uchime_src/alnparams.h

   1 #ifndef alnparams_h\r
   2 #define alnparams_h\r
   3 \r
   4 struct HSPData;\r
   5 \r
   6 // Gap penalty scores are negative\r
   7 // (i.e., are scores, not penalties).\r
   8 struct AlnParams\r
   9         {\r
  10         const char *SubstMxName;\r
  11         const float * const *SubstMx;\r
  12 \r
  13         bool Nucleo;\r
  14         bool NucleoSet;\r
  15 \r
  16 // Local gaps\r
  17         float LocalOpen;\r
  18         float LocalExt;\r
  19 \r
  20 // Global internal gaps\r
  21         float OpenA;\r
  22         float OpenB;\r
  23 \r
  24         float ExtA;\r
  25         float ExtB;\r
  26 \r
  27 // Global terminal gaps\r
  28         float LOpenA;\r
  29         float LOpenB;\r
  30         float ROpenA;\r
  31         float ROpenB;\r
  32 \r
  33         float LExtA;\r
  34         float LExtB;\r
  35         float RExtA;\r
  36         float RExtB;\r
  37 \r
  38         void Clear();\r
  39         void SetLocal(float Open, float Ext);\r
  40         void Init2(const float * const *Mx, float Open, float Ext);\r
  41         void Init4(const float * const *Mx, float Open, float Ext, float TermOpen, float TermExt);\r
  42         void Init(const AlnParams &AP, const HSPData &HSP, unsigned LA, unsigned LB);\r
  43         void InitFromCmdLine(bool Nucleo);\r
  44         void SetMxFromCmdLine(bool Nucleo);\r
  45         void SetPenalties(const string &OpenStr, const string &ExtStr);\r
  46         float GetLocalOpen() const;\r
  47         float GetLocalExt() const;\r
  48         bool GetIsNucleo() const;\r
  49 \r
  50         bool Is2() const;\r
  51         bool Is4() const;\r
  52         const char *GetType() const;\r
  53 \r
  54         void LogMe() const;\r
  55         };\r
  56 \r
  57 const float OBVIOUSLY_WRONG_PENALTY = 1000.0;\r
  58 \r
  59 #endif // alnparams_h\r