uchime_src/windex.h

   1 #ifndef windex_h\r
   2 #define windex_h\r
   3 \r
   4 class SFasta;\r
   5 struct SeqDB;\r
   6 \r
   7 typedef uint32 word_t;\r
   8 typedef uint16 wordcount_t;\r
   9 typedef uint32 arrsize_t;\r
  10 typedef uint16 seqcountperword_t;\r
  11 typedef uint32 seqindex_t;\r
  12 typedef uint16 commonwordcount_t;\r
  13 \r
  14 const uint32 WindexFileHdr_Magic1 = 0x312DE41;\r
  15 const uint32 WindexFileHdr_Magic2 = 0x312DE42;\r
  16 const uint32 WindexFileHdr_Magic3 = 0x312DE43;\r
  17 const uint32 WindexFileHdr_Magic4 = 0x312DE44;\r
  18 \r
  19 struct WindexFileHdr\r
  20         {\r
  21         uint32 Magic1;\r
  22         uint32 IsNucleo;\r
  23         uint32 WordLength;\r
  24         uint32 Magic2;\r
  25         };\r
  26 \r
  27 class Windex\r
  28         {\r
  29 public:\r
  30         bool m_Nucleo;\r
  31         bool m_RedAlpha;\r
  32         unsigned m_WordLength;\r
  33         unsigned m_AlphaSize;\r
  34         unsigned m_WordCount;\r
  35         unsigned m_Hi;\r
  36         unsigned m_CapacityInc;\r
  37         arrsize_t *m_Capacities;\r
  38         arrsize_t *m_Sizes;\r
  39         float *m_WordScores;\r
  40         seqindex_t **m_SeedIndexes;\r
  41         byte *m_UniqueCounts;\r
  42         unsigned m_CharToLetter[256];\r
  43 \r
  44 public:\r
  45         Windex();\r
  46         void ToFile(const string &FileName) const;\r
  47         void FromFile(const string &FileName);\r
  48         void FromSFasta(SFasta &SF);\r
  49         void FromSeqDB(const SeqDB &DB);\r
  50         void Clear(bool ctor = false);\r
  51         void AddWords(unsigned SeqIndex, const word_t *Words, unsigned N);\r
  52         void Init(bool Nucleo, unsigned WordLength);\r
  53         void Init2(bool Nucleo, unsigned TableSize);\r
  54         void InitRed(unsigned WordLength);\r
  55         void InitWordScores(const float *const *SubstMx);\r
  56         void Reset();\r
  57         void LogMe() const;\r
  58         unsigned LogMemSize() const;\r
  59         void LogWordStats(unsigned TopWords = 10) const;\r
  60         const char *WordToStr(word_t Word) const;\r
  61         word_t SeqToWord(const byte *Seq) const;\r
  62         unsigned SeqToWords(const byte *Seq, unsigned L, word_t *Words) const;\r
  63         unsigned SeqToWordsStep(unsigned Step, const byte *Seq, unsigned L, word_t *Words) const;\r
  64         unsigned WordsToCounts(const word_t *Words, unsigned N,\r
  65           word_t *UniqueWords, seqcountperword_t *Counts) const;\r
  66         unsigned GetUniqueWords(const word_t *Words, unsigned N,\r
  67           word_t *UniqueWords) const;\r
  68         void LogSizeHisto() const;\r
  69         };\r
  70 \r
  71 #endif // windex_h\r