treemap.h

   1 #ifndef TREEMAP_H
   2 #define TREEMAP_H
   3 /*
   4  *  treemap.h
   5  *  Mothur
   6  *
   7  *  Created by Sarah Westcott on 1/26/09.
   8  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   9  *
  10  */
  11
  12 #include "mothur.h"
  13 #include "groupmap.h"
  14
  15 /* This class is used by the read.tree command to build the tree container. */
  16
  17 struct GroupIndex {
  18         string  groupname;
  19         int             vectorIndex;
  20 };
  21
  22 class GroupMap;
  23
  24 class TreeMap {
  25 public:
  26         TreeMap() {};
  27         TreeMap(string);
  28         ~TreeMap();
  29         void readMap();
  30         int getNumGroups();
  31         int getNumSeqs();
  32         void setIndex(string, int);  //sequencename, index
  33         int getIndex(string);           //returns vector index of sequence
  34         bool isValidGroup(string);  //return true if string is a valid group
  35         string getGroup(string);
  36         vector<string> namesOfGroups;
  37         vector<string> namesOfSeqs;
  38     map<string,int> seqsPerGroup;       //groupname, number of seqs in that group.
  39         map<string, GroupIndex> treemap; //sequence name and <groupname, vector index>
  40         void print(ostream&);
  41         void makeSim(GroupMap*);  //takes groupmap info and fills treemap for use by tree.groups command.
  42
  43
  44 private:
  45         ifstream fileHandle;
  46         string groupFileName;
  47         int numGroups;
  48         map<string, GroupIndex>::iterator it;
  49         map<string, int>::iterator it2;
  50         void setNamesOfGroups(string);
  51
  52
  53 };
  54
  55 #endif