uchime_src/alpha.cpp

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 323         INVALID_LETTER, // [ 58] ':'
 324         INVALID_LETTER, // [ 59] ';'
 325         INVALID_LETTER, // [ 60] '<'
 326         INVALID_LETTER, // [ 61] '='
 327         INVALID_LETTER, // [ 62] '>'
 328         INVALID_LETTER, // [ 63] '?'
 329         INVALID_LETTER, // [ 64] '@'
 330         0  ,            // [ 65] 'A' = Ala
 331         INVALID_LETTER, // [ 66] 'B'
 332         1  ,            // [ 67] 'C' = Cys
 333         2  ,            // [ 68] 'D' = Asp
 334         3  ,            // [ 69] 'E' = Glu
 335         4  ,            // [ 70] 'F' = Phe
 336         5  ,            // [ 71] 'G' = Gly
 337         6  ,            // [ 72] 'H' = His
 338         7  ,            // [ 73] 'I' = Ile
 339         INVALID_LETTER, // [ 74] 'J'
 340         8  ,            // [ 75] 'K' = Lys
 341         9  ,            // [ 76] 'L' = Leu
 342         10 ,            // [ 77] 'M' = Met
 343         11 ,            // [ 78] 'N' = Asn
 344         INVALID_LETTER, // [ 79] 'O'
 345         12 ,            // [ 80] 'P' = Pro
 346         13 ,            // [ 81] 'Q' = Gln
 347         14 ,            // [ 82] 'R' = Arg
 348         15 ,            // [ 83] 'S' = Ser
 349         16 ,            // [ 84] 'T' = Thr
 350         INVALID_LETTER, // [ 85] 'U'
 351         17 ,            // [ 86] 'V' = Val
 352         18 ,            // [ 87] 'W' = Trp
 353         INVALID_LETTER, // [ 88] 'X'
 354         19 ,            // [ 89] 'Y' = Tyr
 355         INVALID_LETTER, // [ 90] 'Z'
 356         INVALID_LETTER, // [ 91] '['
 357         INVALID_LETTER, // [ 92] '\'
 358         INVALID_LETTER, // [ 93] ']'
 359         INVALID_LETTER, // [ 94] '^'
 360         INVALID_LETTER, // [ 95] '_'
 361         INVALID_LETTER, // [ 96] '`'
 362         0  ,            // [ 97] 'a' = Ala
 363         INVALID_LETTER, // [ 98] 'b'
 364         1  ,            // [ 99] 'c' = Cys
 365         2  ,            // [100] 'd' = Asp
 366         3  ,            // [101] 'e' = Glu
 367         4  ,            // [102] 'f' = Phe
 368         5  ,            // [103] 'g' = Gly
 369         6  ,            // [104] 'h' = His
 370         7  ,            // [105] 'i' = Ile
 371         INVALID_LETTER, // [106] 'j'
 372         8  ,            // [107] 'k' = Lys
 373         9  ,            // [108] 'l' = Leu
 374         10 ,            // [109] 'm' = Met
 375         11 ,            // [110] 'n' = Asn
 376         INVALID_LETTER, // [111] 'o'
 377         12 ,            // [112] 'p' = Pro
 378         13 ,            // [113] 'q' = Gln
 379         14 ,            // [114] 'r' = Arg
 380         15 ,            // [115] 's' = Ser
 381         16 ,            // [116] 't' = Thr
 382         INVALID_LETTER, // [117] 'u'
 383         17 ,            // [118] 'v' = Val
 384         18 ,            // [119] 'w' = Trp
 385         INVALID_LETTER, // [120] 'x'
 386         19 ,            // [121] 'y' = Tyr
 387         INVALID_LETTER, // [122] 'z'
 388         INVALID_LETTER, // [123] '{'
 389         INVALID_LETTER, // [124] '|'
 390         INVALID_LETTER, // [125] '}'
 391         INVALID_LETTER, // [126] '~'
 392         INVALID_LETTER, // [127] 0x7f
 393         INVALID_LETTER, // [128] 0x80
 394         INVALID_LETTER, // [129] 0x81
 395         INVALID_LETTER, // [130] 0x82
 396         INVALID_LETTER, // [131] 0x83
 397         INVALID_LETTER, // [132] 0x84
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 400         INVALID_LETTER, // [135] 0x87
 401         INVALID_LETTER, // [136] 0x88
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 409         INVALID_LETTER, // [144] 0x90
 410         INVALID_LETTER, // [145] 0x91
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 522
 523 unsigned char g_LetterToCharAmino[256] =
 524         {
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 534         'L', // [9]
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 543         'W', // [18]
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 851         INVALID_LETTER, // [ 66] = 66
 852         1  ,            // [ 67] = C (Nucleotide)
 853         INVALID_LETTER, // [ 68] = 68
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 855         INVALID_LETTER, // [ 70] = 70
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 868         INVALID_LETTER, // [ 83] = 83
 869         3  ,            // [ 84] = T (Nucleotide)
 870         3  ,            // [ 85] = U (Nucleotide)
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 882         0  ,            // [ 97] = a (Nucleotide)
 883         INVALID_LETTER, // [ 98] = 98
 884         1  ,            // [ 99] = c (Nucleotide)
 885         INVALID_LETTER, // [100] = 100
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 887         INVALID_LETTER, // [102] = 102
 888         2  ,            // [103] = g (Nucleotide)
 889         INVALID_LETTER, // [104] = 104
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 901         3  ,            // [116] = t (Nucleotide)
 902         3  ,            // [117] = u (Nucleotide)
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1301         };
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1304         {
1305         8 , // [ 0] = AAA K (Lys)
1306         11, // [ 1] = AAC N (Asn)
1307         8 , // [ 2] = AAG K (Lys)
1308         11, // [ 3] = AAT N (Asn)
1309         16, // [ 4] = ACA T (Thr)
1310         16, // [ 5] = ACC T (Thr)
1311         16, // [ 6] = ACG T (Thr)
1312         16, // [ 7] = ACT T (Thr)
1313         14, // [ 8] = AGA R (Arg)
1314         15, // [ 9] = AGC S (Ser)
1315         14, // [10] = AGG R (Arg)
1316         15, // [11] = AGT S (Ser)
1317         7 , // [12] = ATA I (Ile)
1318         7 , // [13] = ATC I (Ile)
1319         10, // [14] = ATG M (Met)
1320         7 , // [15] = ATT I (Ile)
1321         13, // [16] = CAA Q (Gln)
1322         6 , // [17] = CAC H (His)
1323         13, // [18] = CAG Q (Gln)
1324         6 , // [19] = CAT H (His)
1325         12, // [20] = CCA P (Pro)
1326         12, // [21] = CCC P (Pro)
1327         12, // [22] = CCG P (Pro)
1328         12, // [23] = CCT P (Pro)
1329         14, // [24] = CGA R (Arg)
1330         14, // [25] = CGC R (Arg)
1331         14, // [26] = CGG R (Arg)
1332         14, // [27] = CGT R (Arg)
1333         9 , // [28] = CTA L (Leu)
1334         9 , // [29] = CTC L (Leu)
1335         9 , // [30] = CTG L (Leu)
1336         9 , // [31] = CTT L (Leu)
1337         3 , // [32] = GAA E (Glu)
1338         2 , // [33] = GAC D (Asp)
1339         3 , // [34] = GAG E (Glu)
1340         2 , // [35] = GAT D (Asp)
1341         0 , // [36] = GCA A (Ala)
1342         0 , // [37] = GCC A (Ala)
1343         0 , // [38] = GCG A (Ala)
1344         0 , // [39] = GCT A (Ala)
1345         5 , // [40] = GGA G (Gly)
1346         5 , // [41] = GGC G (Gly)
1347         5 , // [42] = GGG G (Gly)
1348         5 , // [43] = GGT G (Gly)
1349         17, // [44] = GTA V (Val)
1350         17, // [45] = GTC V (Val)
1351         17, // [46] = GTG V (Val)
1352         17, // [47] = GTT V (Val)
1353         20, // [48] = TAA * (STP)
1354         19, // [49] = TAC Y (Tyr)
1355         20, // [50] = TAG * (STP)
1356         19, // [51] = TAT Y (Tyr)
1357         15, // [52] = TCA S (Ser)
1358         15, // [53] = TCC S (Ser)
1359         15, // [54] = TCG S (Ser)
1360         15, // [55] = TCT S (Ser)
1361         20, // [56] = TGA * (STP)
1362         1 , // [57] = TGC C (Cys)
1363         18, // [58] = TGG W (Trp)
1364         1 , // [59] = TGT C (Cys)
1365         9 , // [60] = TTA L (Leu)
1366         4 , // [61] = TTC F (Phe)
1367         9 , // [62] = TTG L (Leu)
1368         4 , // [63] = TTT F (Phe)
1369         };
1370
1371 char g_CodonWordToAminoChar[4*4*4] =
1372         {
1373         'K', // [ 0] = AAA (Lys)
1374         'N', // [ 1] = AAC (Asn)
1375         'K', // [ 2] = AAG (Lys)
1376         'N', // [ 3] = AAT (Asn)
1377         'T', // [ 4] = ACA (Thr)
1378         'T', // [ 5] = ACC (Thr)
1379         'T', // [ 6] = ACG (Thr)
1380         'T', // [ 7] = ACT (Thr)
1381         'R', // [ 8] = AGA (Arg)
1382         'S', // [ 9] = AGC (Ser)
1383         'R', // [10] = AGG (Arg)
1384         'S', // [11] = AGT (Ser)
1385         'I', // [12] = ATA (Ile)
1386         'I', // [13] = ATC (Ile)
1387         'M', // [14] = ATG (Met)
1388         'I', // [15] = ATT (Ile)
1389         'Q', // [16] = CAA (Gln)
1390         'H', // [17] = CAC (His)
1391         'Q', // [18] = CAG (Gln)
1392         'H', // [19] = CAT (His)
1393         'P', // [20] = CCA (Pro)
1394         'P', // [21] = CCC (Pro)
1395         'P', // [22] = CCG (Pro)
1396         'P', // [23] = CCT (Pro)
1397         'R', // [24] = CGA (Arg)
1398         'R', // [25] = CGC (Arg)
1399         'R', // [26] = CGG (Arg)
1400         'R', // [27] = CGT (Arg)
1401         'L', // [28] = CTA (Leu)
1402         'L', // [29] = CTC (Leu)
1403         'L', // [30] = CTG (Leu)
1404         'L', // [31] = CTT (Leu)
1405         'E', // [32] = GAA (Glu)
1406         'D', // [33] = GAC (Asp)
1407         'E', // [34] = GAG (Glu)
1408         'D', // [35] = GAT (Asp)
1409         'A', // [36] = GCA (Ala)
1410         'A', // [37] = GCC (Ala)
1411         'A', // [38] = GCG (Ala)
1412         'A', // [39] = GCT (Ala)
1413         'G', // [40] = GGA (Gly)
1414         'G', // [41] = GGC (Gly)
1415         'G', // [42] = GGG (Gly)
1416         'G', // [43] = GGT (Gly)
1417         'V', // [44] = GTA (Val)
1418         'V', // [45] = GTC (Val)
1419         'V', // [46] = GTG (Val)
1420         'V', // [47] = GTT (Val)
1421         '*', // [48] = TAA (STP)
1422         'Y', // [49] = TAC (Tyr)
1423         '*', // [50] = TAG (STP)
1424         'Y', // [51] = TAT (Tyr)
1425         'S', // [52] = TCA (Ser)
1426         'S', // [53] = TCC (Ser)
1427         'S', // [54] = TCG (Ser)
1428         'S', // [55] = TCT (Ser)
1429         '*', // [56] = TGA (STP)
1430         'C', // [57] = TGC (Cys)
1431         'W', // [58] = TGG (Trp)
1432         'C', // [59] = TGT (Cys)
1433         'L', // [60] = TTA (Leu)
1434         'F', // [61] = TTC (Phe)
1435         'L', // [62] = TTG (Leu)
1436         'F', // [63] = TTT (Phe)
1437         };
1438
1439 unsigned char g_CharToCompChar[256] =
1440         {
1441         INVALID_CHAR, // [  0]
1442         INVALID_CHAR, // [  1]
1443         INVALID_CHAR, // [  2]
1444         INVALID_CHAR, // [  3]
1445         INVALID_CHAR, // [  4]
1446         INVALID_CHAR, // [  5]
1447         INVALID_CHAR, // [  6]
1448         INVALID_CHAR, // [  7]
1449         INVALID_CHAR, // [  8]
1450         INVALID_CHAR, // [  9]
1451         INVALID_CHAR, // [ 10]
1452         INVALID_CHAR, // [ 11]
1453         INVALID_CHAR, // [ 12]
1454         INVALID_CHAR, // [ 13]
1455         INVALID_CHAR, // [ 14]
1456         INVALID_CHAR, // [ 15]
1457         INVALID_CHAR, // [ 16]
1458         INVALID_CHAR, // [ 17]
1459         INVALID_CHAR, // [ 18]
1460         INVALID_CHAR, // [ 19]
1461         INVALID_CHAR, // [ 20]
1462         INVALID_CHAR, // [ 21]
1463         INVALID_CHAR, // [ 22]
1464         INVALID_CHAR, // [ 23]
1465         INVALID_CHAR, // [ 24]
1466         INVALID_CHAR, // [ 25]
1467         INVALID_CHAR, // [ 26]
1468         INVALID_CHAR, // [ 27]
1469         INVALID_CHAR, // [ 28]
1470         INVALID_CHAR, // [ 29]
1471         INVALID_CHAR, // [ 30]
1472         INVALID_CHAR, // [ 31]
1473         INVALID_CHAR, // [ 32]
1474         INVALID_CHAR, // [ 33]
1475         INVALID_CHAR, // [ 34]
1476         INVALID_CHAR, // [ 35]
1477         INVALID_CHAR, // [ 36]
1478         INVALID_CHAR, // [ 37]
1479         INVALID_CHAR, // [ 38]
1480         INVALID_CHAR, // [ 39]
1481         INVALID_CHAR, // [ 40]
1482         INVALID_CHAR, // [ 41]
1483         INVALID_CHAR, // [ 42]
1484         INVALID_CHAR, // [ 43]
1485         INVALID_CHAR, // [ 44]
1486         INVALID_CHAR, // [ 45]
1487         INVALID_CHAR, // [ 46]
1488         INVALID_CHAR, // [ 47]
1489         INVALID_CHAR, // [ 48]
1490         INVALID_CHAR, // [ 49]
1491         INVALID_CHAR, // [ 50]
1492         INVALID_CHAR, // [ 51]
1493         INVALID_CHAR, // [ 52]
1494         INVALID_CHAR, // [ 53]
1495         INVALID_CHAR, // [ 54]
1496         INVALID_CHAR, // [ 55]
1497         INVALID_CHAR, // [ 56]
1498         INVALID_CHAR, // [ 57]
1499         INVALID_CHAR, // [ 58]
1500         INVALID_CHAR, // [ 59]
1501         INVALID_CHAR, // [ 60]
1502         INVALID_CHAR, // [ 61]
1503         INVALID_CHAR, // [ 62]
1504         INVALID_CHAR, // [ 63]
1505         INVALID_CHAR, // [ 64]
1506         'T',          // [ 65] A -> T
1507         INVALID_CHAR, // [ 66]
1508         'G',          // [ 67] C -> G
1509         INVALID_CHAR, // [ 68]
1510         INVALID_CHAR, // [ 69]
1511         INVALID_CHAR, // [ 70]
1512         'C',          // [ 71] G -> C
1513         INVALID_CHAR, // [ 72]
1514         INVALID_CHAR, // [ 73]
1515         INVALID_CHAR, // [ 74]
1516         INVALID_CHAR, // [ 75]
1517         INVALID_CHAR, // [ 76]
1518         INVALID_CHAR, // [ 77]
1519         INVALID_CHAR, // [ 78]
1520         INVALID_CHAR, // [ 79]
1521         INVALID_CHAR, // [ 80]
1522         INVALID_CHAR, // [ 81]
1523         INVALID_CHAR, // [ 82]
1524         INVALID_CHAR, // [ 83]
1525         'A',          // [ 84] T -> A
1526         'A',          // [ 85] U -> A
1527         INVALID_CHAR, // [ 86]
1528         INVALID_CHAR, // [ 87]
1529         INVALID_CHAR, // [ 88]
1530         INVALID_CHAR, // [ 89]
1531         INVALID_CHAR, // [ 90]
1532         INVALID_CHAR, // [ 91]
1533         INVALID_CHAR, // [ 92]
1534         INVALID_CHAR, // [ 93]
1535         INVALID_CHAR, // [ 94]
1536         INVALID_CHAR, // [ 95]
1537         INVALID_CHAR, // [ 96]
1538         'T',          // [ 97] a -> T
1539         INVALID_CHAR, // [ 98]
1540         'G',          // [ 99] c -> G
1541         INVALID_CHAR, // [100]
1542         INVALID_CHAR, // [101]
1543         INVALID_CHAR, // [102]
1544         'C',          // [103] g -> C
1545         INVALID_CHAR, // [104]
1546         INVALID_CHAR, // [105]
1547         INVALID_CHAR, // [106]
1548         INVALID_CHAR, // [107]
1549         INVALID_CHAR, // [108]
1550         INVALID_CHAR, // [109]
1551         INVALID_CHAR, // [110]
1552         INVALID_CHAR, // [111]
1553         INVALID_CHAR, // [112]
1554         INVALID_CHAR, // [113]
1555         INVALID_CHAR, // [114]
1556         INVALID_CHAR, // [115]
1557         'A',          // [116] t -> A
1558         'A',          // [117] u -> A
1559         INVALID_CHAR, // [118]
1560         INVALID_CHAR, // [119]
1561         INVALID_CHAR, // [120]
1562         INVALID_CHAR, // [121]
1563         INVALID_CHAR, // [122]
1564         INVALID_CHAR, // [123]
1565         INVALID_CHAR, // [124]
1566         INVALID_CHAR, // [125]
1567         INVALID_CHAR, // [126]
1568         INVALID_CHAR, // [127]
1569         INVALID_CHAR, // [128]
1570         INVALID_CHAR, // [129]
1571         INVALID_CHAR, // [130]
1572         INVALID_CHAR, // [131]
1573         INVALID_CHAR, // [132]
1574         INVALID_CHAR, // [133]
1575         INVALID_CHAR, // [134]
1576         INVALID_CHAR, // [135]
1577         INVALID_CHAR, // [136]
1578         INVALID_CHAR, // [137]
1579         INVALID_CHAR, // [138]
1580         INVALID_CHAR, // [139]
1581         INVALID_CHAR, // [140]
1582         INVALID_CHAR, // [141]
1583         INVALID_CHAR, // [142]
1584         INVALID_CHAR, // [143]
1585         INVALID_CHAR, // [144]
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1589         INVALID_CHAR, // [148]
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1591         INVALID_CHAR, // [150]
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1607         INVALID_CHAR, // [166]
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1611         INVALID_CHAR, // [170]
1612         INVALID_CHAR, // [171]
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2050         true,  // [ 89] 'Y' = Tyr
2051         false, // [ 90] 'Z'
2052         false, // [ 91] '['
2053         false, // [ 92] '\'
2054         false, // [ 93] ']'
2055         false, // [ 94] '^'
2056         false, // [ 95] '_'
2057         false, // [ 96] '`'
2058         true,  // [ 97] 'A' = Ala
2059         false, // [ 98] 'B'
2060         true,  // [ 99] 'C' = Cys
2061         true,  // [100] 'D' = Asp
2062         true,  // [101] 'E' = Glu
2063         true,  // [102] 'F' = Phe
2064         true,  // [103] 'G' = Gly
2065         true,  // [104] 'H' = His
2066         true,  // [105] 'I' = Ile
2067         false, // [106] 'J'
2068         true,  // [107] 'K' = Lys
2069         true,  // [108] 'L' = Leu
2070         true,  // [109] 'M' = Met
2071         true,  // [110] 'N' = Asn
2072         false, // [111] 'O'
2073         true,  // [112] 'P' = Pro
2074         true,  // [113] 'Q' = Gln
2075         true,  // [114] 'R' = Arg
2076         true,  // [115] 'S' = Ser
2077         true,  // [116] 'T' = Thr
2078         false, // [117] 'U'
2079         true,  // [118] 'V' = Val
2080         true,  // [119] 'W' = Trp
2081         false, // [120] 'X'
2082         true,  // [121] 'Y' = Tyr
2083         false, // [122] 'Z'
2084         false, // [123] '{'
2085         false, // [124] '|'
2086         false, // [125] '}'
2087         false, // [126] '~'
2088         false, // [127] 0x7f
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2090         false, // [129] 0x81
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2217         };
2218
2219 bool g_IsNucleoChar[256] =
2220         {
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2250         false, // [ 29] 0x1d
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2252         false, // [ 31] 0x1f
2253         false, // [ 32] ' '
2254         false, // [ 33] '!'
2255         false, // [ 34] '"'
2256         false, // [ 35] '#'
2257         false, // [ 36] '$'
2258         false, // [ 37] '%'
2259         false, // [ 38] '&'
2260         false, // [ 39] '''
2261         false, // [ 40] '('
2262         false, // [ 41] ')'
2263         false, // [ 42] '*'
2264         false, // [ 43] '+'
2265         false, // [ 44] ','
2266         false, // [ 45] '-'
2267         false, // [ 46] '.'
2268         false, // [ 47] '/'
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2270         false, // [ 49] '1'
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2278         false, // [ 57] '9'
2279         false, // [ 58] ':'
2280         false, // [ 59] ';'
2281         false, // [ 60] '<'
2282         false, // [ 61] '='
2283         false, // [ 62] '>'
2284         false, // [ 63] '?'
2285         false, // [ 64] '@'
2286         true,  // [ 65] 'A' (Nucleotide)
2287         false, // [ 66] 'B'
2288         true,  // [ 67] 'C' (Nucleotide)
2289         false, // [ 68] 'D'
2290         false, // [ 69] 'E'
2291         false, // [ 70] 'F'
2292         true,  // [ 71] 'G' (Nucleotide)
2293         false, // [ 72] 'H'
2294         false, // [ 73] 'I'
2295         false, // [ 74] 'J'
2296         false, // [ 75] 'K'
2297         false, // [ 76] 'L'
2298         false, // [ 77] 'M'
2299         true,  // [ 78] 'N' (Nucleotide)
2300         false, // [ 79] 'O'
2301         false, // [ 80] 'P'
2302         false, // [ 81] 'Q'
2303         false, // [ 82] 'R'
2304         false, // [ 83] 'S'
2305         true,  // [ 84] 'T' (Nucleotide)
2306         true,  // [ 85] 'U' (Nucleotide)
2307         false, // [ 86] 'V'
2308         false, // [ 87] 'W'
2309         false, // [ 88] 'X'
2310         false, // [ 89] 'Y'
2311         false, // [ 90] 'Z'
2312         false, // [ 91] '['
2313         false, // [ 92] '\'
2314         false, // [ 93] ']'
2315         false, // [ 94] '^'
2316         false, // [ 95] '_'
2317         false, // [ 96] '`'
2318         true,  // [ 97] 'A' (Nucleotide)
2319         false, // [ 98] 'B'
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2321         false, // [100] 'D'
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2324         true,  // [103] 'G' (Nucleotide)
2325         false, // [104] 'H'
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2327         false, // [106] 'J'
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2329         false, // [108] 'L'
2330         false, // [109] 'M'
2331         true,  // [110] 'N' (Nucleotide)
2332         false, // [111] 'O'
2333         false, // [112] 'P'
2334         false, // [113] 'Q'
2335         false, // [114] 'R'
2336         false, // [115] 'S'
2337         true,  // [116] 'T' (Nucleotide)
2338         true,  // [117] 'U' (Nucleotide)
2339         false, // [118] 'V'
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2341         false, // [120] 'X'
2342         false, // [121] 'Y'
2343         false, // [122] 'Z'
2344         false, // [123] '{'
2345         false, // [124] '|'
2346         false, // [125] '}'
2347         false, // [126] '~'
2348         false, // [127] 0x7f
2349         false, // [128] 0x80
2350         false, // [129] 0x81
2351         false, // [130] 0x82
2352         false, // [131] 0x83
2353         false, // [132] 0x84
2354         false, // [133] 0x85
2355         false, // [134] 0x86
2356         false, // [135] 0x87
2357         false, // [136] 0x88
2358         false, // [137] 0x89
2359         false, // [138] 0x8a
2360         false, // [139] 0x8b
2361         false, // [140] 0x8c
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2363         false, // [142] 0x8e
2364         false, // [143] 0x8f
2365         false, // [144] 0x90
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