uchime_src/globalalign2.cpp

   1 #if     UCHIMES
   2
   3 #include "dp.h"
   4 #include "seq.h"
   5
   6 static AlnParams g_AP;
   7 static bool g_APInitDone = false;
   8
   9 bool GlobalAlign(const SeqData &Query, const SeqData &Target, PathData &PD)\r
  10         {\r
  11         if (!g_APInitDone)\r
  12                 {\r
  13                 g_AP.InitFromCmdLine(true);\r
  14                 g_APInitDone = true;\r
  15                 }\r
  16 \r
  17         ViterbiFast(Query.Seq, Query.L, Target.Seq, Target.L, g_AP, PD);\r
  18         return true;\r
  19         }\r
  20 \r
  21 bool GlobalAlign(const SeqData &Query, const SeqData &Target, string &Path)\r
  22         {\r
  23         PathData PD;\r
  24         GlobalAlign(Query, Target, PD);\r
  25         Path = string(PD.Start);\r
  26         return true;\r
  27         }\r
  28 \r
  29 bool GlobalAlign(const SeqData &Query, const SeqData &Target, const AlnParams &/*AP*/,\r
  30   const AlnHeuristics &AH, HSPFinder &/*HF*/, float /*MinFractId*/, float &/*HSPId*/, PathData &PD)\r
  31         {\r
  32         PD.Clear();\r
  33         string Path;\r
  34         bool Found = GlobalAlign(Query, Target, Path);\r
  35         if (!Found)\r
  36                 return false;\r
  37         unsigned n = SIZE(Path);\r
  38         PD.Alloc(n+1);\r
  39         memcpy(PD.Front, Path.c_str(), n);\r
  40         PD.Start = PD.Front;\r
  41         PD.Start[n] = 0;\r
  42         return true;\r
  43         }\r
  44 \r
  45 #endif // UCHIMES\r