]> git.donarmstrong.com Git - mothur.git/blob - uchime_src/myutils.h
changes while testing
[mothur.git] / uchime_src / myutils.h
1 #ifndef myutils_h\r
2 #define myutils_h\r
3 \r
4 #define RCE_MALLOC      0\r
5
6 #include <stdio.h>\r
7 #include <sys/types.h>\r
8 #include <string>\r
9 #include <string.h>\r
10 #include <memory.h>\r
11 #include <vector>\r
12 #include <math.h>\r
13 #include <stdarg.h>\r
14 #include <cstdlib>\r
15 #include <climits>\r
16 \r
17 #ifndef _MSC_VER\r
18 #include <inttypes.h>\r
19 #endif\r
20 \r
21 using namespace std;\r
22 \r
23 #ifdef _MSC_VER\r
24 #include <crtdbg.h>\r
25 #pragma warning(disable: 4996)  // deprecated functions\r
26 #define _CRT_SECURE_NO_DEPRECATE        1\r
27 #endif\r
28 \r
29 #if defined(_DEBUG) && !defined(DEBUG)\r
30 #define DEBUG   1\r
31 #endif\r
32 \r
33 #if defined(DEBUG) && !defined(_DEBUG)\r
34 #define _DEBUG  1\r
35 #endif\r
36 \r
37 #ifndef NDEBUG\r
38 #define DEBUG   1\r
39 #define _DEBUG  1\r
40 #endif\r
41 \r
42 typedef unsigned char byte;\r
43 typedef unsigned short uint16;\r
44 typedef unsigned uint32;\r
45 typedef int int32;\r
46 typedef double float32;\r
47 typedef signed char int8;\r
48 typedef unsigned char uint8;\r
49 \r
50 #ifdef _MSC_VER\r
51 \r
52 typedef __int64 int64;\r
53 typedef unsigned __int64 uint64;\r
54 \r
55 #define INT64_PRINTF            "lld"\r
56 #define UINT64_PRINTF           "llu"\r
57 \r
58 #define SIZE_T_PRINTF           "u"\r
59 #define OFF64_T_PRINTF          "lld"\r
60 \r
61 #define INT64_PRINTFX           "llx"\r
62 #define UINT64_PRINTFX          "llx"\r
63 \r
64 #define SIZE_T_PRINTFX          "x"\r
65 #define OFF64_T_PRINTFX         "llx"\r
66 \r
67 #elif defined(__x86_64__)\r
68 \r
69 typedef long int64;\r
70 typedef unsigned long uint64;\r
71 \r
72 #define INT64_PRINTF            "ld"\r
73 #define UINT64_PRINTF           "lu"\r
74 \r
75 #define SIZE_T_PRINTF           "lu"\r
76 #define OFF64_T_PRINTF          "ld"\r
77 \r
78 #define INT64_PRINTFX           "lx"\r
79 #define UINT64_PRINTFX          "lx"\r
80 \r
81 #define SIZE_T_PRINTFX          "lx"\r
82 #define OFF64_T_PRINTFX         "lx"\r
83 \r
84 #else\r
85 \r
86 typedef long long int64;\r
87 typedef unsigned long long uint64;\r
88 \r
89 #define INT64_PRINTF            "lld"\r
90 #define UINT64_PRINTF           "llu"\r
91 \r
92 #define SIZE_T_PRINTF           "u"\r
93 #define OFF64_T_PRINTF          "lld"\r
94 \r
95 #define INT64_PRINTFX           "llx"\r
96 #define UINT64_PRINTFX          "llx"\r
97 \r
98 #define SIZE_T_PRINTFX          "x"\r
99 #define OFF64_T_PRINTFX         "llx"\r
100 #endif\r
101 \r
102 #define d64             INT64_PRINTF\r
103 #define u64             UINT64_PRINTF\r
104 #define x64             UINT64_PRINTFX\r
105 \r
106 // const uint64 UINT64_MAX                      = (~((uint64) 0));\r
107 \r
108 void myassertfail(const char *Exp, const char *File, unsigned Line);\r
109 #undef  assert\r
110 #ifdef  NDEBUG\r
111 #define assert(exp)     ((void)0)\r
112 #define myassert(exp)     ((void)0)\r
113 #else\r
114 #define assert(exp) (void)( (exp) || (myassertfail(#exp, __FILE__, __LINE__), 0) )\r
115 #define myassert(exp) (void)( (exp) || (myassertfail(#exp, __FILE__, __LINE__), 0) )\r
116 #endif\r
117 #define asserta(exp) (void)( (exp) || (myassertfail(#exp, __FILE__, __LINE__), 0) )\r
118 \r
119 #define ureturn(x)      return (x)\r
120 \r
121 #define NotUsed(v)      ((void *) &v)\r
122 \r
123 // pom=plus or minus, tof=true or false\r
124 static inline char pom(bool Plus)       { return Plus ? '+' : '-'; }\r
125 static inline char tof(bool x)          { return x ? 'T' : 'F'; }\r
126 static inline char yon(bool x)          { return x ? 'Y' : 'N'; }\r
127 unsigned GetElapsedSecs();\r
128 \r
129 #if     RCE_MALLOC\r
130 \r
131 void *rce_malloc(unsigned bytes, const char *FileName, int Line);\r
132 void rce_free(void *p, const char *FileName, int LineNr);\r
133 void rce_chkmem();\r
134 \r
135 void rce_dumpmem_(const char *FileName, int LineNr);\r
136 #define rce_dumpmem()           rce_dumpmem_(__FILE__, __LINE__)\r
137 \r
138 void rce_assertvalidptr_(void *p, const char *FileName, int LineNr);\r
139 #define rce_assertvalidptr(p)   rce_assertvalidptr_(p, __FILE__, __LINE__)\r
140 \r
141 void rce_dumpptr_(void *p, const char *FileName, int LineNr);\r
142 #define rce_dumpptr(p)  rce_dumpptr_(p, __FILE__, __LINE__)\r
143 \r
144 #define mymalloc(n)             rce_malloc((n), __FILE__, __LINE__)\r
145 #define myfree(p)               rce_free(p, __FILE__, __LINE__)\r
146 #define myfree2(p,n)    rce_free(p, __FILE__, __LINE__)\r
147 #define myalloc(t, n)   (t *) rce_malloc((n)*sizeof(t), __FILE__, __LINE__)\r
148 \r
149 #else // RCE_MALLOC\r
150 void *mymalloc(unsigned bytes);\r
151 void myfree2(void *p, unsigned Bytes);\r
152 void myfree(void *p);\r
153 #define rce_chkmem()    /* empty */\r
154 #define myalloc(t, n)   (t *) mymalloc((n)*sizeof(t))\r
155 #endif // RCE_MALLOC\r
156 \r
157 #define SIZE(c) unsigned((c).size())\r
158 \r
159 bool myisatty(int fd);\r
160 \r
161 #ifdef _MSC_VER\r
162 #define off_t   __int64\r
163 #endif\r
164 \r
165 FILE *OpenStdioFile(const string &FileName);\r
166 FILE *CreateStdioFile(const string &FileName);\r
167 bool CanSetStdioFilePos(FILE *f);\r
168 void CloseStdioFile(FILE *f);\r
169 void SetStdioFilePos(FILE *f, off_t Pos);\r
170 void ReadStdioFile(FILE *f, off_t Pos, void *Buffer, unsigned Bytes);\r
171 void ReadStdioFile(FILE *f, void *Buffer, unsigned Bytes);\r
172 void WriteStdioFile(FILE *f, off_t Pos, const void *Buffer, unsigned Bytes);\r
173 void WriteStdioFile(FILE *f, const void *Buffer, unsigned Bytes);\r
174 bool ReadLineStdioFile(FILE *f, char *Line, unsigned Bytes);\r
175 bool ReadLineStdioFile(FILE *f, string &Line);\r
176 byte *ReadAllStdioFile(FILE *f, off_t &FileSize);\r
177 byte *ReadAllStdioFile(const string &FileName, off_t &FileSize);\r
178 void AppendStdioFileToFile(FILE *fFrom, FILE *fTo);\r
179 void FlushStdioFile(FILE *f);\r
180 bool StdioFileExists(const string &FileName);\r
181 off_t GetStdioFilePos(FILE *f);\r
182 off_t GetStdioFileSize(FILE *f);\r
183 void LogStdioFileState(FILE *f);\r
184 void RenameStdioFile(const string &FileNameFrom, const string &FileNameTo);\r
185 void DeleteStdioFile(const string &FileName);\r
186 \r
187 void myvstrprintf(string &Str, const char *szFormat, va_list ArgList);\r
188 void myvstrprintf(string &Str, const char *szFormat, ...);\r
189 \r
190 void SetLogFileName(const string &FileName);\r
191 void Log(const char *szFormat, ...);\r
192 \r
193 void Die(const char *szFormat, ...);\r
194 void Warning(const char *szFormat, ...);\r
195 \r
196 void ProgressStep(unsigned i, unsigned N, const char *Format, ...);\r
197 void Progress(const char *szFormat, ...);\r
198 void Progress(const string &Str);\r
199 void ProgressLog(const char *szFormat, ...);\r
200 void ProgressExit();\r
201 \r
202 char *mystrsave(const char *s);\r
203 \r
204 double GetPeakMemUseBytes();\r
205 \r
206 // Are two floats equal to within epsilon?\r
207 const double epsilon = 0.01;\r
208 inline bool feq(double x, double y, double epsilon)\r
209         {\r
210         if (fabs(x) > 10000)\r
211                 epsilon = fabs(x)/10000;\r
212         if (fabs(x - y) > epsilon)\r
213                 return false;\r
214         return true;\r
215         }\r
216 \r
217 inline bool feq(double x, double y)\r
218         {\r
219         if (x < -1e6 && y < -1e6)\r
220                 return true;\r
221         double e = epsilon;\r
222         if (fabs(x) > 10000)\r
223                 e = fabs(x)/10000;\r
224         if (fabs(x - y) > e)\r
225                 return false;\r
226         return true;\r
227         }\r
228 \r
229 #define asserteq(x, y)  assert(feq(x, y))\r
230 #define assertaeq(x, y) asserta(feq(x, y))\r
231 \r
232 #define zero(a, n)      memset(a, 0, n*sizeof(a[0]))\r
233 \r
234 void InitRand();\r
235 unsigned randu32();\r
236 void Split(const string &Str, vector<string> &Fields, char Sep = 0);\r
237 double Pct(double x, double y);\r
238 double GetMemUseBytes();\r
239 const char *MemBytesToStr(double Bytes);\r
240 const char *IntToStr(unsigned i);\r
241 const char *FloatToStr(double d);\r
242 const char *SecsToStr(double Secs);\r
243 void Logu(unsigned u, unsigned w, unsigned prefixspaces = 2);\r
244 void Logf(float x, unsigned w, unsigned prefixspaces = 2);\r
245 const char *SecsToHHMMSS(int Secs);\r
246 \r
247 void MyCmdLine(int argc, char **argv);\r
248 void CmdLineErr(const char *Format, ...);\r
249 void Help();\r
250 void GetCmdLine(string &s);\r
251 \r
252 #define FLAG_OPT(LongName)                                              extern bool opt_##LongName; extern bool optset_##LongName;\r
253 #define TOG_OPT(LongName, Default)                              extern bool opt_##LongName; extern bool optset_##LongName;\r
254 #define INT_OPT(LongName, Default, Min, Max)    extern int opt_##LongName; extern bool optset_##LongName;\r
255 #define UNS_OPT(LongName, Default, Min, Max)    extern unsigned opt_##LongName; extern bool optset_##LongName;\r
256 #define FLT_OPT(LongName, Default, Min, Max)    extern double opt_##LongName; extern bool optset_##LongName;\r
257 #define STR_OPT(LongName, Default)                              extern string opt_##LongName; extern bool optset_##LongName;\r
258 #define ENUM_OPT(LongName, Default, Values)             extern int opt_##LongName; extern bool optset_##LongName;\r
259 #include "myopts.h"\r
260 #undef FLAG_OPT\r
261 #undef TOG_OPT\r
262 #undef INT_OPT\r
263 #undef UNS_OPT\r
264 #undef FLT_OPT\r
265 #undef STR_OPT\r
266 #undef ENUM_OPT\r
267 \r
268 extern const char *SVN_VERSION;\r
269 extern const char *SVN_MODS;\r
270 extern bool opt_quiet;
271 extern bool opt_version;
272 extern FILE *g_fLog;
273 \r
274 #endif  // myutils_h\r