 \r
  15 np=11 model=0 aaDist=0: lnL=-20486.034301  k=20.74839  w=0.04414\r
  16 \r
  17 np=12 model=2 aaDist=0: lnL=-20444.099676  k=21.59077  wW=0.28638  wB=0.03693\r
  18 \r
  19 np=12 model=0 aaDist=7: lnL=-20482.229434  k=20.52018  wR=0.02745  wC=0.04658\r
  20 \r
  21 np=14 model=2 aaDist=7: lnL=-20440.382774  k=21.36004  wWR=0.15012  wWC=0.30470  wBR=0.02380  wBC=0.03885\r
  22 \r
  23 \r
  24 (B) mtCDNA.HC.txt (control file codeml.HC.ctl) has the human and chimp\r
  25 sequences only, and is the dataset analyzed by Yang and Nielsen (2008,\r
  26 table 1).  The new models described in that paper are implemented\r
  27 using the two control variables CodonFreq and estFreq in the control\r
  28 file codeml.ctl.  You can try to duplicate our results.  Note that\r
  29 some results are in the supplementary result file rst.\r
  30 \r
  31     CodonFreq = 7  * 0:1/61 each, 1:F1X4, 2:F3X4, 3:codon table\r
  32                    * 4:F1x4MG, 5:F3x4MG, 6:FMutSel0, 7:FMutSel\r
  33       estFreq = 1\r
  34 \r
  35 Run the analysis by \r
  36     codeml codeml.HC.ctl\r
  37 \r
  38 In this case, the control file specifies clock = 1.  The clock is used\r
  39 as there are only 2 sequences and the tree (2s.trees) is rooted.  If\r
  40 you have more than 2 sequences, you should use an unrooted tree and\r
  41 clock = 0.\r
  42 \r
  43 \r
  44 \r
  45 \r
  46 References\r
  47 \r
  48 Hasegawa, M., Y. Cao and Z. Yang. 1998. Preponderance of slightly\r
  49 deleterious polymorphism in mitochondrial DNA: replacement/synonymous\r
  50 rate ratio is much higher within species than between\r
  51 species. Molecular Biology and Evolution 15:1499-1505.\r
  52 \r
  53 Yang Z, Nielsen R. 2008. Mutation-selection models of codon substitution \r
  54 and their use to estimate selective strengths on codon usage. \r
  55 Molecular Biology and Evolution 25:568-579.\r
  56 \r
  57 Yang, Z., R. Nielsen and M. Hasegawa. 1998. Models of amino acid\r
  58 substitution and applications to mitochondrial protein\r
  59 evolution. Molecular Biology and Evolution 15:1600-1611.\r