src/sumpt.h

   1 #ifndef __SUMPT_H__
   2 #define __SUMPT_H__
   3
   4 /* struct to hold info about a .p file */
   5 typedef struct
   6     {
   7     int     longestLineLength;
   8     int     headerLine;
   9     int     firstParamLine;
  10     int     numRows;
  11     int     numColumns;
  12     } SumpFileInfo;
  13
  14 /* struct to hold info about a model probability */
  15 typedef struct
  16     {
  17     int     index;
  18     double  prob;
  19     } ModelProb;
  20
  21 /* struct to hold a parameter sample, possibly from multiple files */
  22 typedef struct
  23     {
  24     MrBFlt **values;
  25     } ParameterSample;
  26
  27 /* function declarations */
  28 int     AllocateParameterSamples (ParameterSample **parameterSamples, int numRuns, int numRows, int numColumns);
  29 int     DoSump (void);
  30 int     DoSumpParm (char *parmName, char *tkn);
  31 int     DoSumSs (void);
  32 int     DoSumSsParm (char *parmName, char *tkn);
  33 int     ExamineSumpFile (char *fileName, SumpFileInfo *fileInfo, char ***headerNames, int *nHeaders);
  34 int     FindHeader (char *token, char **headerNames, int nHeaders, int *index);
  35 void    FreeParameterSamples (ParameterSample *parameterSamples);
  36 int     GetHeaders (char ***headerNames, char *headerLine, int *nHeaders);
  37 int     PrintPlot (MrBFlt *xVals, MrBFlt *yVals, int nSamples);
  38 int     ReadParamSamples (char *fileName, SumpFileInfo *fileInfo, ParameterSample *parameterSamples, int runNo);
  39
  40 int     DoCompareTree (void);
  41 int     DoCompareTreeParm (char *parmName, char *tkn);
  42 int     DoCompRefTree (void);
  43 int     DoSumt (void);
  44 int     DoSumtParm (char *parmName, char *tkn);
  45 int     DoSumtTree (void);
  46 int     DoSumtTreeParm (char *parmName, char *tkn);
  47 void    ResetTranslateTable (void);
  48 int     ShowConTree (FILE *fp, PolyTree *t, int screenWidth, int showSupport);
  49 void    ShowParts (FILE *fp, BitsLong *p, int nTaxaToShow);
  50
  51 #endif  /* __SUMPT_H__ */