treenode.cpp

   1 /*
   2  *  treenode.cpp
   3  *  Mothur
   4  *
   5  *  Created by Sarah Westcott on 1/23/09.
   6  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   7  *
   8  */
   9
  10 #include "treenode.h"
  11
  12
  13 /****************************************************************/
  14 Node::Node() {
  15         //initialize node
  16         name = "";
  17         branchLength = -1;
  18         parent = -1;
  19         lchild = -1;
  20         rchild = -1;
  21         length2leaf = 0.0;
  22
  23 }
  24 /****************************************************************/
  25 void Node::setName(string Name) {  name = Name; }
  26 /****************************************************************/
  27 void Node::setGroup(string groups)  { group =groups; }
  28 /****************************************************************/
  29 void Node::setBranchLength(float l) { branchLength = l; }
  30 /****************************************************************/
  31 void Node::setLengthToLeaves(float l) { length2leaf = l; }
  32 /****************************************************************/
  33 void Node::setParent(int p)  { parent = p; }
  34 /****************************************************************/
  35 void Node::setIndex(int i)  { vectorIndex = i; }
  36 /****************************************************************/
  37 void Node::setChildren(int lc, int rc) { lchild = lc; rchild = rc; }    //leftchild, rightchild
  38 /****************************************************************/
  39 string Node::getName() { return name; }
  40 /****************************************************************/
  41 string Node::getGroup() { return group; }
  42 /****************************************************************/
  43 float Node::getBranchLength() { return branchLength; }
  44 /****************************************************************/
  45 float Node::getLengthToLeaves() { return length2leaf; }
  46 /****************************************************************/
  47 int Node::getParent() { return parent; }
  48 /****************************************************************/
  49 int Node::getLChild() { return lchild; }
  50 /****************************************************************/
  51 int Node::getRChild() { return rchild; }
  52 /****************************************************************/
  53 int Node::getIndex() { return vectorIndex; }
  54 /****************************************************************/
  55 //to be used by printTree in the Tree class to print the leaf info
  56 void Node::printNode() {
  57         try{
  58                 cout << parent << ' ' << lchild << ' ' << rchild << ' ' << group;
  59                 //there is a branch length
  60                 if (branchLength != -1) {
  61                         cout << ' ' << setprecision(4) << branchLength;
  62                 }
  63                 cout << " |";
  64                 map<string, int>::iterator it;
  65                 for(it=pGroups.begin();it!=pGroups.end();it++){
  66                         cout << ' ' << it->first << ':' << it->second;
  67                 }
  68                 cout << " |";
  69                 for(it=pcount.begin();it!=pcount.end();it++){
  70                         cout << ' ' << it->first << ':' << it->second;
  71                 }
  72                 cout << endl;
  73
  74
  75         }
  76         catch(exception& e) {
  77                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the Node class Function printNode. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  78                 exit(1);
  79         }
  80         catch(...) {
  81                 cout << "An unknown error has occurred in the Node class function printNode. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  82                 exit(1);
  83         }
  84 }
  85 /****************************************************************/