uchime_src/chime.h

   1 #ifndef chime_h\r
   2 #define chime_h\r
   3 \r
   4 #include "seq.h"\r
   5 \r
   6 struct ChimeHit2\r
   7         {\r
   8         string QLabel;\r
   9         string ALabel;\r
  10         string BLabel;\r
  11         string Q3;\r
  12         string A3;\r
  13         string B3;\r
  14 \r
  15         //unsigned LY, LN, LA, LD;\r
  16         //unsigned RY, RN, RA, RD;\r
  17         double PctIdQT, PctIdQA, PctIdQB, PctIdQM, PctIdAB;\r
  18 \r
  19         unsigned ColLo;\r
  20         unsigned ColXLo;\r
  21         unsigned ColXHi;\r
  22         unsigned ColHi;\r
  23         unsigned QXLo;\r
  24         unsigned QXHi;\r
  25 \r
  26         double Div;\r
  27         double Score;\r
  28         double H;\r
  29 \r
  30         unsigned CS_LY, CS_LN, CS_LA, CS_RY, CS_RN, CS_RA;\r
  31 \r
  32         float AbQ;\r
  33         float AbA;\r
  34         float AbB;\r
  35 \r
  36         ChimeHit2()\r
  37                 {\r
  38                 Clear();\r
  39                 }\r
  40 \r
  41         void Clear()\r
  42                 {\r
  43                 Q3.clear();\r
  44                 A3.clear();\r
  45                 B3.clear();\r
  46                 QLabel.clear();\r
  47                 ALabel.clear();\r
  48                 BLabel.clear();\r
  49 \r
  50                 //LY = LN = LA = LD = UINT_MAX;\r
  51                 //RY = RN = RA = RD = UINT_MAX;\r
  52                 ColLo = ColHi = QXLo = QXHi = ColXLo = ColXHi = UINT_MAX;\r
  53                 CS_LY = CS_LN = CS_LA = CS_RY = CS_RN = CS_RA = UINT_MAX;\r
  54                 PctIdQT = PctIdQA = PctIdQB = PctIdQM = PctIdAB = -1.0;\r
  55                 Div = -1.0;\r
  56                 H = -1.0;\r
  57                 Score = -1.0;\r
  58                 AbQ = AbA = AbB = -1.0f;\r
  59                 };\r
  60 \r
  61         bool Accept() const\r
  62                 {\r
  63                 return Score >= opt_minh && Div >= opt_mindiv && CS_LY >= opt_mindiffs && CS_RY >= opt_mindiffs;\r
  64                 }\r
  65 \r
  66         void LogMe() const\r
  67                 {\r
  68                 Log("@L %c ", yon(Score >= 1.0 && Div >= 1.0));\r
  69                 Log(" %.4f", Score);\r
  70                 Log(" LY %u LN %u LA %u", CS_LY, CS_LN, CS_LA);\r
  71                 Log(" RY %u RN %u RA %u", CS_RY, CS_RN, CS_RA);\r
  72                 Log(" Div %.1f%%", Div);\r
  73                 Log(" Q=%s", QLabel.c_str());\r
  74                 Log(" A=%s", ALabel.c_str());\r
  75                 Log(" B=%s", BLabel.c_str());\r
  76                 Log(" QA %.1f%% QB=%.1f%% AB=%.1f%% QM=%.1f%%", PctIdQA, PctIdQB, PctIdAB, PctIdQM);\r
  77                 Log("\n");\r
  78                 }\r
  79 \r
  80         bool operator<(const ChimeHit2 &rhs) const\r
  81                 {\r
  82                 if (Score == rhs.Score)\r
  83                         return Div > rhs.Div;\r
  84                 return Score > rhs.Score;\r
  85                 }\r
  86         };\r
  87 \r
  88 static inline bool isacgt(char c)\r
  89         {\r
  90         return c == 'A' || c == 'C' || c == 'G' || c == 'T';\r
  91         }\r
  92 \r
  93 static bool inline isgap(char c)\r
  94         {\r
  95         return c == '-' || c == '.';\r
  96         }\r
  97 \r
  98 void GetChunkInfo(unsigned L, unsigned &Length, vector<unsigned> &Los);\r
  99 float GetAbFromLabel(const string &Label);\r
 100 void WriteChimeHitCS(FILE *f, const ChimeHit2 &Hit);\r
 101 void WriteChimeHit(FILE *f, const ChimeHit2 &Hit);\r
 102 void WriteChimeFileHdr(FILE *f);\r
 103 \r
 104 #endif // chime_h\r