examples/lysozyme/lysozymeLarge.nuc

   1   19   390  GC\r
   2 \r
   3 1.human\r
   4 AAGGTCTTTG AAAGGTGTGA GTTGGCCAGA ACTCTGAAAA GATTGGGAAT GGATGGCTAC      60\r
   5 AGGGGAATCA GCCTAGCAAA CTGGATGTGT TTGGCCAAAT GGGAGAGTGG TTACAACACA     120\r
   6 CGAGCTACAA ACTACAATGC TGGAGACAGA AGCACTGATT ATGGGATATT TCAGATCAAT     180\r
   7 AGCCGCTACT GGTGTAATGA TGGCAAAACC CCAGGAGCAG TTAATGCCTG TCATTTATCC     240\r
   8 TGCAGTGCTT TGCTGCAAGA TAACATCGCT GATGCTGTAG CTTGTGCAAA GAGGGTTGTC     300\r
   9 CGTGATCCAC AAGGCATTAG AGCATGGGTG GCATGGAGAA ATCGTTGTCA AAACAGAGAT     360\r
  10 GTCCGTCAGT ATGTTCAAGG TTGTGGAGTG                                      390\r
  11 \r
  12 2.chimp_bonobo_gorilla\r
  13 AAGGTCTTTG AAAGGTGTGA GTTGGCCAGA ACTCTGAAAA GATTGGGAAT GGATGGCTAC      60\r
  14 AGGGGAATCA GCCTAGCAAA CTGGATGTGT TTGGCCAAAT GGGAGAGTGG TTATAACACA     120\r
  15 CGAGCTACAA ACTACAATGC TGGAGACAGA AGCACTGATT ATGGGATATT TCAGATCAAT     180\r
  16 AGCCGCTACT GGTGTAATGA TGGCAAAACC CCAGGAGCAG TTAATGCCTG TCATTTATCC     240\r
  17 TGCAGTGCTT TGCTGCAAGA TAACATCGCT GATGCTGTAG CTTGTGCAAA GAGGGTTGTC     300\r
  18 CGTGATCCAC AAGGCATTAG AGCATGGGTG GCATGGAGAA ATCGTTGTCA AAACAGAGAT     360\r
  19 GTCCGTCAGT ATGTTCAAGG TTGTGGAGTA                                      390\r
  20 \r
  21 3.orangutan_Ppy\r
  22 AAGGTCTTTG AAAGGTGTGA GTTGGCCAGA ACTCTGAAAA GATTGGGAAT GGATGGCTAC      60\r
  23 AGGGGAATCA GCCTAGCAAA CTGGATGTGT TTGGCCAAAT GGGAGAGTGG TTATAACACA     120\r
  24 CGAGCTACAA ACTACAATCC TGGAGACAGA AGCACTGATT ATGGGATATT TCAGATCAAT     180\r
  25 AGCCGCTACT GGTGTAATGA TGGCAAAACC CCAGGAGCAG TTAATGCCTG TCATTTATCC     240\r
  26 TGCAGTGCTT TGCTGCAAGA TAACATCGCT GATGCTGTAG CTTGTGCAAA GAGGGTTGTC     300\r
  27 CGTGATCCAC AAGGCATTAG AGCATGGGTG GCATGGAGAA ATCGTTGTCA AAACAGAGAT     360\r
  28 GTCCGTCAGT ATGTTCAAGG TTGTGGAGTA                                      390\r
  29 \r
  30 4.gibbon_Ggo\r
  31 AAGGTCTTTG AAAGGTGTGA GTTGGCCAGA ACTCTGAAAA GATTGGGAAT GGATGGCTAC      60\r
  32 AGGGGAATCA GCCTAGCAAA CTGGATGTGT TTGGCCAAAT GGGAGAGTGG TTATAACACA     120\r
  33 CGAGCTACAA ACTACAATCC TGGAGACAGA AGCACTGATT ATGGGATATT TCAGATCAAT     180\r
  34 AGCCGCTACT GGTGTAATGA TGGCAAAACC CCAGGAGCAG TTAATGCCTG TCATTTATCC     240\r
  35 TGCAATGCTT TGCTGCAAGA TAACATCGCC GATGCTGTAG CTTGTGCAAA GAGGGTTGTC     300\r
  36 CGCGATCCAC AAGGCATTAG AGCATGGGTG GCATGGAGAA ATCGTTGTCA AAACAGAGAT     360\r
  37 CTCCGTCAGT ATATTCAAGG TTGTGGAGTA                                      390\r
  38 \r
  39 5.colobus_Cgu&Can\r
  40 AAGATCTTTG AAAGGTGTGA GTTGGCCAGA ACTCTGAAAA AATTGGGACT GGATGGCTAC      60\r
  41 AAGGGAGTCA GCCTAGCAAA CTGGGTGTGT TTGGCCAAAT GGGAGAGTGG TTATAACACA     120\r
  42 GACGCTACAA ACTACAATCC TGGAGATGAA AGCACTGATT ATGGGATATT TCAGATCAAT     180\r
  43 AGCCGCTACT GGTGTAATAA TGGCAAAACC CCAGGAGCAG TTAATGCCTG TCATATATCC     240\r
  44 TGCAATGCTT TGCTGCAAAA TAACATCGCT GATGCTGTAG CTTGTGCAAA GAGGGTTGTC     300\r
  45 AGTGATCCAC AAGGCATTCG AGCATGGGTG GCATGGAAAA AGCACTGTCA AAACAGAGAT     360\r
  46 GTCAGTCAGT ATGTTGAAGG TTGTGGAGTA                                      390\r
  47 \r
  48 6.langur_Sen&Sve\r
  49 AAGATCTTTG AAAGGTGTGA GTTGGCCAGA ACTCTGAAAA AATTGGGACT GGATGGCTAC      60\r
  50 AAGGGAGTCA GCCTAGCAAA CTGGGTGTGT TTGGCCAAAT GGGAGAGTGG TTATAACACA     120\r
  51 GAAGCTACAA ACTACAATCC TGGAGACGAA AGCACTGATT ATGGCATATT TCAGATCAAT     180\r
  52 AGCCGCTACT GGTGTAATAA TGGCAAAACC CCAGGAGCAG TTGATGCCTG TCATATATCC     240\r
  53 TGCAGTGCTT TGCTGCAAAA TAACATCGCT GATGCTGTAG CTTGTGCAAA GAGGGTTGTC     300\r
  54 AGTGATCCAC AAGGCATTCG AGCATGGGTG GCATGGAGAA ATCACTGTCA AAACAAAGAT     360\r
  55 GTCAGTCAGT ACGTTAAAGG TTGTGGAGTA                                      390\r
  56 \r
  57 7.langur_Tob&Tfr\r
  58 AAGATCTTTG AAAGGTGTGA GTTGGCCAGA ACTCTGAAAA AATTGGGACT GGATGGCTAC      60\r
  59 AAGGGAGTCA GCCTAGCAAA CTGGGTGTGT TTGGCCAAAT GGGAGAGTGG TTATAACACA     120\r
  60 GAAGCTACAA ACTACAATCC TGGAGACGAA AGCACTGATT ATGGGATATT TCAGATCAAT     180\r
  61 AGCCGCTACT GGTGTAATAA TGGCAAAACC CCAGGAGCAG TTGATGCCTG TCATATATCC     240\r
  62 TGCAGTGCTT TGCTGCAAAA TAACATCGCT GATGCTGTAG CTTGTGCAAA GAGGGTTGTC     300\r
  63 AGTGATCCAC AAGGCATTCG AGCATGGGTG GCATGGAGAA ATCACTGTCA AAACAAAGAT     360\r
  64 GTCAGTCAGT ACGTTAAAGG TTGTGGAGTA                                      390\r
  65 \r
  66 8.Douc_langur_Pne\r
  67 AAGATCTTTG AAAGGTGTGA GTTGGCCAGA ACTCTGAAAA AATTGGGACT GGATGGCTAC      60\r
  68 AAGGGAGTCA GCCTAGCAAA CTGGGTGTGT TTGGCCAAAT GGGAGAGTGG TTATAACACA     120\r
  69 GAAGCTACAA ACTACAATCC TGGAGACGAA AGCACTGATT ATGGGATATT TCAGATCAAT     180\r
  70 AGCCGCTACT GGTGTAATAA TGGCAAAACC CCAGGAGCAG TTGATGCCTG TCATATATCC     240\r
  71 TGCAGTGCTT TGCTGCAAAA CAACATCGCT GATGCTGTAG CTTGTGCAAA GAGGGTTGTC     300\r
  72 AGTGATCCAC AAGGCGTTCG AGCATGGGTG GCATGGAGAA ATCACTGTCA AAACAAAGAT     360\r
  73 GTCAGTCAGT ACGTTAAAGG TTGTGGAGTG                                      390\r
  74 \r
  75 9.probiscis_Nla\r
  76 AAGATCTTTG AAAGGTGTGA GTTGGCCAGA ACTCTGAAAA AATTGGGACT GGATGGCTAC      60\r
  77 AAGGGAGTCA GCCTAGCAAA CTGGGTGTGT TTGGCCAAAT GGGAGAGTGG TTATAACACA     120\r
  78 GAAGCTACAA ACTACAATCC TGGAGACGAA AGCACTGATT ATGGGATATT TCAGATCAAT     180\r
  79 AGCCGCTACT GGTGTAATAA TGGCAAAACC CCAGGAGCAG TTGATGCCTG TCATATATCC     240\r
  80 TGCAGTGCTT TGCTGCAAAA TAACATCGCT GATGCTGTAG CTTGTGCAAA GAGGGTTGTC     300\r
  81 AGTGATCCAC AAGGCATTCG AGCATGGGTG GCATGGAGAA ATCACTGTCA AAACAGAGAT     360\r
  82 GTCAGTCAGT ACGTTAAAGG TTGTGGAGTG                                      390\r
  83 \r
  84 10.baboon_Pcy\r
  85 AAGATCTTTG AAAGGTGTGA GTTGGCCAGA ACTCTGAAAA GATTGGGACT GGATGGCTAC      60\r
  86 AGGGGAATCA GCCTAGCAAA CTGGGTGTGT TTGGCCAAAT GGGAGAGTGA TTATAACACA     120\r
  87 CAAGCTACAA ACTACAATCC TGGAGACCAA AGCACTGATT ATGGGATATT TCAGATCAAT     180\r
  88 AGCCACTACT GGTGTAATAA TGGCAAAACC CCAGGAGCAG TTAATGCCTG TCATATATCC     240\r
  89 TGCAATGCTT TGCTGCAAGA TAACATCGCT GATGCTGTAA CTTGTGCAAA GAGGGTGGTC     300\r
  90 AGTGATCCAC AAGGCATTAG AGCATGGGTG GCATGGAGAA ATCACTGTCA AAACAGAGAT     360\r
  91 GTCAGTCAGT ATGTTCAAGG TTGTGGAGTG                                      390\r
  92 \r
  93 11.mangabey_Cat\r
  94 AAGATCTTTG AAAGGTGTGA GTTGGCCAGA ACTCTGAAAA GATTGGGACT GGATGGCTAC      60\r
  95 AGGGGAATCA GCCTAGCAAA CTGGGTGTGT TTGGCCAAAT GGGAGAGTGA TTATAACACA     120\r
  96 CAAGCTACAA ACTACAATCC TGGAGACCAA AGCACTGATT ATGGGATATT TCAGATCAAT     180\r
  97 AGCCACTACT GGTGTAATAA TGGCAAAACC CCAGGAGCAG TTAATGCCTG TCATATATCC     240\r
  98 TGCAATGCTT TGCTGCAAGA TAACATCGCT GATGCTGTAA CTTGTGCAAA GAGGGTTGTC     300\r
  99 AGTGATCCAC AAGGCATTAG AGCATGGGTG GCATGGAGAA ATCACTGTCA AAACAGAGAT     360\r
 100 GTCAGTCAGT ATGTTCAAGG TTGTGGAGTG                                      390\r
 101 \r
 102 12.rhesus_Mmu\r
 103 AAGATCTTTG AAAGGTGTGA GTTGGCCAGA ACTCTGAAAA GATTGGGACT GGATGGCTAC      60\r
 104 AGGGGAATCA GCCTAGCAAA CTGGGTGTGT TTGGCCAAAT GGGAGAGTAA TTATAACACA     120\r
 105 CAAGCTACAA ACTACAATCC TGGAGACCAA AGCACTGATT ATGGGATATT TCAGATCAAT     180\r
 106 AGCCACTACT GGTGTAATAA TGGCAAAACC CCAGGAGCAG TTAATGCCTG TCATATATCC     240\r
 107 TGCAATGCTT TGCTGCAAGA TAACATCGCT GATGCTGTAA CTTGTGCAAA GAGGGTTGTC     300\r
 108 AGTGATCCAC AAGGCATTAG AGCATGGGTG GCATGGAGAA ATCACTGTCA AAACAGAGAT     360\r
 109 GTCAGTCAGT ATGTTCAAGG TTGTGGAGTG                                      390\r
 110 \r
 111 13.Allen_Ani\r
 112 AAGATCTTTG AAAGGTGTGA GTTGGCCAGA ACTCTGAAAA GATTGGGACT GGATGGCTAC      60\r
 113 AGGGGAATCA GCCTAGCAAA CTGGGTGTGT TTGGCCAAAT GGGAGAGTGA TTATAACACA     120\r
 114 CAAGCTACAA ACTACAATCC TGGAGACCAA AGCACTGATT ATGGGATATT TCAGATCAAT     180\r
 115 AGCCACTACT GGTGTAATAA TGGCAAAACC CCAGGAGCAG TTAATGCCTG TCGTATATCC     240\r
 116 TGCAATGCTT TGCTGCAAGA TAACATCGCT GATGCTGTAA CTTGTGCAAA GAGGGTTGTC     300\r
 117 AGAGATCCAC AAGGCATTAG AGCATGGGTG GCATGGAGAA ATCACTGTCA AAACAGAGAT     360\r
 118 GTCAGTCAGT ATGTTCAAGG TTGTGGAGTG                                      390\r
 119 \r
 120 14.talapoin_Mta\r
 121 AAGATCTTTG AAAGGTGTGA GTTGGCCAGA ACTCTGAAAA GATTGGGACT GGATGGCTAC      60\r
 122 AGGGGAATTA GCCTAGCAAA CTGGGTGTGT TTGGCCAAAT GGGAGAGTGA TTATAACACA     120\r
 123 CAAGCTACAA ACTACAATCC TGGAGACCAA AGCACTGATT ATGGGATATT TCAGATCAAT     180\r
 124 AGCCACTACT GGTGTAATAA TGGCAAAACC CCAGGAGCAG TTAATGCCTG TCATATATCC     240\r
 125 TGCAATGCTT TGCTGCAAGA TAACATCGCT GATGCTGTAA CTTGTGCAAA GAGGGTTGTC     300\r
 126 CGTGATCCAC AAGGCATTAG AGCATGGGTG GCATGGAGAA ATCACTGTCA CAACAGAGAT     360\r
 127 GTCAGTCAGT ATGTTCAAGG TTGTGGAGTG                                      390\r
 128 \r
 129 15.patas_Epa\r
 130 AAGATCTTTG AAAGGTGTGA GTTGGCCAGA ACTCTGAAAA GATTGGGACT GGATGGCTAC      60\r
 131 AGGGGAATCA GCCTAGCAAA CTGGGTGTGT TTGGCCAAAT GGGAGAGTGG TTATAACACA     120\r
 132 CAAGCTACAA ACTACAATCC TGGAGACCAA AGCACTGATT ATGGGATATT TCAGATCAAT     180\r
 133 AGCCACTACT GGTGTAATAA TGGCAAAACC CCAGGAGCAG TTAATGCCTG TCATATATCC     240\r
 134 TGCAATGCTT TGCTGCAGGA TAACATTGCT GATGCTGTAA CTTGTGCAAA GAGGGTTGTC     300\r
 135 CGTGATCCAC AAGGCATTAG AGCATGGGTG GCATGGAGAA ATCACTGTCA AAACAGAGAT     360\r
 136 GTCAGTCAGT ATGTTCAAGG TTGTGGAGTG                                      390\r
 137 \r
 138 16.vervet_Cae\r
 139 AAGATCTTTG AAAGGTGTGA GTTGGCCAGA ACTCTGAAAA GATTGGGACT GGATGGCTAC      60\r
 140 AGGGGAATCA GCCTAGCAAA CTGGGTGTGC TTGGCCAAAT GGGAGAGTGG TTATAACACA     120\r
 141 CAAGCTACAA ACTACAATCC TGGAGACCAA AGCACTGATT ATGGGATATT TCAGATCAAT     180\r
 142 AGCCACTACT GGTGTAATAA TGGCAAAACC CCAGGAGCAG TTAATGCCTG TCATATATCC     240\r
 143 TGCAATGCTT TGCTGCAAGA TAACATCGCT GATGCTGTAA CTTGTGCAAA GAGGGTTGTC     300\r
 144 CGTGATCCAC AAGGCATTAG AGCATGGGTG GCATGGAGAA ATCACTGTCA AAACAGAGAT     360\r
 145 GTCAGTCAGT ATGTTCAAGG TTGTGGAGTG                                      390\r
 146 \r
 147 17.squirrel_m\r
 148 AAGGTCTTCG AAAGGTGTGA GTTGGCCAGA ACTCTGAAAA GGCTTGGAAT GGATGGCTAC      60\r
 149 AGGGGAATCA GCCTAGCAAA CTGGATGTGT TTGGCCAAAT GGGAGAGTGA CTATAACACA     120\r
 150 CGTGCTACAA ACTACAATCC TGGAGACCAA AGCACTGATT ATGGGATATT TCAGATCAAT     180\r
 151 AGCCACTATT GGTGTAATAA TGGCAGAACC CCAGGAGCAG TTAATGCCTG TCATATATCC     240\r
 152 TGCAATGCTT TGCTGCAAGA TGACATCACT CAAGCTGTGG CCTGTGCAAA GAGGGTTGTC     300\r
 153 CGTGATCCAC AAGGCATTAG AGCATGGGTG GCATGGAAAG CTCATTGTCA AAACAGAGAT     360\r
 154 GTCAGTCAGT ATGTTCAAGG TTGTGGAGTA                                      390\r
 155 \r
 156 18.tamarin_Soe\r
 157 AAGGTCTTCG AAAGGTGTGA GTTGGCCAGA ACTCTGAAAA GACTTGGATT GGATGGCTAC      60\r
 158 AGGGGAATCA GCCTAGCAAA CTGGATGTGT TTGGCCAAAT GGGAGAGTGA TTATAACACA     120\r
 159 CGTGCTACAA ACTACAATCC TGGAGACCAA AGCACTGATT ATGGGATATT TCAGATCAAT     180\r
 160 AGCCACTATT GGTGTAATAA CGGCAGAACC CCAGGAGCAG TTAATGCCTG TCATATATCC     240\r
 161 TGCAATGCTT TGCTGCAAGA TGACATCACT GAAGCTGTGG CCTGTGCAAA GAGGGTTGTC     300\r
 162 CGTGATCCAC AAGGCATTAG AGCATGGGTG GCATGGAAAG CTCATTGTCA AAACAGAGAT     360\r
 163 GTCAGTCAGT ATATTCAAGG TTGTGGAGTA                                      390\r
 164 \r
 165 19.Marmoset_Cja\r
 166 AAGGTCTTTG AAAGGTGTGA GTTGGCCAGA ACTCTGAAAA GGTTTGGACT GGATGGCTAC      60\r
 167 AGGGGAATCA GCCTAGCAAA CTGGATGTGT TTGGCCAAAT GGGAGAGTGA TTATAACACA     120\r
 168 CGTGCTACAA ACTACAATCC TGGAGACCAA AGCACTGATT ATGGGATATT TCAGATCAAT     180\r
 169 AGCCACTATT GGTGTAACAA TGGCAGAACC CCAGGAGCAG TTAATGCCTG TCATATATCC     240\r
 170 TGCAATGCTT TGCTGCAAGA TGACATCACT GAAGCTGTGG CCTGTGCAAA GAGGGTTGTC     300\r
 171 CGCGATCCAC AAGGCATTAG GGCATGGGTG GCATGGAAAG CTCATTGTCA AAACAGAGAT     360\r
 172 GTCAGTCAGT ATGTTCAAGG TTGTGGAGTA                                      390\r
 173 \r
 174 \r
 175 \r
 176 Messier W. and C.-B. Stewart.  1997.  Episodic adaptive evolution of\r
 177 primate lysozymes.  Nature 385:151-154.\r
 178 \r
 179 Table 2 (MS Document) from Nature web pages.\r
 180 Common names and other information in Table 1.\r
 181 \r
 182 Table 2 Nucleotide sequences of primate lysozymes.  The amino acid\r
 183 sequence of the mature human lysozyme protein is shown on the top line\r
 184 in the three-letter code; its DNA sequence is shown below, divided\r
 185 into codons.  Sequences of the other primate lysozymes (species\r
 186 binomial abbreviations are in Table 1) are shown only where they\r
 187 differ from the human sequence; dots indicate identities to the human\r
 188 sequence.  Those nucleotides in capital letters are nonsynonymous\r
 189 differences, and those in small letters are synonymous differences,\r
 190 when compared to the human sequence.  For each species, we sequenced\r
 191 the entire coding region, although only the mature region is shown.\r
 192 The mature coding region of chimpanzee (Ptr), bonobo (Ppa) and the\r
 193 least derived gorilla allele (Ggo) were identical to the nucleotide,\r
 194 so are listed on one line; the same is true for other lines with more\r
 195 than one species abbreviation.  Only in gorilla and orangutan did we\r
 196 find allelic differences (G. Maston and C.-B. S., in preparation); the\r
 197 less derived alleles are shown here.\r
 198 \r
 199 \r
 200 (1,2,(3,(4,(((5,(((6,7),8),9)),((16,15),((12,((10,13),11)),14))),((17,18),19)))));\r