uchime_src/addtargets2.cpp

   1 #if     UCHIMES\r
   2 \r
   3 #include "myutils.h"\r
   4 #include "chime.h"\r
   5 #include "ultra.h"\r
   6 #include <set>\r
   7 \r
   8 const float MAX_WORD_COUNT_DROP = 1;\r
   9 \r
  10 void SortDescending(const vector<float> &Values, vector<unsigned> &Order);\r
  11 bool GlobalAlign(const SeqData &Query, const SeqData &Target, string &Path);\r
  12 double GetFractIdGivenPath(const byte *A, const byte *B, const char *Path);\r
  13 void USort(const SeqData &Query, const SeqDB &DB, vector<float> &WordCounts,\r
  14   vector<unsigned> &Order);\r
  15 \r
  16 void AddTargets(SeqDB &DB, const SeqData &Query, set<unsigned> &TargetIndexes)\r
  17         {\r
  18         const unsigned SeqCount = DB.GetSeqCount();\r
  19         if (SeqCount == 0)\r
  20                 return;\r
  21 \r
  22         vector<float> WordCounts;\r
  23         vector<unsigned> Order;\r
  24         USort(Query, DB, WordCounts, Order);\r
  25         asserta(SIZE(Order) == SeqCount);\r
  26         unsigned TopSeqIndex = Order[0];\r
  27         float TopWordCount = WordCounts[TopSeqIndex];\r
  28         for (unsigned i = 0; i < SeqCount; ++i)\r
  29                 {\r
  30                 unsigned SeqIndex = Order[i];\r
  31                 float WordCount = WordCounts[SeqIndex];\r
  32                 if (TopWordCount - WordCount > MAX_WORD_COUNT_DROP)\r
  33                         return;\r
  34                 TargetIndexes.insert(SeqIndex);\r
  35                 }\r
  36         }\r
  37 \r
  38 #endif\r