uchime_src/seqdb.h

   1 #ifndef seqdb_h\r
   2 #define seqdb_h\r
   3 \r
   4 #include <vector>\r
   5 #include <map>\r
   6 \r
   7 struct SeqData;\r
   8 \r
   9 using namespace std;\r
  10 \r
  11 struct SeqDB\r
  12         {\r
  13 private:\r
  14         SeqDB(const SeqDB &rhs);\r
  15         SeqDB &operator=(const SeqDB &rhs);\r
  16 \r
  17 public:\r
  18         string m_FileName;\r
  19         char **m_Labels;\r
  20         byte **m_Seqs;\r
  21         unsigned *m_SeqLengths;\r
  22         unsigned m_SeqCount;\r
  23         unsigned m_Size;\r
  24 \r
  25         bool m_Aligned;\r
  26         bool m_IsNucleo;\r
  27         bool m_IsNucleoSet;\r
  28 \r
  29 public:\r
  30         SeqDB();\r
  31         ~SeqDB();\r
  32         void Clear(bool ctor = false);\r
  33         void InitEmpty(bool Nucleo);\r
  34 \r
  35         unsigned AddSeq(const char *Label, const byte *Seq, unsigned L);\r
  36 \r
  37         byte *GetSeq(unsigned SeqIndex) const\r
  38                 {\r
  39                 asserta(SeqIndex < m_SeqCount);\r
  40                 return m_Seqs[SeqIndex];\r
  41                 }\r
  42 \r
  43         const char *GetLabel(unsigned SeqIndex) const\r
  44                 {\r
  45                 asserta(SeqIndex < m_SeqCount);\r
  46                 return m_Labels[SeqIndex];\r
  47                 }\r
  48 \r
  49         unsigned GetSeqLength(unsigned SeqIndex) const\r
  50                 {\r
  51                 asserta(SeqIndex < m_SeqCount);\r
  52                 return m_SeqLengths[SeqIndex];\r
  53                 }\r
  54 \r
  55         unsigned GetSeqCount() const\r
  56                 {\r
  57                 return m_SeqCount;\r
  58                 }\r
  59 \r
  60         unsigned GetPairCount() const\r
  61                 {\r
  62                 unsigned SeqCount = GetSeqCount();\r
  63                 return (SeqCount*(SeqCount - 1))/2;\r
  64                 }\r
  65 \r
  66         unsigned GetPairIndex(unsigned SeqIndex1, unsigned SeqIndex2) const\r
  67                 {\r
  68                 if (SeqIndex1 > SeqIndex2)\r
  69                         return (SeqIndex1*(SeqIndex1 - 1))/2 + SeqIndex2;\r
  70                 return (SeqIndex2*(SeqIndex2 - 1))/2 + SeqIndex1;\r
  71                 }\r
  72 \r
  73         unsigned GetColCount() const\r
  74                 {\r
  75                 if (!m_Aligned)\r
  76                         Die("SeqDB::GetColCount, not aligned");\r
  77                 if (m_SeqCount == 0)\r
  78                         Die("SeqDB::GetColCount, empty");\r
  79                 return m_SeqLengths[0];\r
  80                 }\r
  81 \r
  82         bool IsNucleo() const\r
  83                 {\r
  84                 asserta(m_IsNucleoSet);\r
  85                 return m_IsNucleo;\r
  86                 }\r
  87 \r
  88         void GetSeqData(unsigned Id, SeqData &Buffer) const;\r
  89 \r
  90         unsigned GetMaxLabelLength() const;\r
  91         unsigned GetMaxSeqLength() const;\r
  92         void SetIsNucleo();\r
  93         unsigned GetIndex(const char *Label) const;\r
  94         void MakeLabelToIndex(map<string, unsigned> &LabelToIndex);\r
  95 \r
  96         void LogMe() const;\r
  97         void FromFasta(const string &FileName, bool AllowGaps = false);\r
  98 \r
  99         void ToFasta(const string &FileName) const;\r
 100         void ToFasta(FILE *f, unsigned SeqIndex) const;\r
 101         void SeqToFasta(FILE *f, unsigned SeqIndex, bool WithLabel = false) const;\r
 102 \r
 103         unsigned GetTotalLength() const;\r
 104         };\r
 105 \r
 106 bool isgap(byte c);\r
 107 \r
 108 #endif\r