treemap.h

   1 #ifndef TREEMAP_H
   2 #define TREEMAP_H
   3 /*
   4  *  treemap.h
   5  *  Mothur
   6  *
   7  *  Created by Sarah Westcott on 1/26/09.
   8  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   9  *
  10  */
  11
  12 #include <map>
  13 #include <string>
  14 #include <iostream>
  15 #include <fstream>
  16 #include "utilities.hpp"
  17
  18 /* This class is used by the read.tree command to build the tree container. */
  19
  20 struct GroupIndex {
  21         string  groupname;
  22         int             vectorIndex;
  23 };
  24
  25
  26
  27 class TreeMap {
  28 public:
  29         TreeMap(string);
  30         ~TreeMap();
  31         void readMap();
  32         int getNumGroups();
  33         int getNumSeqs();
  34         void setIndex(string, int);  //sequencename, index
  35         int getIndex(string);           //returns vector index of sequence
  36         string getGroup(string);
  37         vector<string> namesOfGroups;
  38         vector<string> namesOfSeqs;
  39         void print(ostream&);
  40
  41 private:
  42         ifstream fileHandle;
  43         string groupFileName;
  44         int numGroups;
  45         map<string, GroupIndex>::iterator it;
  46         void setNamesOfGroups(string);
  47         map<string, GroupIndex> treemap; //sequence name and groupname
  48 };
  49
  50 #endif