treegroupscommand.h

   1 #ifndef TREEGROUPCOMMAND_H
   2 #define TREEGROUPCOMMAND_H
   3
   4 /*
   5  *  treegroupscommand.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by Sarah Westcott on 4/8/09.
   9  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
  10  *
  11  */
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  13 #include "command.hpp"
  14 #include "inputdata.h"
  15 #include "groupmap.h"
  16 #include "readotu.h"
  17 #include "validcalculator.h"
  18 #include "tree.h"
  19 #include "treemap.h"
  20 #include "readmatrix.hpp"
  21 #include "readcolumn.h"
  22 #include "readphylip.h"
  23 #include "sparsematrix.hpp"
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  26 /* This command create a tree file for each similarity calculator at distance level, using various calculators to find the similiarity between groups.
  27         The user can select the lines or labels they wish to use as well as the groups they would like included.
  28         They can also use as many or as few calculators as they wish. */
  29
  30 class GlobalData;
  31
  32 typedef list<PCell>::iterator MatData;
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  34 class TreeGroupCommand : public Command {
  35
  36 public:
  37         TreeGroupCommand(string);
  38         ~TreeGroupCommand();
  39         int execute();
  40         void help();
  41
  42 private:
  43         void createTree();
  44         void printSims(ostream&);
  45         void makeSimsShared();
  46         void makeSimsDist();
  47
  48         GlobalData* globaldata;
  49         ReadOTUFile* read;
  50         ReadMatrix* readMatrix;
  51         SparseMatrix* matrix;
  52         NameAssignment* nameMap;
  53         ListVector* list;
  54         TreeMap* tmap;
  55         Tree* t;
  56         vector<Calculator*> treeCalculators;
  57         vector< vector<float> > simMatrix;
  58         map<int, int> index;  //maps row in simMatrix to vector index in the tree
  59         InputData* input;
  60         ValidCalculators* validCalculator;
  61         vector<SharedRAbundVector*> lookup;
  62         vector<SharedRAbundVector*> lastLookup;
  63         string format, outputFile, groupNames, filename;
  64         int numGroups;
  65         ofstream out;
  66         float precision, cutoff;
  67         OptionParser* parser;
  68         map<string, string> parameters;
  69         map<string, string>::iterator it;
  70         bool abort, allLines;
  71         set<int> lines; //hold lines to be used
  72         set<string> labels; //holds labels to be used
  73         string phylipfile, columnfile, namefile, calc, groups, line, label;
  74         vector<string>  Estimators, Groups; //holds estimators to be used
  75
  76         //if the users enters label "0.06" and there is no "0.06" in their file use the next lowest label.
  77         void process(vector<SharedRAbundVector*>);
  78
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  80
  81 };
  82
  83
  84 #endif
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