treemap.h

   1 #ifndef TREEMAP_H
   2 #define TREEMAP_H
   3 /*
   4  *  treemap.h
   5  *  Mothur
   6  *
   7  *  Created by Sarah Westcott on 1/26/09.
   8  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   9  *
  10  */
  11
  12 #include "mothur.h"
  13 #include "groupmap.h"
  14 #include "listvector.hpp"
  15
  16 /* This class is used by the read.tree command to build the tree container. */
  17
  18 struct GroupIndex {
  19         string  groupname;
  20         int             vectorIndex;
  21 };
  22
  23 class GroupMap;
  24 class ListVector;
  25
  26 class TreeMap {
  27 public:
  28         TreeMap() {};
  29         TreeMap(string);
  30         ~TreeMap();
  31         void readMap();
  32         int getNumGroups();
  33         int getNumSeqs();
  34         void setIndex(string, int);  //sequencename, index
  35         int getIndex(string);           //returns vector index of sequence
  36         bool isValidGroup(string);  //return true if string is a valid group
  37         void removeSeq(string);  //removes a sequence, this is to accomadate trees that do not contain all the seqs in your groupfile
  38         string getGroup(string);
  39         vector<string> namesOfGroups;
  40         vector<string> namesOfSeqs;
  41     map<string,int> seqsPerGroup;       //groupname, number of seqs in that group.
  42         map<string, GroupIndex> treemap; //sequence name and <groupname, vector index>
  43         void print(ostream&);
  44         void makeSim(GroupMap*);  //takes groupmap info and fills treemap for use by tree.shared command.
  45         void makeSim(ListVector*);  //takes listvector info and fills treemap for use by tree.shared command.
  46
  47 private:
  48         ifstream fileHandle;
  49         string groupFileName;
  50         int numGroups;
  51         map<string, GroupIndex>::iterator it;
  52         map<string, int>::iterator it2;
  53         void setNamesOfGroups(string);
  54
  55
  56 };
  57
  58 #endif