uchime_src/alnheuristics.h

   1 #ifndef alnheuristics_h\r
   2 #define alnheuristics_h\r
   3 \r
   4 struct AlnParams;\r
   5 \r
   6 struct AlnHeuristics\r
   7         {\r
   8         unsigned BandRadius;\r
   9         unsigned HSPFinderWordLength;\r
  10         float SeedT;\r
  11 \r
  12         float XDropG;                   //  GappedBlast default\r
  13         float XDropU;                   //  UngappedBlast default\r
  14         float XDropUG;                  //  UngappedBlast called by GappedBlast\r
  15 \r
  16         unsigned MinGlobalHSPLength;\r
  17 \r
  18         AlnHeuristics();\r
  19         void InitFromCmdLine(const AlnParams &AP);\r
  20         void InitGlobalFull();\r
  21 \r
  22         bool IsGlobalFull() const\r
  23                 {\r
  24                 return MinGlobalHSPLength == 0 && BandRadius == 0;\r
  25                 }\r
  26 \r
  27         };\r
  28 \r
  29 #endif // alnheuristics_h\r