uchime_src/chainer.h

   1 #ifndef chainer_h\r
   2 #define chainer_h\r
   3 \r
   4 #include "hsp.h"\r
   5 #include "seq.h"\r
   6 #include <list>\r
   7 \r
   8 const float BAD_SCORE = -9e9f;\r
   9 \r
  10 struct TargetHit\r
  11         {\r
  12         unsigned TargetIndex;\r
  13         unsigned TargetLo;\r
  14         unsigned TargetHi;\r
  15         int QueryFrame;\r
  16         float RawScore; // SOMETIMES USED FOR BIT SCORE!!!\r
  17 //      unsigned TargetLength;\r
  18 \r
  19         void LogMe() const\r
  20                 {\r
  21                 Log("lo %u, hi %u, frame %d, score %.1f\n",\r
  22                   TargetLo, TargetHi, QueryFrame, RawScore);\r
  23                 }\r
  24         };\r
  25 \r
  26 struct ChainData\r
  27         {\r
  28         unsigned LastHSPIndex;\r
  29         unsigned Ahi;\r
  30         unsigned Bhi;\r
  31         float Score;\r
  32         };\r
  33 \r
  34 class Chainer\r
  35         {\r
  36 public:\r
  37         HSPData **m_HSPs; // memory owned elsewhere\r
  38         unsigned m_HSPCount;\r
  39         unsigned m_MaxHSPCount;\r
  40 \r
  41         BPData *m_BPs;\r
  42 \r
  43         unsigned *m_PrevHSPIndexes;             // Predecessor in chain\r
  44         float *m_HSPIndexToChainScore;\r
  45 \r
  46         list<unsigned> m_Chains;                // Live HSP indexes\r
  47 \r
  48 public:\r
  49         Chainer();\r
  50         ~Chainer();\r
  51         void Reset();\r
  52         void Clear(bool ctor = false);\r
  53         float Chain(HSPData **HSPs, unsigned HSPCount, HSPData **OptChain,\r
  54           unsigned &OptChainLength);\r
  55         bool ResolveOverlaps(const SeqData &SA, const SeqData &SB, double MinScore,\r
  56           const float * const *SubstMx, HSPData **InHSPs, unsigned InHSPCount,\r
  57           HSPData **OutHSPs, unsigned &OutHSPCount);\r
  58         void ResolveOverlap(HSPData &HSP1, HSPData &HSP2);\r
  59 \r
  60         float ChainBrute(HSPData **HSPs, unsigned HSPCount, HSPData **OptChain,\r
  61           unsigned &OptChainLength);\r
  62         void LogMe() const;\r
  63         void LogHSPs(HSPData **HSPs, unsigned HSPCount) const;\r
  64         void LogBPs() const;\r
  65 \r
  66         static bool IsValidChain(HSPData **HSPs, unsigned HSPCount);\r
  67         static void AssertValidChain(HSPData **HSPs, unsigned HSPCount);\r
  68         static void LogChain(HSPData **HSPs, unsigned HSPCount);\r
  69         static void LogChain2(HSPData **HSPs, unsigned HSPCount);\r
  70         static float GetChainScore(HSPData **HSPs, unsigned HSPCount);\r
  71 \r
  72 private:\r
  73         void AllocHSPCount(unsigned MaxHSPCount);\r
  74         void SetBPs();\r
  75         void SortBPs();\r
  76         unsigned FindBestChainLT(unsigned Ahi, unsigned Bhi);\r
  77         };\r
  78 \r
  79 #endif // chainer_h\r