treenode.cpp

   1 /*
   2  *  treenode.cpp
   3  *  Mothur
   4  *
   5  *  Created by Sarah Westcott on 1/23/09.
   6  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   7  *
   8  */
   9
  10 #include "treenode.h"
  11
  12
  13 /****************************************************************/
  14 Node::Node() {
  15         //initialize node
  16         name = "";
  17         branchLength = -1;
  18         parent = -1;
  19         lchild = -1;
  20         rchild = -1;
  21
  22 }
  23 /****************************************************************/
  24 void Node::setName(string Name) {  name = Name; }
  25 /****************************************************************/
  26 void Node::setGroup(string groups)  { group =groups; }
  27 /****************************************************************/
  28 void Node::setBranchLength(float l) { branchLength = l; }
  29 /****************************************************************/
  30 void Node::setParent(int p)  { parent = p; }
  31 /****************************************************************/
  32 void Node::setIndex(int i)  { vectorIndex = i; }
  33 /****************************************************************/
  34 void Node::setChildren(int lc, int rc) { lchild = lc; rchild = rc; }    //leftchild, rightchild
  35 /****************************************************************/
  36 string Node::getName() { return name; }
  37 /****************************************************************/
  38 string Node::getGroup() { return group; }
  39 /****************************************************************/
  40 float Node::getBranchLength() { return branchLength; }
  41 /****************************************************************/
  42 int Node::getParent() { return parent; }
  43 /****************************************************************/
  44 int Node::getLChild() { return lchild; }
  45 /****************************************************************/
  46 int Node::getRChild() { return rchild; }
  47 /****************************************************************/
  48 int Node::getIndex() { return vectorIndex; }
  49 /****************************************************************/
  50 //to be used by printTree in the Tree class to print the leaf info
  51 void Node::printNode(ostream& out) {
  52         try{
  53                 out << name;
  54
  55                 //there is a branch length
  56                 if (branchLength != -1) {
  57                         out << ":" << setprecision(4) << branchLength;
  58                 }
  59
  60         }
  61         catch(exception& e) {
  62                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the Node class Function printNode. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  63                 exit(1);
  64         }
  65         catch(...) {
  66                 cout << "An unknown error has occurred in the Node class function printNode. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  67                 exit(1);
  68         }
  69 }
  70 /****************************************************************/