uchime_src/orf.h

   1 #ifndef orf_h\r
   2 #define orf_h\r
   3 \r
   4 #include "alpha.h"\r
   5 \r
   6 struct ORFData\r
   7         {\r
   8         const byte *NucSeq;\r
   9         const byte *AminoSeq;\r
  10         int Frame;\r
  11         unsigned NucL;\r
  12         unsigned AminoL;\r
  13         unsigned NucLo;\r
  14         unsigned NucHi;\r
  15         ORFData *Next;\r
  16 \r
  17         unsigned GetNucPosFirstBase() const;\r
  18         unsigned GetAAPos(unsigned NucPos) const;\r
  19         unsigned GetCodex(unsigned NucPos) const;\r
  20         unsigned GetNucLo(unsigned AALo, unsigned AAHi) const;\r
  21         unsigned GetNucHi(unsigned AALo, unsigned AAHi) const;\r
  22         unsigned GetAALo(unsigned NucLo, unsigned NucHi) const;\r
  23         unsigned GetAAHi(unsigned NucLo, unsigned NucHi) const;\r
  24         unsigned GetNucPosFirstBaseInCodon(unsigned AAPos) const;\r
  25         unsigned GetNucPosLastBaseInCodon(unsigned AAPos) const;\r
  26         unsigned RoundToCodonLo(unsigned NucPos) const;\r
  27         unsigned RoundToCodonHi(unsigned NucPos) const;\r
  28         void LogMe() const;\r
  29         void LogMe2() const;\r
  30         };\r
  31 \r
  32 const byte ORFEND = '.';\r
  33 \r
  34 void GetORFs(const byte *NucSeq, unsigned NucL, vector<ORFData> &ORFs,\r
  35   unsigned ORFStyle, int FindFrame, int Sign);\r
  36 \r
  37 #endif // orf_h\r