treemap.h

   1 #ifndef TREEMAP_H
   2 #define TREEMAP_H
   3 /*
   4  *  treemap.h
   5  *  Mothur
   6  *
   7  *  Created by Sarah Westcott on 1/26/09.
   8  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   9  *
  10  */
  11
  12 #include "mothur.h"
  13 #include "groupmap.h"
  14 #include "listvector.hpp"
  15
  16 /* This class is used by the read.tree command to build the tree container. */
  17
  18 struct GroupIndex {
  19         string  groupname;
  20         int             vectorIndex;
  21 };
  22
  23 class GroupMap;
  24 class ListVector;
  25
  26 class TreeMap {
  27 public:
  28         TreeMap() { m = MothurOut::getInstance(); }
  29         TreeMap(string);
  30         ~TreeMap();
  31         int readMap();
  32         int getNumGroups();
  33         int getNumSeqs();
  34         void setIndex(string, int);  //sequencename, index
  35         int getIndex(string);           //returns vector index of sequence
  36         bool isValidGroup(string);  //return true if string is a valid group
  37         void removeSeq(string);  //removes a sequence, this is to accomadate trees that do not contain all the seqs in your groupfile
  38         string getGroup(string);
  39         void addSeq(string, string);
  40         void addGroup(string s) { setNamesOfGroups(s); }
  41         vector<string> getNamesOfGroups() {
  42                 sort(namesOfGroups.begin(), namesOfGroups.end());
  43                 return namesOfGroups;
  44         }
  45
  46     void print(ostream&);
  47         void makeSim(vector<string>);  //takes groupmap info and fills treemap for use by tree.shared command.
  48         void makeSim(ListVector*);  //takes listvector info and fills treemap for use by tree.shared command.
  49     vector<string> getNamesSeqs();
  50         vector<string> getNamesSeqs(vector<string>); //get names of seqs belonging to a group or set of groups
  51     int getCopy(TreeMap*);
  52
  53     vector<string> namesOfSeqs;
  54     map<string,int> seqsPerGroup;       //groupname, number of seqs in that group.
  55         map<string, GroupIndex> treemap; //sequence name and <groupname, vector index>
  56
  57
  58 private:
  59         vector<string> namesOfGroups;
  60         ifstream fileHandle;
  61         string groupFileName;
  62         int numGroups;
  63         map<string, GroupIndex>::iterator it;
  64         map<string, int>::iterator it2;
  65         void setNamesOfGroups(string);
  66         MothurOut* m;
  67
  68
  69 };
  70
  71 #endif