uchime_src/hsp.h

   1 #ifndef hsp_h\r
   2 #define hsp_h   1\r
   3 \r
   4 struct HSPData\r
   5         {\r
   6         unsigned Loi;\r
   7         unsigned Loj;\r
   8         unsigned Leni;\r
   9         unsigned Lenj;\r
  10         float Score;\r
  11         unsigned User;\r
  12 \r
  13         unsigned GetLength() const\r
  14                 {\r
  15                 if (Leni != Lenj)\r
  16                         Die("HSP::GetLength(): Leni %u, Lenj %u, Loi %u, Loj %u, Score %.1f",\r
  17                           Leni, Lenj, Loi, Loj, Score);\r
  18 \r
  19                 return Leni;\r
  20                 }\r
  21 \r
  22         unsigned GetHii() const\r
  23                 {\r
  24                 assert(Leni > 0);\r
  25                 return Loi + Leni - 1;\r
  26                 }\r
  27 \r
  28         unsigned GetHij() const\r
  29                 {\r
  30                 assert(Lenj > 0);\r
  31                 return Loj + Lenj - 1;\r
  32                 }\r
  33 \r
  34         bool LeftA() const\r
  35                 {\r
  36                 return Loi == 0;\r
  37                 }\r
  38 \r
  39         bool LeftB() const\r
  40                 {\r
  41                 return Loj == 0;\r
  42                 }\r
  43 \r
  44         bool RightA(unsigned LA) const\r
  45                 {\r
  46                 return Loi + Leni == LA;\r
  47                 }\r
  48 \r
  49         bool RightB(unsigned LB) const\r
  50                 {\r
  51                 return Loj + Lenj == LB;\r
  52                 }\r
  53 \r
  54         unsigned GetIdCount(const byte *A, const byte *B) const\r
  55                 {\r
  56                 unsigned Count = 0;\r
  57                 unsigned K = GetLength();\r
  58                 for (unsigned k = 0; k < K; ++k)\r
  59                         {\r
  60                         byte a = A[Loi+k];\r
  61                         byte b = B[Loj+k];\r
  62                         if (toupper(a) == toupper(b))\r
  63                                 Count++;\r
  64                         }\r
  65                 return Count;\r
  66                 }\r
  67 \r
  68         double OverlapFract(const HSPData &HSP) const\r
  69                 {\r
  70                 if (Leni == 0 || Lenj == 0)\r
  71                         return 0.0;\r
  72 \r
  73                 unsigned MaxLoi = max(Loi, HSP.Loi);\r
  74                 unsigned MaxLoj = max(Loj, HSP.Loj);\r
  75                 unsigned MinHii = min(GetHii(), HSP.GetHii());\r
  76                 unsigned MinHij = min(GetHij(), HSP.GetHij());\r
  77 \r
  78                 unsigned Ovi = (MinHii < MaxLoi) ? 0 : MinHii - MaxLoi;\r
  79                 unsigned Ovj = (MinHij < MaxLoj) ? 0 : MinHij - MaxLoj;\r
  80 \r
  81                 asserta(Ovi <= Leni && Ovj <= Lenj);\r
  82                 return double(Ovi*Ovj)/double(Leni*Lenj);\r
  83                 }\r
  84 \r
  85         bool operator<(const HSPData &rhs) const\r
  86                 {\r
  87                 return Loi < rhs.Loi;\r
  88                 }\r
  89 \r
  90         void LogMe() const\r
  91                 {\r
  92                 Log("Loi=%u Loj=%u Li=%u Lj=%u Score=%.1f\n", Loi, Loj, Leni, Lenj, Score);\r
  93                 }\r
  94 \r
  95         void LogMe2() const\r
  96                 {\r
  97                 Log("(%u-%u,%u-%u/%.1f)", Loi, GetHii(), Loj, GetHij(), Score);\r
  98                 }\r
  99         };\r
 100 \r
 101 // Bendpoint\r
 102 struct BPData\r
 103         {\r
 104         unsigned Pos;\r
 105         bool IsLo;\r
 106         unsigned Index;\r
 107 \r
 108         void LogMe() const\r
 109                 {\r
 110                 Log("BP%s Pos %u Ix %u", (IsLo ? "lo" : "hi"), Pos, Index);\r
 111                 }\r
 112         };\r
 113 \r
 114 #endif // hsp_h\r