treemap.h

   1 #ifndef TREEMAP_H
   2 #define TREEMAP_H
   3 /*
   4  *  treemap.h
   5  *  Mothur
   6  *
   7  *  Created by Sarah Westcott on 1/26/09.
   8  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   9  *
  10  */
  11
  12 #include <Carbon/Carbon.h>
  13 #include <map>
  14 #include <string>
  15 #include <iostream>
  16 #include <fstream>
  17 #include "utilities.hpp"
  18
  19 /* This class is used by the read.tree command to build the tree container. */
  20
  21 struct GroupIndex {
  22         string  groupname;
  23         int             vectorIndex;
  24 };
  25
  26
  27
  28 class TreeMap {
  29 public:
  30         TreeMap(string);
  31         ~TreeMap();
  32         void readMap();
  33         int getNumGroups();
  34         int getNumSeqs();
  35         void setIndex(string, int);  //sequencename, index
  36         int getIndex(string);           //returns vector index of sequence
  37         string getGroup(string);
  38         vector<string> namesOfGroups;
  39         vector<string> namesOfSeqs;
  40         void print(ostream&);
  41
  42 private:
  43         ifstream fileHandle;
  44         string groupFileName;
  45         int numGroups;
  46         map<string, GroupIndex>::iterator it;
  47         void setNamesOfGroups(string);
  48         map<string, GroupIndex> treemap; //sequence name and groupname
  49 };
  50
  51 #endif