uchime_src/alpha.h

   1 #ifndef alpha_h\r
   2 #define alpha_h\r
   3 \r
   4 #include <limits.h>\r
   5 #include <string>\r
   6 \r
   7 using namespace std;\r
   8 \r
   9 const unsigned INVALID_LETTER = 0;\r
  10 const unsigned char INVALID_CHAR = '?';\r
  11 \r
  12 extern unsigned g_CharToLetterAmino[];\r
  13 extern unsigned g_CharToLetterAminoStop[];\r
  14 extern unsigned char g_LetterToCharAmino[];\r
  15 extern unsigned g_CharToLetterNucleo[];\r
  16 extern unsigned char g_LetterToCharNucleo[];\r
  17 extern unsigned g_CodonWordToAminoLetter[];\r
  18 extern char g_CodonWordToAminoChar[];\r
  19 extern unsigned char g_CharToCompChar[];\r
  20 extern unsigned g_CharToCompLetter[];\r
  21 extern bool g_IsAminoChar[];\r
  22 extern bool g_IsNucleoChar[];\r
  23 extern bool g_IsACGTU[];\r
  24 extern float g_AminoFreqs[];\r
  25 \r
  26 extern unsigned g_CharToLetterRed[];\r
  27 extern unsigned char g_LetterToCharRed[];\r
  28 extern unsigned g_RedAlphaSize;\r
  29 \r
  30 void LogRedAlphaRed();\r
  31 void ReadRedAlphaFromFile(const string &FileName);\r
  32 unsigned char GetAminoCharFrom3NucChars(unsigned char c1, unsigned char c2,\r
  33   unsigned char c3);\r
  34 \r
  35 static inline bool AminoLetterIsStartCodon(unsigned char Letter)\r
  36         {\r
  37         return Letter == 10;\r
  38         }\r
  39 \r
  40 static inline bool AminoLetterIsStopCodon(unsigned char Letter)\r
  41         {\r
  42         return Letter == 20;\r
  43         }\r
  44 \r
  45 const char *WordToStr(unsigned Word, unsigned WordLength, bool Nucleo);\r
  46 const char *WordToStrNucleo(unsigned Word, unsigned WordLength);\r
  47 const char *WordToStrAmino(unsigned Word, unsigned WordLength);\r
  48 const char *WordToStrAmino2(unsigned Word, unsigned WordLength, char *Str);\r
  49 \r
  50 #endif // alpha_h\r