added pairwise.seqs

fixed bug with aligner and longest base. added deunique.seqs command.

fixed phylo.diversity and made trim.seqs with allfiles=T open one file at a time.

fixed unifrac.weighted

fixed unifrac.unweighted

added ifdefs for extern c

testing metastats compile

added pipeline commands which involved change to command factory and command class. fixed bug in unifrac.unwieghted

paralellized phylo.diversity

paralellized rarefaction.single

changed name of parse.fastaq command to fastq.info

added parse.fastaq command, added permute option to venn command, fixed bug with output redirect in chimera commands

added distance option to summary.shared

added get.lineage and remove.lineage commands

fixed order of unifrac commands so that it matches the summary commands

added cluster.fragments command as well as the nseqs parameter to the venn command

added mothur executable to cvs

added split.groups command

changed how we name the make.group groups file, and filter file in filter.seqs, finished working on metastats.

bug fixes

bug fixes

working on megastats

initial add of metastats

added normalize.shared command

added normalize.shared command

paralellized summary.shared

done testing 1.13.0

testing 1.13.0

working on testing for 1.13

working on testing

unifrac parallelization done, changed dist.seqs output=square to calc all distance twice instead of converting the matrix.

working on unifrac parallelization

working on parallelizing unifrac.unweighted.

working on parallelizing unifrac.weighted.

sped up unifrac unweighted.

sped up unifrac weighted.

made read.tree not require a groupfile, if one is not given all seqs are assumed to be from one group

fixed phylo.diversity

fixed phylo.diversity

changes to read.tree

modified splitAtComma in mothurout command

added clearcut source to mothur, fixed mislabeled sharedcalcs

added clearcut source to mothur, fixed mislabeled sharedcalcs

changes to read.otu(list/shared) - took out substr calls

took out debugging output code from distance calculators

added sharedRabundFloatVector class to represent the relabund file. modified read.otu command, readotu class, and input class to read it.  added relabund type to heatmap.bin command.

moved utilities out of mothur.h and into mothurOut class.

filter.seqs bug change

numSeqs passing fix

added a few evenness calculators and fixed a couple of bugs in filter.seqs and pre.cluster

fixed filterseqscommand bug where trump wasn't being used

pre.cluster

pre.cluster

modified precluster to use less memory.

changed file divide for trim.seqs

changed how we break up the files on parallelized commands to avoid scanning file.

modified calculators to use doubles, added numotu and fontsize parameters to heatmap as well as adding more sorting options. fixed bug in mothur.h setfilepositions that caused accession names to be truncated when windows line endings were used.

fixed a trimming bug in sffinfo which occurs when the right trim point is smaller than the left trim point

fixed int bug in simpson.cpp

added oldfasta and column parameter to dist.seqs so you can append distances to an existing distance file.

added versioning info to all shortcut files mothur makes.

added summary, collect, and scale parameters to phylo.diversity command.

fixed bug with creation of .tree.sum file

added countgaps parameter to chop.seqs command

modified the engine to extract the path of mothur executable if argv does not contain it. added default setting to set.dir to change directories to where mothur.exe is located. added splitAtChar to mothur.h which splits a string by the character passed in.

fixed bug with phylo.diversity. not calculating as intended.

changes for 1.12.2

changes for 1.12.2

another attempt to fix sffinfo

1.12.1

another pds fix to sffinfo

another pds fix to sffinfo

pds' small change to sffinfo

some bug fixes

pat's slight modifications to trim.seqs

1.12.0

fixes while testing 1.12.0

added tempdefault to set.dir and fixed bug with padding type in sffinfo.

added ordergroup parameter to read.otu

pat's updates on 7/19/10

added compile time default path

added fasta, qfile, trim, accnos and sfftxt parameter to sffinfo command.  added lci hci outputs for thetayc

sffinfo command is working

sffinfo command is working

working on sffinfo

working on sffinfo command.

working on sffinfo command.

working on sffinfo command.

pat's changes to trim.seqs

started work on sffinfo command.  fixed bug across all paralellized commands if the file position was too big to fit in an int.

modified makefile and sensspeccommand files

sens.spec changes

fixed trim.seqs bug

rechecking in

trim.seqs couts

modified trim.seqs to split by primer name if primer name is given, and warn if duplicate barcodes are used. made get.sharedseqs compatible with other fasta formatted software, started adding memory checks to error reporter in mothurout.cpp

added groups option to get.oturep command

created blank accnos in chimera commands if no seqs are deemed chimeric. modified get.seqs and remove.seqs to handle blank files

fixed bug with cluster class. when we added the change for average neighbor to update the cutoff, we did not also pass the cutoff to single linkage. so because of inheritance cluster its instead of the update in singlelinkage.

fixed cluster.split with average method