src/best.h

   1 #ifndef __BEST_H__
   2 #define __BEST_H__
   3
   4 /**************** typedefs used by Fredrik's code, derived from BEST code *******************/
   5
   6 /* struct for constraints (similar to Distance in BEST code, except
   7    that a bitfield is used to hold info on the taxon pair)           */
   8 typedef struct {
   9     double      depth;
  10     BitsLong*   pairSet;
  11 } Depth;
  12
  13 /**************** Declaration of functions that are called from MrBayes **************/
  14 void    AllocateBestChainVariables (void);
  15 int     FillSpeciesTreeParams (RandLong* seed, int from, int to);
  16 void    FreeBestChainVariables (void);
  17 int     IsSpeciesTreeConsistent (Tree *speciesTree, int chain);
  18 double  LnSpeciesTreeProb (int chain);
  19 double  LnJointGeneTreeSpeciesTreePr (Tree **geneTrees, int numGeneTrees, Tree *speciesTree, int chain);
  20 int     Move_GeneTree1 (Param *param, int chain, RandLong *seed, MrBFlt *lnPriorRatio, MrBFlt *lnProposalRatio, MrBFlt *mvp);
  21 int     Move_GeneTree2 (Param *param, int chain, RandLong *seed, MrBFlt *lnPriorRatio, MrBFlt *lnProposalRatio, MrBFlt *mvp);
  22 int     Move_GeneTree3 (Param *param, int chain, RandLong *seed, MrBFlt *lnPriorRatio, MrBFlt *lnProposalRatio, MrBFlt *mvp);
  23 int     Move_NodeSliderGeneTree (Param *param, int chain, RandLong *seed, MrBFlt *lnPriorRatio, MrBFlt *lnProposalRatio, MrBFlt *mvp);
  24 int     Move_SpeciesTree (Param *param, int chain, RandLong *seed, MrBFlt *lnPriorRatio, MrBFlt *lnProposalRatio, MrBFlt *mvp);
  25 void    ShowUpperTriangMatrix (double *values, int squareSize);
  26
  27 /* NOTE: To add and set up more move functions, a struct needs to be added to SetUpMoveTypes in model.c */
  28
  29 #endif  /* __BEST_H__ */