treenode.cpp

   1 /*
   2  *  treenode.cpp
   3  *  Mothur
   4  *
   5  *  Created by Sarah Westcott on 1/23/09.
   6  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   7  *
   8  */
   9
  10 #include "treenode.h"
  11
  12
  13 /****************************************************************/
  14 Node::Node() {
  15         //initialize node
  16         name = "";
  17         branchLength = -1;
  18         parent = -1;
  19         lchild = -1;
  20         rchild = -1;
  21
  22 }
  23 /****************************************************************/
  24 void Node::setName(string Name) {  name = Name; }
  25 /****************************************************************/
  26 //non leaf nodes will belong to multiple groups, leaf nodes will only belong to one.
  27 void Node::setGroup(string groups)  { group.push_back(groups); }
  28 /****************************************************************/
  29 void Node::setBranchLength(float l) { branchLength = l; }
  30 /****************************************************************/
  31 void Node::setParent(int p)  { parent = p; }
  32 /****************************************************************/
  33 void Node::setIndex(int i)  { vectorIndex = i; }
  34 /****************************************************************/
  35 void Node::setChildren(int lc, int rc) { lchild = lc; rchild = rc; }    //leftchild, rightchild
  36 /****************************************************************/
  37 string Node::getName() { return name; }
  38 /****************************************************************/
  39 vector<string> Node::getGroup() { return group; }
  40 /****************************************************************/
  41 float Node::getBranchLength() { return branchLength; }
  42 /****************************************************************/
  43 int Node::getParent() { return parent; }
  44 /****************************************************************/
  45 int Node::getLChild() { return lchild; }
  46 /****************************************************************/
  47 int Node::getRChild() { return rchild; }
  48 /****************************************************************/
  49 int Node::getIndex() { return vectorIndex; }
  50 /****************************************************************/
  51 //to be used by printTree in the Tree class to print the leaf info
  52 void Node::printNode(ostream& out) {
  53         try{
  54                 out << name;
  55
  56                 //there is a branch length
  57                 if (branchLength != -1) {
  58                         out << ":" << setprecision(4) << branchLength;
  59                 }
  60
  61         }
  62         catch(exception& e) {
  63                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the Node class Function printNode. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  64                 exit(1);
  65         }
  66         catch(...) {
  67                 cout << "An unknown error has occurred in the Node class function printNode. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  68                 exit(1);
  69         }
  70 }
  71 /****************************************************************/