treecalculator.h

   1 #ifndef TREECALCULATOR_H
   2 #define TREECALCULATOR_H
   3
   4 /*
   5  *  treecalculator.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by Sarah Westcott on 1/26/09.
   9  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 using namespace std;
  14
  15 #include <vector>
  16 #include <cmath>
  17 #include <math.h>
  18 #include <string>
  19 #include <map>
  20 #include <algorithm>
  21 #include "utilities.hpp"
  22 #include "tree.h"
  23
  24 /* The tree calculator class is the parent class for tree calculators in mothur. */
  25
  26 typedef vector<double> EstOutput;
  27
  28 /***********************************************************************/
  29
  30 class TreeCalculator {
  31
  32 public:
  33         TreeCalculator(){};
  34         TreeCalculator(string n) : name(n) {};
  35         ~TreeCalculator(){};
  36         virtual EstOutput getValues(Tree*) = 0;
  37
  38         virtual string getName()                {       return name;    }
  39
  40 protected:
  41         EstOutput data;
  42         string name;
  43
  44 };
  45
  46 /***********************************************************************/
  47
  48 #endif