treemap.h

   1 #ifndef TREEMAP_H
   2 #define TREEMAP_H
   3 /*
   4  *  treemap.h
   5  *  Mothur
   6  *
   7  *  Created by Sarah Westcott on 1/26/09.
   8  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   9  *
  10  */
  11
  12 #include "mothur.h"
  13 #include "listvector.hpp"
  14
  15 /* This class is used by the read.tree command to build the tree container. */
  16
  17 struct GroupIndex {
  18         string  groupname;
  19         int             vectorIndex;
  20 };
  21
  22 class TreeMap {
  23 public:
  24         TreeMap() { m = MothurOut::getInstance(); }
  25         TreeMap(string);
  26         ~TreeMap();
  27
  28         int readMap();
  29     int readMap(string);
  30         int getNumGroups();
  31         int getNumSeqs();
  32         //void setIndex(string, int);  //sequencename, index
  33         //int getIndex(string);         //returns vector index of sequence
  34         bool isValidGroup(string);  //return true if string is a valid group
  35         void removeSeq(string);  //removes a sequence, this is to accomadate trees that do not contain all the seqs in your groupfile
  36         string getGroup(string);
  37         void addSeq(string, string);
  38         void addGroup(string s) { setNamesOfGroups(s); }
  39         vector<string> getNamesOfGroups() {
  40                 sort(namesOfGroups.begin(), namesOfGroups.end());
  41                 return namesOfGroups;
  42         }
  43
  44     void print(ostream&);
  45         void makeSim(vector<string>);  //takes groupmap info and fills treemap for use by tree.shared command.
  46         void makeSim(ListVector*);  //takes listvector info and fills treemap for use by tree.shared command.
  47     vector<string> getNamesSeqs();
  48         vector<string> getNamesSeqs(vector<string>); //get names of seqs belonging to a group or set of groups
  49     int getCopy(TreeMap&);
  50
  51     vector<string> namesOfSeqs;
  52     map<string,int> seqsPerGroup;       //groupname, number of seqs in that group.
  53         map<string, GroupIndex> treemap; //sequence name and <groupname, vector index>
  54
  55
  56 private:
  57         vector<string> namesOfGroups;
  58         ifstream fileHandle;
  59         string groupFileName;
  60         int numGroups;
  61         map<string, GroupIndex>::iterator it;
  62         map<string, int>::iterator it2;
  63         void setNamesOfGroups(string);
  64         MothurOut* m;
  65
  66
  67 };
  68
  69 #endif