]> git.donarmstrong.com Git - neurodebian.git/commitdiff
Attempt to collect literature on and around NeuroDebian
authorMichael Hanke <michael.hanke@gmail.com>
Sat, 1 Jun 2013 08:56:57 +0000 (10:56 +0200)
committerMichael Hanke <michael.hanke@gmail.com>
Sat, 1 Jun 2013 08:56:57 +0000 (10:56 +0200)
bib/references.bib [new file with mode: 0644]
sphinx/whoisusingit.rst [new file with mode: 0644]

diff --git a/bib/references.bib b/bib/references.bib
new file mode 100644 (file)
index 0000000..5b160ab
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,140 @@
+@inproceedings{GBC+2010,
+  title={Nipype: opensource platform for unified and replicable interaction with existing neuroimaging tools},
+  author={Ghosh, S and Burns, C and Clark, D and Gorgolewski, K and Halchenko, Y and Madison, C and Tungaraza, R and Millman, KJ},
+  booktitle={16th Annual Meeting of the Organization for Human Brain Mapping},
+  pages={106},
+  year={2010}
+}
+
+@article{NDR+2011,
+  title={Lin4Neuro: a customized Linux distribution ready for neuroimaging analysis},
+  author={Nemoto, Kiyotaka and Dan, Ippeita and Rorden, Christopher and Ohnishi, Takashi and Tsuzuki, Daisuke and Okamoto, Masako and Yamashita, Fumio and Asada, Takashi},
+  journal={BMC medical imaging},
+  volume={11},
+  number={1},
+  pages={3},
+  year={2011},
+  publisher={BioMed Central Ltd}
+}
+
+@article{YIO+2012,
+  title={Simulation Platform: A cloud-based online simulation environment},
+  author={Yamazaki, Tadashi and Ikeno, Hidetoshi and Okumura, Yoshihiro and Satoh, Shunji and Kamiyama, Yoshimi and Hirata, Yutaka and Inagaki, Keiichiro and Ishihara, Akito and Kannon, Takayuki and Usui, Shiro},
+  journal={Neural networks},
+  volume={24},
+  number={7},
+  pages={693--698},
+  year={2011},
+  publisher={Elsevier}
+}
+
+@article{GDL+2011,
+  title={The connectome viewer toolkit: an open source framework to manage, analyze, and visualize connectomes},
+  author={Gerhard, Stephan and Daducci, Alessandro and Lemkaddem, Alia and Meuli, Reto and Thiran, Jean-Philippe and Hagmann, Patric},
+  journal={Frontiers in neuroinformatics},
+  volume={5},
+  year={2011},
+  publisher={Frontiers Media SA}
+}
+
+@article{Agu2012,
+  title={FIASCO, VoxBo, and MEDx: Behind the code},
+  author={Aguirre, Geoffrey K},
+  journal={NeuroImage},
+  volume={62},
+  number={2},
+  pages={765--767},
+  year={2012},
+  publisher={Elsevier}
+}
+
+@article{MST2012,
+  author={Mathôt, S. and Schreij, D. and Theeuwes, J.},
+  year={2012},
+  title={OpenSesame: An open-source, graphical experiment builder for the social sciences},
+  journal={Behavior Research Methods},
+  volume={44},
+  pages={314--324},
+  doi={10.3758/s13428-011-0168-7}
+}
+
+@inproceedings{SLZ+2011,
+  title={A cloud-based data-sharing and analysis cyberinfrastructure for neuroinformatics},
+  author={Stoner, R and Larson, S and Zaslavsky, I and Hill, S and Ellisman, M and Courchesne, E},
+  booktitle={Front. Neuroinform. Conference Abstract: 4th INCF Congress of Neuroinformatics. doi: 10.3389/conf. fninf},
+  volume={34},
+  year={2011}
+}
+
+@article{SMT+2011,
+  title={Integrative visualization of temporally varying medical image patterns},
+  author={Soh, Jung and Mei Xiao, Thao Do and Meruvia-Pastor, Oscar and Sensen, Christoph W},
+  journal={Journal of integrative bioinformatics},
+  volume={8},
+  number={2},
+  pages={161},
+  year={2011}
+}
+
+@inproceedings{MDT+2012,
+  title={Mouse neuroimaging phenotyping in the cloud},
+  author={Minervini, Massimo and Damiano, Mario and Tucci, Valter and Bifone, Angelo and Gozzi, Alessandro and Tsaftaris, Sotirios A},
+  booktitle={Image Processing Theory, Tools and Applications (IPTA), 2012 3rd International Conference on},
+  pages={55--60},
+  year={2012},
+  organization={IEEE}
+}
+
+@inproceedings{GDS+2012,
+  title={A hierachical configuration system for a massively parallel neural hardware platform},
+  author={Galluppi, Francesco and Davies, Sergio and Rast, Alexander and Sharp, Thomas and Plana, Luis A and Furber, Steve},
+  booktitle={Proceedings of the 9th conference on Computing Frontiers},
+  pages={183--192},
+  year={2012},
+  organization={ACM}
+}
+
+@article{CCT+2012,
+  title={Meta-analytic clustering of the insular cortex Characterizing the meta-analytic connectivity of the insula when involved in active tasks},
+  author={Cauda, Franco and Costa, Tommaso and Torta, Diana ME and Sacco, Katiuscia and D'Agata, Federico and Duca, Sergio and Geminiani, Giuliano and Fox, Peter T and Vercelli, Alessandro},
+  journal={Neuroimage},
+  year={2012},
+  publisher={Elsevier}
+}
+
+@article{GEF+2012,
+  title={Oral contraceptive use changes brain activity and mood in women with previous negative affect on the pill—A double-blinded, placebo-controlled randomized trial of a levonorgestrel-containing combined oral contraceptive},
+  author={Gingnell, Malin and Engman, Jonas and Frick, Andreas and Moby, Lena and Wikstr{\"o}m, Johan and Fredrikson, Mats and Sundstr{\"o}m-Poromaa, Inger},
+  journal={Psychoneuroendocrinology},
+  year={2012},
+  publisher={Elsevier}
+}
+
+@article{GMB+2012,
+  title={Menstrual cycle effects on amygdala reactivity to emotional stimulation in premenstrual dysphoric disorder},
+  author={Gingnell, Malin and Morell, Arvid and Bannbers, Elin and Wikstr{\"o}m, Johan and Poromaa, Inger Sundstr{\"o}m},
+  journal={Hormones and behavior},
+  year={2012},
+  publisher={Elsevier}
+}
+
+@article{Mil2012,
+title = "Open Neuroscience Solutions for the Connectome-wide Association Era",
+journal = "Neuron",
+volume = "73",
+number = "2",
+pages = "214--218",
+year = "2012",
+doi = "10.1016/j.neuron.2011.11.004",
+url = "http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0896627311010038",
+author = "Michael Peter Milham"
+}
+
+@article{Vis2012,
+  author={Vişan, Ana-Maria},
+  title={Temporal meta-programming: treating time as a spatial dimension},
+  year={2012},
+  journal={Computer Science Dissertations},
+  volume={27},
+  url={http://hdl.handle.net/2047/d20002935}
+}
diff --git a/sphinx/whoisusingit.rst b/sphinx/whoisusingit.rst
new file mode 100644 (file)
index 0000000..2601699
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,82 @@
+.. -*- mode: rst; fill-column: 78; indent-tabs-mode: nil -*-
+.. vi: set ft=rst sts=4 ts=4 sw=4 et tw=79:
+  ### ### ### ### ### ### ### ### ### ### ### ### ### ### ### ### ### ### ###
+  #
+  #   See COPYING file distributed along with the NeuroDebian package for the
+  #   copyright and license terms.
+  #
+  ### ### ### ### ### ### ### ### ### ### ### ### ### ### ### ### ### ### ###
+
+
+.. index:: Who is using it?, Publications
+.. _chap_whoisusingit:
+
+****************
+Who Is Using It?
+****************
+
+
+.. only:: html
+
+  If you are using NeuroDebian or have published a study employing it, please
+  leave a comment at the bottom of this page, if you want to be listed here as
+  well.
+
+
+Tools and systems built atop NeuroDebian
+========================================
+
+* ref:`Nemoto et al., BMC Medical Imaging (2011) <NDR+2011>`: Lin4Neuro: a
+  customized Linux distribution ready for neuroimaging analysis.
+
+* ref:`Stoner et al., Frontiers in Neuroinformatics (2012) <SLZ+2011>`:
+  A cloud-based data-sharing and analysis cyberinfrastructure for
+  neuroinformatics.
+
+Articles referring to NeuroDebian
+=================================
+
+* :ref:`Yamazaki et al., NeuralNetworks (2011) <YIO+2012>`: Simulation platform:
+  A cloud-based online simulation environment.
+
+* ref:`Aguirre, NeuroImage (2012) <Agu2012>`: FIASCO, VoxBo, and MEDx: Behind
+  the code.
+
+* ref:`Mathôt et al., Behavioral Research Methods (2012) <MST2012>`: OpenSesame:
+  An open-source, graphical experiment builder for the social sciences.
+
+* ref:`Minervini et al., Image Processing Theory, Tools and Applications (2012)
+  <MDT+2012>`: Mouse neuroimaging phenotyping in the cloud.
+
+* ref:`Galluppi et al., Computing Frontiers (2012) <GDS+2012>`: A hierachical
+  configuration system for a massively parallel neural hardware platform.
+
+* ref:`Cauda et al., NeuroImage (2012) <CCT+2012>`: Meta-analytic clustering of
+  the insular cortex Characterizing the meta-analytic connectivity of the insula
+  when involved in active tasks.
+
+* ref:`Gingnell et al., Psychoneuroendocrinology (2012) <GEF+2012>`: Oral
+  contraceptive use changes brain activity and mood in women with previous
+  negative affect on the pill—A double-blinded, placebo-controlled randomized
+  trial of a levonorgestrel-containing combined oral contraceptive.
+
+* ref:`Gingnell et al., Hormones and Behavior (2012) <GMB+2012>`: Menstrual
+  cycle effects on amygdala reactivity to emotional stimulation in premenstrual
+  dysphoric disorder.
+
+* ref:`Milham, Neuron, (2012) <Mil2012>`: Open Neuroscience Solutions for the
+  Connectome-wide Association Era.
+
+* ref:`Visan, Computer Science Dissertations (2012) <Vis2012>`: Temporal
+  meta-programming: treating time as a spatial dimension.
+
+* ref:`Gerhard et al., Frontiers in Neuroinformatics (2011) <GDL+2011>`: The
+  connectome viewer toolkit: an open source framework to manage, analyze, and
+  visualize connectomes.
+
+* ref:`Soh et al., Journal of Integrative Bioinformatics (2011) <SMT+2011>`:
+  Integrative visualization of temporally varying medical image patterns.
+
+* ref:`Gosh et al., HBM (2010) <GBC+2010>`: Nipype: opensource platform for
+  unified and replicable interaction with existing neuroimaging tools.
+