uchime_src/seq.h

   1 #ifndef seq_h\r
   2 #define seq_h\r
   3 \r
   4 struct ORFData;\r
   5 \r
   6 struct SeqData\r
   7         {\r
   8         const char *Label;\r
   9         const byte *Seq;\r
  10         unsigned L;\r
  11         unsigned Index;\r
  12 \r
  13 // RevComp means that SeqData.Seq is reverse-complemented relative\r
  14 // to the sequence in the input file (query or db). Coordinates in\r
  15 // a hit (e.g., AlnData) will be relative to SeqData.Seq, so both\r
  16 // the sequence and the coordinates should be r.c.'d for output.\r
  17         bool RevComp;\r
  18         bool Nucleo;\r
  19         const ORFData *ORFParent;\r
  20 \r
  21         SeqData()\r
  22                 {\r
  23                 Clear();\r
  24                 }\r
  25 \r
  26         void Clear()\r
  27                 {\r
  28                 Label = 0;\r
  29                 Seq = 0;\r
  30                 L = 0;\r
  31                 Index = UINT_MAX;\r
  32                 RevComp = false;\r
  33                 Nucleo = false;\r
  34                 ORFParent = 0;\r
  35                 }\r
  36         };\r
  37 \r
  38 #endif // seq_h\r