treereader.h

   1 #ifndef Mothur_treereader_h
   2 #define Mothur_treereader_h
   3
   4 //
   5 //  treereader.h
   6 //  Mothur
   7 //
   8 //  Created by Sarah Westcott on 4/11/12.
   9 //  Copyright (c) 2012 Schloss Lab. All rights reserved.
  10 //
  11
  12 #include "mothurout.h"
  13 #include "tree.h"
  14
  15 class TreeReader {
  16
  17 public:
  18
  19     TreeReader(string tf);
  20         TreeReader(string tf, string gf);
  21     TreeReader(string tf, string gf, string nf);
  22         ~TreeReader() {}
  23
  24     vector<Tree*> getTrees()            { return trees;     }
  25     map<string, string> getNames()      { return nameMap;   } //dups -> unique
  26     map<string, string> getNameMap()    { return names;     } //unique -> dups list
  27
  28
  29 private:
  30     MothurOut* m;
  31         vector<Tree*> trees;
  32     TreeMap* tmap;
  33     map<string, string> nameMap; //dupName -> uniqueName
  34     map<string, string> names;
  35
  36     string treefile, groupfile, namefile;
  37
  38     bool readTrees();
  39     int readNamesFile();
  40 };
  41
  42
  43
  44 #endif