uchime_src/mk

   1 #!/bin/bash
   2 CPPNames='addtargets2 alignchime alignchimel alnparams alpha alpha2 fractid getparents globalalign2 make3way mx myutils path searchchime seqdb setnucmx sfasta tracebackbit uchime_main usort viterbifast writechhit'
   3 ObjNames='addtargets2.o alignchime.o alignchimel.o alnparams.o alpha.o alpha2.o fractid.o getparents.o globalalign2.o make3way.o mx.o myutils.o path.o searchchime.o seqdb.o setnucmx.o sfasta.o tracebackbit.o uchime_main.o usort.o viterbifast.o writechhit.o'
   4
   5 rm -f *.o mk.stdout mk.stderr tmp.stderr
   6
   7 for CPPName in $CPPNames
   8 do
   9   echo $CPPName >> /dev/tty
  10   g++ $ENV_GCC_OPTS -c -O3 -msse2 -mfpmath=sse -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -DNDEBUG=1 -DUCHIMES=1 $CPPName.cpp -o $CPPName.o  >> mk.stdout 2>> tmp.stderr
  11         cat tmp.stderr
  12         cat tmp.stderr >> mk.stderr
  13         rm -f tmp.stderr
  14 done
  15
  16 LINK_OPTS=
  17 if [ `uname -s` == Linux ] ; then
  18     LINK_OPTS=-static
  19 fi
  20 g++ $LINK_OPTS $ENV_LINK_OPTS -g -o uchime $ObjNames >> mk.stdout 2>> tmp.stderr
  21 cat tmp.stderr
  22 cat tmp.stderr >> mk.stderr
  23 rm -f tmp.stderr
  24
  25 strip uchime
  26 ls -lh uchime
  27 sum uchime