uchime_src/setnucmx.cpp

   1 #include "myutils.h"
   2 #include "mx.h"
   3
   4 Mx<float> g_SubstMxf;
   5 float **g_SubstMx;
   6
   7 static const char Alphabet[] = "ACGTU";
   8
   9 void SetNucSubstMx(double Match, double Mismatch)\r
  10         {\r
  11         static bool Done = false;\r
  12         if (Done)\r
  13                 return;\r
  14         Done = true;\r
  15 \r
  16         if (Match <= 0.0)\r
  17                 Die("Match score should be +ve");\r
  18         if (Mismatch >= 0.0)\r
  19                 Die("Mismatch score should be -ve");\r
  20 \r
  21         unsigned N = unsigned(strlen(Alphabet));\r
  22 \r
  23         g_SubstMxf.Alloc("NUCMX", 256, 256);\r
  24         strcpy(g_SubstMxf.m_Alpha, "ACGT");\r
  25         g_SubstMxf.Init(0);\r
  26         g_SubstMx = g_SubstMxf.GetData();\r
  27         for (unsigned i = 0; i < N; ++i)\r
  28                 {\r
  29                 for (unsigned j = 0; j < N; ++j)\r
  30                         {\r
  31                         float v = float(i == j ? Match : Mismatch);\r
  32 \r
  33                         byte ui = (byte) toupper(Alphabet[i]);\r
  34                         byte uj = (byte) toupper(Alphabet[j]);\r
  35                         byte li = (byte) tolower(ui);\r
  36                         byte lj = (byte) tolower(uj);\r
  37                         ui = (byte) toupper(ui);\r
  38                         uj = (byte) toupper(uj);\r
  39 \r
  40                         g_SubstMx[ui][uj] = v;\r
  41                         g_SubstMx[uj][ui] = v;\r
  42 \r
  43                         g_SubstMx[ui][lj] = v;\r
  44                         g_SubstMx[uj][li] = v;\r
  45 \r
  46                         g_SubstMx[li][uj] = v;\r
  47                         g_SubstMx[lj][ui] = v;\r
  48 \r
  49                         g_SubstMx[li][lj] = v;\r
  50                         g_SubstMx[lj][li] = v;\r
  51                         }\r
  52                 }\r
  53 \r
  54         for (unsigned j = 0; j < N; ++j)\r
  55                 {\r
  56                 float v = 0.0f;\r
  57 \r
  58                 byte ui = (byte) 'N';\r
  59                 byte uj = (byte) toupper(Alphabet[j]);\r
  60                 byte li = (byte) 'n';\r
  61                 byte lj = (byte) tolower(uj);\r
  62                 ui = (byte) toupper(ui);\r
  63                 uj = (byte) toupper(uj);\r
  64 \r
  65                 g_SubstMx[ui][uj] = v;\r
  66                 g_SubstMx[uj][ui] = v;\r
  67 \r
  68                 g_SubstMx[ui][lj] = v;\r
  69                 g_SubstMx[uj][li] = v;\r
  70 \r
  71                 g_SubstMx[li][uj] = v;\r
  72                 g_SubstMx[lj][ui] = v;\r
  73 \r
  74                 g_SubstMx[li][lj] = v;\r
  75                 g_SubstMx[lj][li] = v;\r
  76                 }\r
  77         }\r