uchime_src/alpha2.cpp

   1 #include "myutils.h"\r
   2 #include "alpha.h"\r
   3 #include "timing.h"\r
   4 \r
   5 bool isgap(byte c)\r
   6         {\r
   7         return c == '-' || c == '.';\r
   8         }\r
   9 \r
  10 const char *WordToStrAmino(unsigned Word, unsigned WordLength)\r
  11         {\r
  12         static char Str[32];\r
  13         for (unsigned i = 0; i < WordLength; ++i)\r
  14                 {\r
  15                 unsigned Letter = Word%20;\r
  16                 Str[WordLength-i-1] = g_LetterToCharAmino[Letter];\r
  17                 Word /= 20;\r
  18                 }\r
  19         Str[WordLength] = 0;\r
  20         return Str;\r
  21         }\r
  22 \r
  23 const char *WordToStrAmino2(unsigned Word, unsigned WordLength, char *Str)\r
  24         {\r
  25         for (unsigned i = 0; i < WordLength; ++i)\r
  26                 {\r
  27                 unsigned Letter = Word%20;\r
  28                 Str[WordLength-i-1] = g_LetterToCharAmino[Letter];\r
  29                 Word /= 20;\r
  30                 }\r
  31         Str[WordLength] = 0;\r
  32         return Str;\r
  33         }\r
  34 \r
  35 const char *WordToStrNucleo(unsigned Word, unsigned WordLength)\r
  36         {\r
  37         static char Str[32];\r
  38         for (unsigned i = 0; i < WordLength; ++i)\r
  39                 {\r
  40                 unsigned Letter = Word%4;\r
  41                 Str[WordLength-i-1] = g_LetterToCharNucleo[Letter];\r
  42                 Word /= 4;\r
  43                 }\r
  44         Str[WordLength] = 0;\r
  45         return Str;\r
  46         }\r
  47 \r
  48 const char *WordToStr(unsigned Word, unsigned WordLength, bool Nucleo)\r
  49         {\r
  50         return (Nucleo ? WordToStrNucleo : WordToStrAmino)(Word, WordLength);\r
  51         }\r
  52 \r
  53 byte *RevCompAlloc(const byte *Seq, unsigned L)\r
  54         {\r
  55         byte *RCSeq = MYALLOC(byte, L, Alpha);\r
  56 \r
  57         for (unsigned i = 0; i < L; ++i)\r
  58                 RCSeq[L-i-1] = g_CharToCompChar[Seq[i]];\r
  59 \r
  60         return RCSeq;\r
  61         }\r
  62 \r
  63 void RevCompInPlace(byte *Seq, unsigned L)\r
  64         {\r
  65         unsigned L1 = L - 1;\r
  66         unsigned L2 = L/2;\r
  67         for (unsigned i = 0; i < L2; ++i)\r
  68                 {\r
  69                 unsigned j = L1 - i;\r
  70                 unsigned ci = Seq[i];\r
  71                 unsigned cj = Seq[j];\r
  72 \r
  73                 unsigned ri = g_CharToCompChar[ci];\r
  74                 unsigned rj = g_CharToCompChar[cj];\r
  75 \r
  76                 Seq[i] = rj;\r
  77                 Seq[j] = ri;\r
  78                 }\r
  79 \r
  80         if (L%2 == 1)\r
  81                 Seq[L2] = g_CharToCompChar[Seq[L2]];\r
  82         }\r
  83 \r
  84 void RevComp(const byte *Seq, unsigned L, byte *RCSeq)\r
  85         {\r
  86         for (unsigned i = 0; i < L; ++i)\r
  87                 RCSeq[L-i-1] = g_CharToCompChar[Seq[i]];\r
  88         }\r
  89 \r
  90 unsigned char GetAminoCharFrom3NucChars(unsigned char c1, unsigned char c2,\r
  91   unsigned char c3)\r
  92         {\r
  93         unsigned Letter1 = g_CharToLetterNucleo[c1];\r
  94         unsigned Letter2 = g_CharToLetterNucleo[c2];\r
  95         unsigned Letter3 = g_CharToLetterNucleo[c3];\r
  96         unsigned Word = Letter1*(4*4) + Letter2*4 + Letter3;\r
  97 \r
  98         unsigned Letter = g_CodonWordToAminoLetter[Word];\r
  99         return g_LetterToCharAmino[Letter];\r
 100         }\r