trialswap2.h

   1 #ifndef TRIALSWAP2
   2 #define TRIALSWAP2
   3
   4 /*
   5  *  trialswap2.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by Kathryn Iverson on June 27, 2011.
   9  *  Copyright 2011 Schloss Lab. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 #include "mothurout.h"
  14
  15
  16 class TrialSwap2 {
  17
  18 public:
  19         TrialSwap2(){  m = MothurOut::getInstance(); };
  20     ~TrialSwap2(){};
  21
  22     double calc_pvalue_lessthan (vector<double>, double);
  23     double calc_pvalue_greaterthan (vector<double>, double);
  24     int swap_checkerboards (vector<vector<int> > &);
  25     int calc_combo (vector<vector<int> > &);
  26     double calc_vratio (vector<int>, vector<int>);
  27     int calc_checker (vector<vector<int> > &,vector<int>);
  28     double calc_c_score (vector<vector<int> > &,vector<int>);
  29     int sho(vector<int>,vector<int>,int k);
  30     int havel_hakimi(vector<int>,vector<int>,vector<vector<int> > &);
  31     int intrand(int);
  32
  33     int sim1 (vector<vector<int> > &);
  34     void sim2(vector<vector<int> >&);
  35     int sim2plus(vector<int>, vector<vector<int> > &);
  36     void sim3(vector<vector<int> > &);
  37     int sim4(vector<int>, vector<int>, vector<vector<int> > &);
  38     int sim5(vector<int>, vector<int>, vector<vector<int> > &);
  39     int sim6(vector<int>, vector<vector<int> > &);
  40     int sim7(vector<int>, vector<vector<int> > &);
  41     int sim8(vector<int>, vector<int>, vector<vector<int> > &);
  42     int transpose_matrix (vector<vector<int> > &, vector<vector<int> > &);
  43     int update_row_col_totals(vector<vector<int> > &, vector<int>&, vector<int>&);
  44
  45
  46 private:
  47     MothurOut* m;
  48
  49     double t_test (double, int, double, vector<double>);
  50     int print_matrix(vector<vector<int> > &, int, int);
  51
  52
  53
  54 };
  55
  56 #endif