treenode.cpp

   1 /*
   2  *  treenode.cpp
   3  *  Mothur
   4  *
   5  *  Created by Sarah Westcott on 1/23/09.
   6  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   7  *
   8  */
   9
  10 #include "treenode.h"
  11
  12
  13 /****************************************************************/
  14 Node::Node() {
  15         //initialize node
  16         name = "";
  17         branchLength = -1;
  18         parent = -1;
  19         lchild = -1;
  20         rchild = -1;
  21
  22 }
  23 /****************************************************************/
  24 void Node::setName(string Name) {  name = Name; }
  25 /****************************************************************/
  26 void Node::setGroup(string groups)  { group =groups; }
  27 /****************************************************************/
  28 void Node::setBranchLength(float l) { branchLength = l; }
  29 /****************************************************************/
  30 void Node::setParent(int p)  { parent = p; }
  31 /****************************************************************/
  32 void Node::setIndex(int i)  { vectorIndex = i; }
  33 /****************************************************************/
  34 void Node::setChildren(int lc, int rc) { lchild = lc; rchild = rc; }    //leftchild, rightchild
  35 /****************************************************************/
  36 string Node::getName() { return name; }
  37 /****************************************************************/
  38 string Node::getGroup() { return group; }
  39 /****************************************************************/
  40 float Node::getBranchLength() { return branchLength; }
  41 /****************************************************************/
  42 int Node::getParent() { return parent; }
  43 /****************************************************************/
  44 int Node::getLChild() { return lchild; }
  45 /****************************************************************/
  46 int Node::getRChild() { return rchild; }
  47 /****************************************************************/
  48 int Node::getIndex() { return vectorIndex; }
  49 /****************************************************************/
  50 //to be used by printTree in the Tree class to print the leaf info
  51 void Node::printNode() {
  52         try{
  53                 cout << parent << ' ' << lchild << ' ' << rchild << ' ' << group;
  54                 //there is a branch length
  55                 if (branchLength != -1) {
  56                         cout << ' ' << setprecision(4) << branchLength;
  57                 }
  58                 cout << " |";
  59                 map<string, int>::iterator it;
  60                 for(it=pGroups.begin();it!=pGroups.end();it++){
  61                         cout << ' ' << it->first << ':' << it->second;
  62                 }
  63                 cout << " |";
  64                 for(it=pcount.begin();it!=pcount.end();it++){
  65                         cout << ' ' << it->first << ':' << it->second;
  66                 }
  67                 cout << endl;
  68
  69         }
  70         catch(exception& e) {
  71                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the Node class Function printNode. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  72                 exit(1);
  73         }
  74         catch(...) {
  75                 cout << "An unknown error has occurred in the Node class function printNode. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  76                 exit(1);
  77         }
  78 }
  79 /****************************************************************/