src/model.h

   1 #ifndef __MODEL_H__
   2 #define __MODEL_H__
   3
   4 int     AreDoublesEqual (MrBFlt x, MrBFlt y, MrBFlt tol);
   5 int     ChangeNumRuns (int from, int to);
   6 int     ChangeNumChains (int from, int to);
   7 int     CheckModel (void);
   8 int     DoesTreeSatisfyConstraints (Tree *t);
   9 int     DoLink (void);
  10 int     DoLinkParm (char *parmName, char *tkn);
  11 int     DoLset (void);
  12 int     DoLsetParm (char *parmName, char *tkn);
  13 int     DoPlot (void);
  14 int     DoPlotParm (char *parmName, char *tkn);
  15 int     DoPropset (void);
  16 int     DoPropsetParm (char *parmName, char *tkn);
  17 int     DoPrset (void);
  18 int     DoPrsetParm (char *parmName, char *tkn);
  19 int     DoQuit (void);
  20 int     DoReport (void);
  21 int     DoReportParm (char *parmName, char *tkn);
  22 int     DoShowMcmcTrees (void);
  23 int     DoShowModel (void);
  24 int     DoShowMoves (void);
  25 int     DoShowmovesParm (char *parmName, char *tkn);
  26 int     DoShowParams (void);
  27 int     DoStartvals (void);
  28 int     DoStartvalsParm (char *parmName, char *tkn);
  29 int     DoUnlink (void);
  30 int     FillNormalParams (RandLong *seed, int fromChain, int toChain);
  31 int     FillRelPartsString (Param *p, char **relPartString);
  32 void    FillStdStateFreqs (int chfrom, int chto, RandLong *seed);
  33 int     FillTopologySubParams (Param *param, int chn, int state, RandLong *seed);
  34 int     FillTreeParams (RandLong *seed, int fromChain, int toChain);
  35 int     FreeModel (void);
  36 int     GetEmpiricalFreqs (int *relParts, int nRelParts);
  37 int     GetNumDivisionChars (void);
  38 int     *GetParamIntVals (Param *parm, int chain, int state);
  39 MrBFlt  *GetParamStdStateFreqs (Param *parm, int chain, int state);
  40 MrBFlt  *GetParamSubVals (Param *parm, int chain, int state);
  41 MrBFlt  *GetParamVals (Param *parm, int chain, int state);
  42 Tree    *GetTree (Param *parm, int chain, int state);
  43 Tree    *GetTreeFromIndex (int index, int chain, int state);
  44 int     InitializeLinks (void);
  45 int     InitializeTreeCalibrations (Tree *t);
  46 int     Link (void);
  47 int     SetAARates (void);
  48 int     SetLocalTaxa (void);
  49 int     SetModelDefaults (void);
  50 int     SetMoves (void);
  51 int     SetUpAnalysis (RandLong *seed);
  52 void    SetUpMoveTypes (void);
  53 int     ShowModel (void);
  54 int     Unlink (void);
  55 int     UpdateClockRate (MrBFlt clockRate, int chain);
  56 int     UpdateCppEvolLengths (Param *param, TreeNode *p, int chain);
  57 int     UpdateTK02EvolLengths (Param *param, Tree *t, int chain);
  58 int     UpdateIgrBrachLengths (Param *param, Tree *t, int chain);
  59
  60 #endif  /* __MODEL_H__ */