src/mbbeagle.h

   1 #ifndef __MBBEAGLE_H__
   2 #define __MBBEAGLE_H__
   3
   4 void   BeaglePrintResources (void);
   5 void   BeaglePrintFlags (long inFlags);
   6 void   BeagleNotLinked (void);
   7 void   BeagleThreadsNotLinked (void);
   8 int    BeagleCheckFlagCompatability (long inFlags);
   9 void   BeagleAddGPUDevicesToList (int **beagleResource, int *beagleResourceCount);
  10 void   BeagleRemoveGPUDevicesFromList (int **beagleResource, int *beagleResourceCount);
  11 int    ScheduleLogLikeForAllDivisions (void);
  12
  13 void   LaunchBEAGLELogLikeForDivision (int chain, int d, ModelInfo* m, Tree* tree, MrBFlt* lnL);
  14 void  *LaunchThreadLogLikeForDivision (void *arguments);
  15 MrBFlt LaunchLogLikeForAllDivisionsInParallel (int chain);
  16 void   recalculateScalers (int chain);
  17
  18 int    InitBeagleInstance (ModelInfo *m, int division);
  19
  20 int    TreeCondLikes_Beagle (Tree *t, int division, int chain);
  21 int    TreeLikelihood_Beagle (Tree *t, int division, int chain, MrBFlt *lnL, int whichSitePats);
  22 int    TreeTiProbs_Beagle (Tree *t, int division, int chain);
  23
  24 #endif  /* __MBBEAGLE_H__ */